BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	36,119	C→T	23.6%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	23.6%	741.1 / 270.7	495	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (201/174); new base T (47/70); total (250/245)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01

Only 100 of 498 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATAT  >  CP000730/35979‑36250

 tttAAAGTACTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                    <  1:3976/141‑1 (MQ=255)

   tAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACttt                                                                                                                                  >  1:444929/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATCTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                                                 <  1:34739/141‑1 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa                                                                                                                                 <  2:291400/141‑1 (MQ=255)

      atgtttCTTTGCTGTATTGATACTTTTATACCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTacc                                                                                                                               <  2:560200/137‑3 (MQ=14)

      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTCCGATGTACTATGGCAGTCAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                               <  2:473184/141‑3 (MQ=14)

         aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                            >  1:247179/1‑141 (MQ=255)

         aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt                                                                                                                            <  1:4244/141‑1 (MQ=255)

           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                          <  1:12958/141‑1 (MQ=255)

            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                         >  1:547746/1‑141 (MQ=255)

            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGc                                                                                                                         >  2:9532/1‑141 (MQ=255)

              ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                                                       <  2:613731/141‑1 (MQ=255)

               tGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgc                                                                                                                      <  1:228193/141‑3 (MQ=255)

                 cTGTATTGATACTTTGATACTTTGTCTATGTGACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                    >  1:491107/1‑141 (MQ=14)

                     tttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTATTGTGATATGAAGGTGATGTTTCGCAATGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGTTACCTTCGt                                                                                                                <  1:151499/140‑1 (MQ=11)

                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                                >  1:117037/1‑141 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                               >  1:210033/1‑141 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                               >  2:197708/1‑141 (MQ=255)

                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                              <  1:235293/141‑1 (MQ=255)

                         aTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGaa                                                                                                            >  1:286922/1‑141 (MQ=255)

                          tACTTTGATACCTTCTCTTGCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                           >  1:435626/1‑141 (MQ=255)

                          tACTTTCATACCTCGTTTTTCTTGCTTTAATATGACTGTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACGTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                           <  1:40844/141‑1 (MQ=11)

                           tcatttatatcatGTCTTTCTTACATAAATTTGTCTGTGATCTTGCTCAATGACGTTTTTCAGATATTTCGTTTGACAATGGCTGTCAGTTTTATGTTTAAGAGTTTTAATGACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                          <  2:131381/129‑1 (MQ=2)

                           aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                          <  1:294353/141‑1 (MQ=255)

                            cTTTGATACCTTGTCTTTATTACTTTAATATGACGGTGAAATTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAAAGGCGGTCAGGTTTAAGTTTTAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                         >  2:252923/1‑141 (MQ=11)

                              ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                       <  1:558518/141‑1 (MQ=255)

                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                       <  1:571357/141‑1 (MQ=38)

                                gagcccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                     <  2:461185/137‑1 (MQ=255)

                                gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATGTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                     <  1:370706/141‑1 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                    >  2:547096/1‑141 (MQ=39)

                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGa                                                                                                   >  2:275029/1‑141 (MQ=255)

                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                <  1:601180/141‑1 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                               >  2:28104/1‑141 (MQ=255)

                                      ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                               >  2:178446/1‑141 (MQ=255)

                                          ctctcttACTATAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTTTTCAGATCTCTCGATGTACAATGACAGTCAGGTCTCAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCGGATCTGTaac                                                                                           <  2:230981/138‑2 (MQ=11)

                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                          <  1:87309/141‑1 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                        >  1:198381/1‑141 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                        <  1:665639/141‑1 (MQ=38)

                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                       >  1:537154/1‑141 (MQ=255)

                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCCTTGCTACCTTCGCTGAAGGTGCCTGATCTGTTATTAcc                                                                                       >  2:537536/1‑141 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                      <  1:358975/141‑1 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGCACTTACCt                                                                                      >  1:338889/1‑141 (MQ=255)

                                                 tcTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                    <  2:213473/140‑1 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                    >  2:191742/1‑141 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                    <  2:396600/141‑1 (MQ=255)

                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                   >  2:596825/1‑141 (MQ=37)

                                                   tttAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg                                                                                  <  1:306632/141‑1 (MQ=255)

                                                   tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTg                                                                                  <  2:115190/141‑1 (MQ=11)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                 <  2:578587/141‑1 (MQ=21)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                 >  2:123824/1‑141 (MQ=35)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                 <  2:43239/141‑1 (MQ=35)

                                                        tatGGCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGGTCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                             <  2:338743/141‑3 (MQ=11)

                                                        tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                             <  1:459833/141‑3 (MQ=255)

                                                         atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                            >  1:576944/1‑141 (MQ=255)

                                                         atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                            >  2:85605/1‑141 (MQ=255)

                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                           <  1:507716/141‑1 (MQ=35)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                          <  2:481700/141‑1 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                         >  2:660823/1‑141 (MQ=19)

                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                       <  2:444929/141‑1 (MQ=17)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                      <  1:94722/141‑1 (MQ=17)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                      >  1:564064/1‑141 (MQ=12)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                      <  2:585560/141‑1 (MQ=32)

                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                     <  1:381065/141‑1 (MQ=32)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                 >  1:69686/1‑141 (MQ=12)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTCTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                                 <  1:629225/141‑1 (MQ=11)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                >  1:271442/1‑141 (MQ=12)

                                                                      tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                                               >  2:516704/1‑141 (MQ=12)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAAATATTTGCATGGACAAGGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                              <  1:619131/141‑1 (MQ=11)

                                                                        gtCAATTAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAATTTTCGTGTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                             <  2:307551/140‑1 (MQ=11)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTCTTTTGGATATTTGAGGTAAGTTTTGATGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                             >  1:321556/1‑141 (MQ=11)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                           <  1:654503/141‑1 (MQ=11)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGATTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTCCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAACTTGTTTAATga                                                           >  2:16377/1‑141 (MQ=12)

                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTAGCCTAAGGGGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                         >  1:455198/1‑141 (MQ=11)

                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCTGGTTTAAGGATAAAAGCTTTAATGAGTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                       <  2:69248/141‑1 (MQ=11)

                                                                                 gTTATGCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                    <  1:259456/141‑1 (MQ=11)

                                                                                  ttATTCTGATATGTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTGAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                   <  2:361332/141‑1 (MQ=11)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                   >  1:175517/1‑141 (MQ=17)

                                                                                      tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTTATaa                                               >  2:284808/1‑141 (MQ=12)

                                                                                      tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                               <  2:411092/141‑1 (MQ=32)

                                                                                       cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                              >  2:623415/1‑141 (MQ=12)

                                                                                         gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                            <  2:381357/141‑1 (MQ=17)

                                                                                            atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATATGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                         <  2:240526/141‑1 (MQ=12)

                                                                                             tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                        >  2:142093/1‑141 (MQ=12)

                                                                                               tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                      <  1:593156/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                ctatttataaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTCAATTACTTCAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                     <  2:639645/133‑1 (MQ=11)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                     >  1:542635/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                    >  1:473121/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                 gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                    >  1:165367/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                 gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                    >  2:581796/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                  aTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                   <  2:571986/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                  aTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACGTTTTCAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAAACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                   >  2:527009/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                  aTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                   >  2:351301/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                   tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                  >  2:109174/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                   tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                  >  1:521681/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                   tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                  <  1:102195/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                   tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                  <  2:500038/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                      aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                               <  2:200186/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                             >  2:320326/1‑141 (MQ=2)

                                                                                                         aTGACAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                            <  1:647560/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                           gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                          <  2:152553/141‑1 (MQ=255)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATAT  >  CP000730/35979‑36250

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`