BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,124	G→A	58.0%	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,124	0	G	A	58.0%	160.3 / inf	450	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/88); new base A (137/120); total (237/213)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.23e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.03e-01

Only 100 of 452 total aligned reads displayed.

AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35985‑36263

  tATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                            >  2:368405/1‑140 (MQ=255)

   aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAACCa                                                                                                                                           >  2:130694/1‑140 (MQ=255)

    ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                          >  1:32170/1‑140 (MQ=255)

     tCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGAGGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAtt                                                                                                                                         <  2:728/140‑1 (MQ=255)

      gtatGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAttt                                                                                                                                        >  2:277340/4‑139 (MQ=255)

       tttgcgctattctcaCTGTGTTACCTTGTCTGTCTTTCTTTAATAGTACGGTGATCTTTCTCGATGGGGTTATTTACATATTTCTATGTACACTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAGCATTGc                                                                                                                                       <  2:165345/126‑1 (MQ=2)

       tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                                       <  2:411689/140‑1 (MQ=255)

        ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGGTGTACAATGGCAGTAAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTGCTTTGACAATTGCt                                                                                                                                      >  2:33199/1‑140 (MQ=14)

           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                   <  2:105360/140‑1 (MQ=255)

           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                   <  1:563022/140‑1 (MQ=255)

             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                                                                 >  1:588083/1‑140 (MQ=255)

             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGACGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCta                                                                                                                                 >  1:304001/1‑139 (MQ=255)

                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              <  2:228945/140‑1 (MQ=255)

                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:504411/1‑140 (MQ=255)

                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:198287/1‑140 (MQ=255)

                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:530130/1‑140 (MQ=255)

                  gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                            >  1:93050/1‑140 (MQ=255)

                   aTACTTTGATATCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                           <  2:341277/140‑1 (MQ=14)

                   aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                           >  2:304212/1‑140 (MQ=255)

                      cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑gc                                                                                                                       <  2:323557/140‑2 (MQ=255)

                       tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGt                                                                                                                      >  2:514331/1‑140 (MQ=255)

                       ctgtaTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGt                                                                                                                      <  2:494992/136‑1 (MQ=255)

                         tgatcttttttctttattACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACTGTTATGTTTAAGTTTAAAATCTTTGATTATCTTAGCCATTGCTGCTTTCGTTGAA‑GGTGc                                                                                                                    <  1:356349/130‑1 (MQ=11)

                         tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGc                                                                                                                    <  1:523047/140‑1 (MQ=255)

                           atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCt                                                                                                                  <  2:529563/140‑1 (MQ=255)

                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCt                                                                                                                  >  1:429373/1‑140 (MQ=255)

                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCt                                                                                                                  >  1:539737/1‑140 (MQ=255)

                              ccTTGTCTTTCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGAt                                                                                                               >  1:364441/1‑140 (MQ=255)

                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCt                                                                                                             >  1:421354/1‑140 (MQ=255)

                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCt                                                                                                             >  2:443835/1‑140 (MQ=39)

                                    ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                         <  2:538261/140‑1 (MQ=255)

                                    ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                         <  2:637398/140‑1 (MQ=255)

                                     tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                        >  2:318896/1‑140 (MQ=37)

                                      ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                       <  1:295938/140‑1 (MQ=255)

                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTaacta                                                                                                      <  1:45627/140‑4 (MQ=255)

                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                      <  1:612850/140‑1 (MQ=38)

                                        cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                                     <  2:18135/140‑1 (MQ=255)

                                         ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                    >  1:374276/1‑140 (MQ=255)

                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  <  1:84589/140‑1 (MQ=255)

                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTACGGTGAATGGTG‑CTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  <  1:490570/140‑1 (MQ=11)

                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  >  1:144603/1‑140 (MQ=37)

                                            cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                                 >  2:599762/1‑140 (MQ=255)

                                             tttACTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTGAGGTACTTCTATGTACAATGATAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTCAAGTATCTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATTTGTAACTACCtgtt                                                                                                <  2:271056/140‑1 (MQ=11)

                                             tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCATATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCtttt                                                                                                <  2:282666/140‑1 (MQ=11)

                                                 atatGACGGTGATCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATTTTTCGATGTACATTGGAAGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                            <  1:153343/140‑1 (MQ=11)

                                                 atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                            <  2:62313/140‑1 (MQ=35)

                                                 atatGACGGTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTACCTACCTTTTGAgg                                                                                            >  2:209977/1‑140 (MQ=11)

                                                  tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                           >  2:553915/1‑139 (MQ=255)

                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                                         >  2:661559/1‑140 (MQ=19)

                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                                                         >  1:169621/1‑140 (MQ=255)

                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTCAGGctt                                                                                         >  1:637295/1‑140 (MQ=11)

                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAAGTGTAc                                                                                       >  1:439646/1‑140 (MQ=11)

                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                       >  1:217918/1‑140 (MQ=34)

                                                        ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCCTTTGAGGCTTACCa                                                                                     >  1:126638/1‑140 (MQ=11)

                                                          tGATCTTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   >  1:330116/1‑140 (MQ=18)

                                                          tGATCTTGCGTAATTGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCACGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑TGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   <  2:398931/140‑1 (MQ=11)

                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  1:105324/1‑140 (MQ=16)

                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  1:233684/1‑140 (MQ=16)

                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  2:256820/1‑140 (MQ=16)

                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGTCTTACCAAATTg                                                                                >  1:509691/1‑140 (MQ=11)

                                                              cTTGCTCAATGAGGTTCTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               <  1:394492/140‑1 (MQ=17)

                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTTCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:281865/1‑140 (MQ=255)

                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:470010/1‑140 (MQ=12)

                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  2:297891/1‑140 (MQ=16)

                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                               >  2:35419/1‑140 (MQ=11)

                                                               ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:521399/1‑140 (MQ=12)

                                                                 gCTCAATCAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGCTTTACCAAATAGttga                                                                            >  2:654560/1‑138 (MQ=11)

                                                                  ctaaaTGAGTTTATTGCTCTATTTCGATTTACAATGGTAGTCTTGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTTCTTTAACCATTGCTAGCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                           <  1:268917/137‑1 (MQ=11)

                                                                   tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                          <  2:43502/140‑1 (MQ=12)

                                                                    cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                                         <  1:443592/140‑1 (MQ=12)

                                                                      aTGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                       <  2:198113/140‑1 (MQ=255)

                                                                      aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                       <  1:55043/140‑1 (MQ=32)

                                                                        gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                     >  1:545590/1‑140 (MQ=12)

                                                                         cggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  1:573856/139‑1 (MQ=11)

                                                                         aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  2:576547/140‑1 (MQ=32)

                                                                         aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  2:382461/140‑1 (MQ=32)

                                                                         aGGTTAATCAGATATTTCGATGTACACTGGAAGACACGAATAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTAGTTGAA‑GGAGCCTGATCTGTAATTACATTTTGAGGATCACAAAATAGTTTAATgtgaga                                                                    >  2:465710/1‑138 (MQ=11)

                                                                              aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATAAGTATAA‑TGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGATTGa                                                               >  1:654635/1‑140 (MQ=11)

                                                                              aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATATGTAATGACCGTTGGAGGCTTACCACATTGTTTAATAAGACGTTTGa                                                               >  1:182427/1‑140 (MQ=11)

                                                                                tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                             >  2:219188/1‑140 (MQ=16)

                                                                                 cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                            >  1:410863/1‑140 (MQ=255)

                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaag                                                          >  2:482938/1‑139 (MQ=16)

                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                          >  1:581164/1‑140 (MQ=33)

                                                                                    ctatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGCTTAAAAGCTTTAATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                         <  1:246351/139‑1 (MQ=255)

                                                                                      atTTCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTTGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  1:256572/140‑1 (MQ=11)

                                                                                      atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:4500/140‑1 (MQ=17)

                                                                                      atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:592837/140‑1 (MQ=17)

                                                                                      atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:585889/140‑1 (MQ=11)

                                                                                         tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                    >  2:612879/1‑140 (MQ=33)

                                                                                          cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                   >  1:62489/1‑140 (MQ=12)

                                                                                            aTGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAATGTTTGATAAAAGAATATGCt                                                 >  2:150132/1‑140 (MQ=11)

                                                                                              gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                               <  1:109051/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                             <  1:75918/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                 cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                            >  1:161688/1‑140 (MQ=9)

                                                                                                  aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                           <  2:118729/140‑1 (MQ=14)

                                                                                                   aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATTATACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                          <  2:236248/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                    tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                         >  1:629481/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                        ttAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg     >  1:663927/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                         tAGCCATTGCTACCTTCTTTGAA‑TGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt    <  1:479824/140‑1 (MQ=14)

                                                                                                                                           gCCATTGCTGCCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAACTTCCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATATTCGTATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc  <  1:204934/140‑1 (MQ=11)

AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAA‑GGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35985‑36263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`