| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,847,358 | C→T | 16.7% | N61N (AAC→AAT) | USA300HOU_2689 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,847,358 | 0 | C | T | 16.7% | 53.0 / 4.9 | 24 | N61N (AAC→AAT) | USA300HOU_2689 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/6); new base T (2/2); total (16/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
CCAAATTAAACATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGATTTAACAATTAAAGGCATCACTAACGAAGAAAC > CP000730/2847220‑2847498 | ccAAATTAAACATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATGCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGa < 2:93786/141‑1 (MQ=255) aaaCATTTAATGGTTTCTCAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGt > 2:246080/1‑141 (MQ=255) aaaCATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGt > 2:154392/1‑141 (MQ=255) aaaCATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGt > 2:538/1‑141 (MQ=255) aaaCATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGGTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAGTATCGTAGCACGt < 2:181415/141‑1 (MQ=255) aTTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATa > 2:64944/1‑141 (MQ=255) tGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACt > 1:151338/1‑141 (MQ=255) tGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACt > 1:263406/1‑141 (MQ=255) aaaGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCt > 1:32121/1‑141 (MQ=255) aaaGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCt > 2:133103/1‑141 (MQ=255) aGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAATGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTgg > 2:59604/1‑141 (MQ=255) aGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAATGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTgg > 2:59594/1‑141 (MQ=255) ttCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTACAAGCTAAATTAACAATAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATATGGTGATTTCtt > 2:100271/1‑141 (MQ=255) cATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTg > 2:110201/1‑141 (MQ=255) cATTTGATCAATTTGATGTAGCCGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTg > 2:110223/1‑141 (MQ=255) gATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACt < 2:216585/141‑1 (MQ=255) ttGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAAt < 2:166554/141‑1 (MQ=255) gATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAAttt > 1:85930/1‑141 (MQ=255) tcaacaaTTAGTCCAATCTCAATTATCACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTGCTTTGGTACTGACGAATTTTATAAAATTACATTTGGGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTGGGt > 2:38610/2‑141 (MQ=255) acaaTTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAATGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGAt < 1:59604/141‑1 (MQ=255) acaaTTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAATGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGAt < 1:59594/141‑1 (MQ=255) acaaTTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGAt < 2:263406/141‑1 (MQ=255) acaaTTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGAt < 2:151338/141‑1 (MQ=255) tCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGATTTAACAATTAAAGGc > 1:110977/1‑141 (MQ=255) cGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGATTTAACAATTAAAGGCATCACTAACGAAGAAAc > 2:172210/1‑141 (MQ=255) | CCAAATTAAACATTTAATGGTTTCTAAAGTGAAAGGTTCATTTGATCAATTTGATGTAGCTGTTGAAGGAGATATTAATGACTTCAGTACTTTGAAAGCTACTGCAACAATTATTCCAAGCTCAATTAACACTAAAAACGAAGCACGTGATAACCACTTAAAATCTGGTGATTTCTTTGGTACTGACGAATTTGATAAAATTACATTTGTGACAAAATCAGTATCTGAAAGCAAAGTTGTTGGTGATTTAACAATTAAAGGCATCACTAACGAAGAAAC > CP000730/2847220‑2847498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |