| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 76,265 | 0 | C | T | 33.8% | 548.5 / inf | 614 | intergenic (+323/‑811) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (229/173); new base T (98/108); total (330/284) | |||||||||||
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Only 100 of 621 total aligned reads displayed.
AAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAA > CP000730/76125‑76405 | aaGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTAAAATAAAAAAAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGcc < 2:786267/141‑1 (MQ=18) ggCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGCAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTACCCGt > 1:222747/1‑141 (MQ=255) tttaatAATTATAGTAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGctacta < 1:881625/141‑1 (MQ=255) gtaaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTAAAAATTAAAAAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAtt < 2:334482/134‑1 (MQ=11) 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1:589248/1‑141 (MQ=11) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 2:804015/1‑141 (MQ=255) tCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTCAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaaa > 2:40421/1‑141 (MQ=21) tCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaaa > 1:337585/1‑141 (MQ=255) cACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAt > 2:316890/1‑141 (MQ=255) aCTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAtt < 1:802261/141‑1 (MQ=35) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |