| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,574 | A→T | 4.7% | intergenic (‑23/‑500) | USA300HOU_0026 ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,574 | 0 | A | T | 4.7% | 386.0 / 5.1 | 150 | intergenic (‑23/‑500) | USA300HOU_0026/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/70); new base T (4/4); total (76/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
ACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGT > CP000730/36438‑36712 | acGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATta < 2:293047/141‑1 (MQ=32)acGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATta < 2:519267/141‑1 (MQ=32) gTTCCCTTAATTCTTCAGATATACCACGATACCTTAATGTATATCTTAGCTAGAAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATtata < 1:349663/141‑1 (MQ=11) cccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACATAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACta < 1:269732/141‑1 (MQ=17) tAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 1:636726/141‑1 (MQ=33) ttCAGTTATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:53165/141‑1 (MQ=255) tCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGCTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 2:596093/141‑1 (MQ=255) gATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTg > 1:105887/1‑141 (MQ=35) atatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGc > 1:151888/1‑141 (MQ=35) atatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGc < 2:151888/141‑1 (MQ=35) tatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAc > 1:199032/1‑141 (MQ=35) tatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAc > 1:211530/1‑141 (MQ=35) tCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGGAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAg < 2:429423/141‑1 (MQ=25) cGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAc < 2:660108/141‑1 (MQ=35) atagctcgatcgatatCTTAGTGAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTGCATACAGAAGACGCCTTTTNGTTAATATTTTATTATATATTCAACTTTGCAACAGAAcct < 2:347130/129‑2 (MQ=11) agagctaaaTGCAGATCTTAGAAAGGAGCCCACGGCAACCGCTATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTCCATACAGAAGACGCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCg < 1:123033/134‑1 (MQ=11) aTAGCTGAATGCATAGCTTATATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAATACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCg < 2:13521/141‑1 (MQ=11) aTAACTCAATGACTAGCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATTCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGGCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcct < 2:436827/141‑2 (MQ=11) taggtCAATGTATATATTAGACAGTAGCCAACGGCTCCAGTGCTAAAATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctc < 1:302909/137‑3 (MQ=11) tagcgcAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTTATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:316804/136‑1 (MQ=255) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:72600/138‑1 (MQ=12) cagcttaaTGCATATATTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTTCTTTTTGTTCAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:24872/135‑1 (MQ=11) aagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAATCGt < 1:480658/138‑1 (MQ=255) aagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTATTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:399491/138‑1 (MQ=255) agcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTATATTTATATTATAAATACAACTTTTCAACATAACCGta > 2:170807/3‑141 (MQ=11) aaCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta > 2:631284/1‑141 (MQ=38) aaCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta < 2:185170/141‑1 (MQ=37) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACGTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGGTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAAAACCGtat > 1:155309/2‑141 (MQ=11) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:222228/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:306638/2‑141 (MQ=12) cTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAATTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 2:567772/1‑141 (MQ=255) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCACCAGAACCGtatt > 1:125607/1‑141 (MQ=12) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATAGTTTATATCTGCAATAGTTCATACAGACGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGATCCGtatt > 2:74901/1‑141 (MQ=11) aaTGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATg > 2:245572/1‑141 (MQ=40) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttat < 2:137032/137‑5 (MQ=255) aTGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTCATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAGTATGCTATAAGTTCAACTTTTCACCAGAACCGTATTATgg > 2:23050/1‑141 (MQ=14) tgcttatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:547354/137‑6 (MQ=255) gtcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGGGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgt < 1:620980/138‑11 (MQ=11) gggatacCTTGGATAGTAGCCAACAGCTACAGGGATAACATCCTGGTTAAATTGTTTATATCTGAAATGGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttacta < 2:218062/138‑11 (MQ=11) cgcatgtCTTAGATGGTAGCCGACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAGTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:561582/135‑6 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 2:581934/139‑7 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactat < 1:623996/139‑12 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGACAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGATTCCTTTTTGTTAATATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactat < 1:405534/139‑12 (MQ=11) tataTCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAAt < 1:37897/141‑1 (MQ=255) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTCAATTGTTTATATCTGAGATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAGCAGAACTGtattttatgaa > 2:27103/2‑134 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgat > 1:117612/2‑134 (MQ=255) atatCTTAGATATTAGCCAACGGTTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa < 2:548214/141‑1 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatt > 1:550434/1‑128 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatt > 1:238331/1‑128 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGTACCGTATTATGGAATa < 1:398122/141‑1 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTGTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTAGATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaacggtatt > 2:523521/1‑128 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatta > 2:517247/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg < 2:50853/141‑15 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg > 1:184231/1‑127 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACCGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac < 1:25144/141‑11 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATaga < 1:101632/141‑1 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTGTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:92445/141‑15 (MQ=11) gaggagtggCCAATGGCTTCGGTGATAACATCCTTTTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGt < 2:293886/137‑1 (MQ=17) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa < 1:258182/141‑1 (MQ=255) tagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACGAAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGATaa > 2:70012/1‑141 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAc > 1:38468/1‑141 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAAAGATGTTGGTAACAtt > 1:416867/1‑141 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTta < 1:565821/141‑1 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATGATTTCAACGTTGCAACGTAACGGTGGTATGGGGTAGATATGGTGGTAACagtaagg > 1:138467/1‑135 (MQ=11) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtgta > 2:104980/1‑141 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATATGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtata > 2:659180/1‑141 (MQ=255) ggCCACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtata < 2:447601/141‑1 (MQ=255) aGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGAt > 1:203910/1‑141 (MQ=255) gTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATc < 1:436815/141‑1 (MQ=255) ccTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTa > 2:354674/1‑141 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 1:639338/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt > 2:157050/1‑141 (MQ=255) tGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTATTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAGCATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTc > 2:477669/1‑141 (MQ=25) tataTCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtta < 1:127539/141‑1 (MQ=255) tataTCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtta > 2:179134/1‑141 (MQ=255) tataTCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtta < 1:49888/141‑1 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTGTGGTAAAATTATACTATAAATTTGAGTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttatt > 1:455541/1‑141 (MQ=37) gAAATAGTTCATACAGAAGACACCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATCGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGa > 1:345919/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGaa < 1:58399/141‑1 (MQ=255) acaGTTCATACATACGACTCCTTTTTGTTAAACTTATACTATAAATTCAACCTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGTAAACATTCATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAAcc < 2:608323/139‑1 (MQ=255) aTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAAcc > 1:568912/1‑141 (MQ=255) aTAGTTCATACAGAAGACCCCTTTTTGTTAATATTATACTATTAACTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGCTGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATTCTTAAGTTCGATTTCGTTATTACAGAAcc < 2:51926/141‑1 (MQ=255) tAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACca > 1:71494/1‑141 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAGCTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATAATTATACTTAAGATTATTTTCGTTATTACAGAACcac > 2:433088/1‑141 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcac > 2:423636/1‑141 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGATCCGTTTTATGGAATAGATCAGTTGGTAGCATTTCTACAGTTTCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttattttataacttca > 2:112467/1‑130 (MQ=19) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcaca < 2:211530/141‑1 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTAAAAATTGGGACACAACAGACTGCGCGAGTAGCGTTGTTGGTAACATTTATACAGGATCATCATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcaca > 1:488661/1‑141 (MQ=21) ttCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTGTGCAGGTTCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacac > 1:55333/1‑141 (MQ=255) agaagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATAATTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCaa > 1:418187/1‑141 (MQ=255) gaagaCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTAAAACAGAATCGTATTATGGAGTAGAGATGTTGGTAACTTTTATACAGGATCATTATACATAAGTTTAATTTTTTTTTTATTGATCCACAACTTCCTAc > 2:165202/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTTAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTTTTACTGAACCACACATTCAAAcc > 2:239196/1‑141 (MQ=255) agaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCa < 1:484384/141‑1 (MQ=255) aCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCATATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCaga > 1:557435/1‑141 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCACCCagaagg > 2:23305/1‑140 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaaga > 1:113443/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAagag > 2:344306/1‑141 (MQ=255) ttttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGaa < 1:64662/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTGTACTCTAAATTCAACATTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCGTTATACTTAAGATTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATGACAACAAGAAGAGAAAGtct > 1:426540/1‑139 (MQ=255) tAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTATTTTCGTTATTACAGAACTACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTTTg > 2:246603/1‑141 (MQ=255) | ACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGT > CP000730/36438‑36712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |