| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,850 | C→T | 51.7% | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 51.7% | 34.0 / 78.3 | 67 | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/14); new base T (14/20); total (32/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATA > CP000730/35715‑35976 | tGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATGAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTa > 2:345351/1‑141 (MQ=255) gACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTaa > 2:199838/1‑141 (MQ=255) gACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTaa > 1:65327/1‑141 (MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATGACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTAATCATGTc > 2:211369/1‑141 (MQ=255) 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2:390835/141‑1 (MQ=12) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAACTAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAATAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAAT‑‑CGCTa > 2:152762/1‑141 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAAAAAGAGCTAAAATAAAATTGAGATCTAAAAAAAATAGAAGGTTATGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGATAACCACTAATTTATCATGTAAGTGATAGATACACT‑‑TGCTa > 2:152820/1‑141 (MQ=25) agaaaGTTTTTGGCGAAAAATGAGTACGTGAAAAAGAGCTAAAGTAAAATTGTGATCAAATAAAAATAGAAGGTACTGTTGCAAAGAAAAAAAATATAGCTGACCACTAATATAACATGTCAGTGTTCGCATAACtgactc > 2:152768/3‑136 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 2:33293/1‑141 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 1:51269/1‑141 (MQ=255) 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2:235082/139‑1 (MQ=11) tCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:131790/141‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGGTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTGACCCCTAATTTATCATGTCCGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:215785/141‑1 (MQ=255) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTACTATATCATGTCAGTGTTCATAAAACT‑‑TAATAGCAAGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGCACTGGAAAGACCTGCCGTCCt > 2:238377/1‑141 (MQ=2) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt > 2:246254/1‑141 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:213740/141‑1 (MQ=11) ataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc > 1:134379/1‑141 (MQ=38) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 2:166983/1‑141 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:215423/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:282856/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:311184/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt > 1:394659/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:344232/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATACTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACTTGCGGTTCttt > 1:123703/1‑141 (MQ=11) aaaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAACTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:288962/141‑1 (MQ=25) aaaaGAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:313010/141‑1 (MQ=18) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 2:185097/141‑1 (MQ=11) ttatGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGACATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCg < 1:184088/138‑1 (MQ=1) tccgTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCg < 2:346012/138‑1 (MQ=1) aacaaTATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGGTGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAACCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATa < 2:8910/138‑1 (MQ=0) | TGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATA > CP000730/35715‑35976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |