Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 76,353 | 0 | G | A | 51.5% | 2.7 / inf | 335 | intergenic (+411/‑723) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/85); new base A (89/82); total (167/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCC > CP000730/76214‑76489 | tATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACgg < 1:549904/140‑1 (MQ=32) taaaCTATTTCAGATATAAACAATTTAAAATGTATGTTATCAATGTAGTCGTTGGTTACTATCTAAGATATGCTTGGAGTTATTGTGATATATCTGAAATAGTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTc < 1:41655/138‑1 (MQ=11) tGAACTTTTTCAGATATAAACAATTTAACGAGGATGTTATCACTGTAGGCGTTCGGTACGATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATAGTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATc < 1:315792/140‑1 (MQ=11) tGAACTAGTTTAGATATACACGATTTAACAAGTATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGTTATGCTTTGAGCTATCGTGATTTATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATc < 1:168729/140‑1 (MQ=11) 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tataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCa < 1:263616/140‑1 (MQ=32) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGTCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAg < 1:411854/140‑1 (MQ=17) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAg < 2:562546/140‑1 (MQ=255) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTAGTGTAAACGTTCTTCATTCAACGATCTACTGTTGGGTTCAAg > 1:114902/1‑140 (MQ=11) aaaaaaTTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCACCGGTCTACCGTTGGGTTCAAGa < 2:440318/140‑1 (MQ=12) aaaaaaTTTAACAAAGATGTTATCACTGGATCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTTAACGGTCTACCGTTGGGTTCTAGa < 2:120483/140‑1 (MQ=11) 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gCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTACAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGATAATTAc > 1:466030/1‑140 (MQ=255) aTTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTTGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACaa < 2:397033/140‑1 (MQ=255) ttATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCg < 1:596815/140‑1 (MQ=40) tCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTAt > 1:390007/1‑140 (MQ=39) atatTAAGGGAGCGTGGTGTAAACTGTCATTATTCAACGGTTTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATc < 2:220637/140‑1 (MQ=14) tAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCaaca > 1:610379/1‑138 (MQ=39) 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TATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCC > CP000730/76214‑76489 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |