Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 87.1% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 87.1% | 252.6 / 31.6 | 93 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/2); new base A (40/41); total (50/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.45e-02 |
TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > CP000730/195156‑195417 | tAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 2:418142/141‑1 (MQ=255) tAGCTAAACTTGCTACGACAAATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 1:706214/141‑1 (MQ=255) gcaaaaCTTGCTACGAAAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTAAA‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCtt < 1:522573/138‑1 (MQ=255) gCTAAACTTGCTACGAACGATACTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCt > 2:912753/1‑141 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATC‑‑AATTAGTTGATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:993803/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:521741/141‑1 (MQ=255) aaaCTTGGTACGACAGATTCTTTATCAATAATGATAGCTACCTATT‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATTTTTTACAGTATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTaa < 2:335835/141‑1 (MQ=255) aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAat > 1:973468/1‑141 (MQ=255) cTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTActat < 1:483222/141‑1 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTAAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATc > 2:292218/1‑141 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑GAAATGTTTCTTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATc > 1:250706/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATCTATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATGTATTTTAGAGACTTTTTTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:222042/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATTTTAATATCCtt > 2:855261/1‑141 (MQ=255) cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCtt > 1:611249/1‑141 (MQ=255) tACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTg > 2:365232/1‑141 (MQ=255) aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt > 2:851027/1‑141 (MQ=255) aTTCTTTATCCATTATAATAGCCTCCTATA‑‑TTTATGTCTACTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTCAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATAATAACAACAATATCTTAATATACTTGTAATCCGa < 2:1052204/141‑1 (MQ=255) tCTGTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:618474/141‑1 (MQ=255) ctCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTTTTTACTTATACCCTAACATGCTTTTTATAGTTTTTGAAAATATATTTTAAAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTCATCTCCTTGTAATCCGATaaatat > 2:314067/2‑137 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 2:805705/1‑141 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATCTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAAt > 2:530121/1‑141 (MQ=255) tCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGATAAGAAtt < 1:529767/141‑1 (MQ=255) tAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCTTTGTAATCCGATAAGAATTATAg > 2:317579/1‑141 (MQ=255) aatcatatccaattata‑‑tataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATTATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt < 2:570385/128‑1 (MQ=255) tGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTaa > 2:208063/1‑141 (MQ=255) gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:78354/1‑141 (MQ=255) gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:552750/1‑141 (MQ=255) gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:248392/1‑141 (MQ=255) atatcgcccTATA‑‑CATCTGTTTATTTCCTTATACCCTGACATGATTTTTATCCCCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 1:796979/135‑1 (MQ=255) aaatccctcTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTAATTCTCTTTGAAAATTTATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 2:842772/137‑1 (MQ=255) aTAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata > 2:942798/1‑141 (MQ=255) aTAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATAATAGTAata > 2:473528/1‑141 (MQ=255) cccccTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAATAATAtttt > 2:332395/1‑141 (MQ=255) cgata‑‑tatatGTTTATTTACTTATACCATAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa < 1:302726/139‑1 (MQ=255) ata‑‑tatatGATTATTTACTTGTAACCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 2:143292/141‑1 (MQ=255) tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt > 1:293148/1‑141 (MQ=255) atatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt > 1:151621/1‑141 (MQ=255) 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2:546688/1‑141 (MQ=255) cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTCTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAAGNTTTNTNCAACAATTGTtatggaatgtc > 1:614766/1‑133 (MQ=255) ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATAGTTATAGGAGGTCt < 1:693531/141‑1 (MQ=255) ataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTCTAGGAGGTGtta > 1:524665/1‑141 (MQ=255) taCCCTAACATGATTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCCTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttat < 1:669490/141‑1 (MQ=255) aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa > 1:656519/1‑141 (MQ=255) 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ttaatGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGa > 2:535535/5‑141 (MQ=255) aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:186125/1‑141 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAGCCATTGTTATAGGAGGTCCTGTTAATGACCTTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:1018835/1‑141 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:705266/1‑141 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTCTTAGGAGcgacca > 1:266405/1‑136 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:402246/1‑141 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1:277165/141‑1 (MQ=255) cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtttt > 1:716001/1‑141 (MQ=255) cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCAAACAATCTTGAtttt > 1:927975/1‑141 (MQ=255) gAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:805705/141‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTTATTTTGCa > 2:816501/1‑141 (MQ=255) tttATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa > 1:331548/1‑141 (MQ=255) ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAAGATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTCACAATCTTGATTTTGCATCaa < 1:546688/141‑1 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCTTCATCGa > 2:218492/1‑141 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 1:936789/1‑141 (MQ=255) cTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:539692/141‑1 (MQ=255) atAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:95990/140‑1 (MQ=255) | TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > CP000730/195156‑195417 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |