| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,817 | A→T | 47.9% | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 47.9% | 62.0 / 96.6 | 70 | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/12); new base T (14/19); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
TGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATA > CP000730/35688‑35956 | tGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGATCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTATGTTGc < 2:219327/141‑1 (MQ=255) aGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAATAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATGTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAATTAAAAAAttaa > 2:202093/1‑140 (MQ=255) aGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAatat > 1:336149/1‑141 (MQ=255) atgatCTCATTGACAAAGTATCTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATACAATTGTGAACTAATAAAAATAGAAGGTCTCGTTGCAAAGTAAAAAAATATAg > 1:205410/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATGACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTAATCATGTc > 2:211369/1‑141 (MQ=255) gAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAGAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTc > 1:131790/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtcaa < 1:84301/141‑4 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTATTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAAAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa < 2:30590/141‑1 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt‑‑t > 1:79028/1‑141 (MQ=255) aGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑Tg > 1:361765/1‑141 (MQ=255) tataAAGTTATTGGCGAAAAATGCTTACTTGCACAAAAGCTACAATTAAATTGTAAAGCAAAGTGAGTTGAAGGTTCTGTTGCAGATTTTGAAAATGTGGCGATGCTCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCt < 2:390835/141‑1 (MQ=12) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAACTAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAATAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAAT‑‑CGCTa > 2:152762/1‑141 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAAAAAGAGCTAAAATAAAATTGAGATCTAAAAAAAATAGAAGGTTATGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGATAACCACTAATTTATCATGTAAGTGATAGATACACT‑‑TGCTa > 2:152820/1‑141 (MQ=25) agaaaGTTTTTGGCGAAAAATGAGTACGTGAAAAAGAGCTAAAGTAAAATTGTGATCAAATAAAAATAGAAGGTACTGTTGCAAAGAAAAAAAATATAGCTGACCACTAATATAACATGTCAGTGTTCGCATAACtgactc > 2:152768/3‑136 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 2:33293/1‑141 (MQ=255) 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1:157762/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGTCCTGCgg > 2:385487/4‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:59277/138‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:365927/138‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑CAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTGAGTGTTCGTTTAACT‑‑TAGTAGCATGATGCTAATTTCGTGGGATGGGAAAAATCGGTAGGTATGAGAAGACCAGCggg > 2:3582/3‑140 (MQ=2) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:88204/139‑1 (MQ=11) 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1:213740/141‑1 (MQ=11) ataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc > 1:134379/1‑141 (MQ=38) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:215423/1‑141 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 2:166983/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:282856/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:344232/141‑1 (MQ=11) 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2:185097/141‑1 (MQ=11) | TGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATA > CP000730/35688‑35956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |