| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,353 | G→A | 59.7% | intergenic (+411/‑723) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,353 | 0 | G | A | 59.7% | 41.8 / 83.0 | 71 | intergenic (+411/‑723) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/11); new base A (22/20); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
TATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAT > CP000730/76214‑76491 | tATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTTGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGt > 1:56338/1‑141 (MQ=17) aaCTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTAc > 1:64212/1‑141 (MQ=255) aaCTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGCCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTAc > 1:86497/1‑141 (MQ=255) aTTTCAGATATAAACAATTTACCAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGCGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGtt < 2:117432/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=17) gATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTc < 2:109294/141‑1 (MQ=255) tataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCaa > 1:59128/1‑141 (MQ=32) ataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAg < 1:77753/141‑1 (MQ=12) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGa > 2:45711/1‑141 (MQ=255) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGa < 2:7251/141‑1 (MQ=255) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGa < 1:80646/141‑1 (MQ=255) aaaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGaa > 2:28334/1‑141 (MQ=255) aaaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGaa > 2:113903/1‑141 (MQ=255) aaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAat < 2:75160/141‑1 (MQ=17) aaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAat > 1:7150/1‑141 (MQ=12) aaTTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATg > 2:53490/1‑141 (MQ=32) 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2:107374/141‑1 (MQ=255) tGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTtata > 1:31104/1‑141 (MQ=255) gTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 1:90962/141‑1 (MQ=255) tATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa > 2:32209/1‑141 (MQ=25) aTCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 1:104500/1‑141 (MQ=25) cACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTTTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAt > 1:23343/1‑141 (MQ=255) 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1:75880/1‑141 (MQ=35) tGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGaaaaa < 2:59128/141‑1 (MQ=35) tGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGGACGACGTTTCGGC‑AGCTTCGTCGGAACGTTGAACCGTTTGGTTCAAGAATATGCCCCAATGTTATATCAAATTTGGAAGaaaaa > 1:88133/1‑141 (MQ=2) ggCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAg < 2:82678/141‑1 (MQ=255) gCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGc > 2:83371/1‑141 (MQ=255) gCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGc > 1:115163/1‑141 (MQ=255) 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2:59926/141‑1 (MQ=40) tatGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATaaaaaagcttat < 1:61510/141‑8 (MQ=11) tggtgTAAACGAGCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCACACTTGGAAGAAAAAGCATAAAACGCTAATTACACATGGAGTATTGAGGAGACGTACAGCAAAATAAAAGGaaaa > 2:68225/1‑141 (MQ=14) aaCGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCt > 2:48200/1‑141 (MQ=40) cGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAt > 2:42104/1‑141 (MQ=40) | TATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAT > CP000730/76214‑76491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |