| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 951,713 | G→T | 9.8% | intergenic (+218/‑90) | USA300HOU_0915 → / → rocD | flavin reductase/ornithine‑‑oxo‑acid transaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 951,713 | 0 | G | T | 9.8% | 174.4 / 2.6 | 72 | intergenic (+218/‑90) | USA300HOU_0915/rocD | flavin reductase/ornithine‑‑oxo‑acid transaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/38); new base T (6/2); total (31/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
AGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAT > CP000730/951575‑951853 | tgttatgtataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCGATTCTTTTGCTTGTCATCATTTATGTAATTATGTCATGATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTtggt < 2:723203/134‑1 (MQ=255) tataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAg > 1:11089/1‑141 (MQ=255) tataCTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTATAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGTTGGAAAAg > 2:967688/1‑141 (MQ=255) tGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCt < 1:783167/141‑1 (MQ=255) 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1:301377/1‑141 (MQ=255) cAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAatta > 2:1020877/1‑141 (MQ=255) aTTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAattatt > 2:216521/1‑141 (MQ=255) tCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGCAattcttag > 2:631979/1‑139 (MQ=255) gCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTAttttggtgat > 2:106090/1‑134 (MQ=255) gCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAAt < 1:365138/141‑1 (MQ=255) 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1:957922/1‑141 (MQ=255) gTAAGGATTTTCAAAATAGACAAAATTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGGTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAgggg < 2:1008651/141‑1 (MQ=255) aGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGgaga > 1:198061/1‑141 (MQ=255) gggTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGat < 1:156180/141‑1 (MQ=255) gggTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGat < 1:893226/141‑1 (MQ=255) tttCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATatga < 1:1023214/141‑1 (MQ=255) 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1:917374/141‑1 (MQ=255) aaTAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTa < 2:11089/141‑1 (MQ=255) gACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGTTGAAATGGTGAGATAGGATGACTAAAta > 2:1021449/1‑140 (MQ=255) cAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTg < 2:611663/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATG‑‑AAACTAAATAATTAATTCATCTTTATTAGAGAAAAAGTATCTGCTTATAAAACTAAAGAAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAAATATGATGACTAAATCTg < 2:154372/140‑1 (MQ=255) aaTG‑‑GAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAat > 2:735661/1‑141 (MQ=255) 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1:587129/141‑1 (MQ=255) g‑‑AAACTTAGTGATTATTTCCTATTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGACTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATCACTAAATCTGAAAAAattat < 1:744549/141‑1 (MQ=255) g‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGAGAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAattat < 1:557277/141‑1 (MQ=255) ataaaaTTAGAGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGTTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTAAAAAAAATAAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAatta < 2:549689/139‑1 (MQ=255) aCTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTTTTAATGTTGCAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGa < 1:1048096/141‑1 (MQ=255) cTTATTGATTACTTCATCTTTTTTGGTTGAAATGTATCGGTTCTTAAGACGAATTTATTTATTGTGATAATTTTTCATGTATAATAGTTATAAAATAAGAAAAGGGCAGATAAGATGACTAAATCATAAAAAATGATTGat < 2:301721/141‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCATCTTTTTGGGTGGAAAAGGTTCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCAt < 2:174319/141‑1 (MQ=255) tCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCAtt > 2:713386/1‑141 (MQ=255) cATCTTTTTTTTTTTAAAATTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTa > 2:351059/1‑141 (MQ=255) cATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATTATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTa < 1:727923/141‑1 (MQ=255) aTCTTTTTTGCTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTAc < 1:105924/141‑1 (MQ=255) ttttGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGc < 1:451675/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATTATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATAATTACGGAGca > 2:826891/1‑141 (MQ=255) tttGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGca > 1:595662/1‑141 (MQ=255) tggtggAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGcata > 1:4872/1‑139 (MQ=255) ggtggAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAt < 2:388057/141‑1 (MQ=255) | AGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAATTATCAATTCTTTTGCTTGTAATCATTTAAGTAATTATGTCATTATAAATGTAAGGGTTTTCAAAATAGACAAATTTAATG‑‑AAACTTAGTGATTATTTCATCTTTTTTGGTGGAAAAGTATCTGCTTTGAAAACTAATGTAATTATTTGGATAATGTTTCATGTATAATAGTTATAAATGATGAAAAGGGGAGATATGATGACTAAATCTGAAAAAATTATTGAGTTAACAAATCATTACGGAGCACAT > CP000730/951575‑951853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |