| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,765,350 | T→C | 14.3% | intergenic (‑419/+276) | gpxA2 ← / ← USA300HOU_2620 | glutathione peroxidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,765,350 | 0 | T | C | 14.3% | 64.8 / 5.2 | 28 | intergenic (‑419/+276) | gpxA2/USA300HOU_2620 | glutathione peroxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/11); new base C (2/2); total (15/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
AAGACAATTAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGATAAACGTCATATTA > CP000730/2765222‑2765481 | tttttttttAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCACATAATCCTTaaa > 2:211587/8‑141 (MQ=255)aaGACAATTAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTaaa > 2:8548/1‑141 (MQ=255)aaGACAATTAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTaaa > 2:118225/1‑141 (MQ=255)aaGACAATTAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCACATAATCCTTaaa > 2:119290/1‑141 (MQ=255) aCCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACAtg < 1:102391/141‑1 (MQ=255) aCCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACAtg < 1:107170/141‑1 (MQ=255) gCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGa < 1:17226/141‑1 (MQ=255) ctTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTg < 1:111320/141‑1 (MQ=255) tAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGttt > 2:79931/1‑141 (MQ=255) taGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGc > 2:245914/1‑141 (MQ=255) tAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCcctcc < 2:25902/141‑1 (MQ=255) aTACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCtt > 1:108395/1‑141 (MQ=255) ttAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTAta < 1:251978/141‑2 (MQ=255) tAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCt > 2:110573/1‑141 (MQ=255) aCTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAat > 1:15528/1‑141 (MQ=255) aCTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAat > 1:200935/1‑141 (MQ=255) atacatacTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATcc > 1:8139/1‑141 (MQ=255) aCGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTaaaa < 1:17403/141‑1 (MQ=255) aGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTCAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTaaa > 1:136929/1‑141 (MQ=255) tCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAATTg > 2:201818/1‑141 (MQ=255) aaTTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGacacac < 1:157450/141‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGacacac < 2:181128/141‑1 (MQ=255) aTGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGcgac > 1:67157/1‑141 (MQ=255) tGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGcgacg > 2:110922/1‑141 (MQ=255) gATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGAt < 1:898/141‑1 (MQ=255) gCTGCCCAACTCACATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGATAAACGTCat < 1:211587/141‑1 (MQ=255) gCTGCCCAACTCACATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCAATTATCTACTTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGATAAACGTCat < 1:119290/141‑1 (MQ=255) cccAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGATAAACGTCAtatta < 1:4475/141‑1 (MQ=255) | AAGACAATTAGACCGCTCTTTAAACTATAGATTAATACTTAAGTTAAACTCATACATACTGATACCATACGTTAGATCTAACAATTTAAAATTCGTTATAACTATGGATTAAAGAGCTGCCCAACTCATATAATCCTTAAAAACTTCACATGTGATTGTTTATTAAGCCCTCCTTTATCTTATTAAATATCCTTATAACCCTTTTAAAATTAAACTGACACACTCATACATTGTTACACGCGACGATAAACGTCATATTA > CP000730/2765222‑2765481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |