| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,656,802 | A→T | 6.4% | S72R (AGT→AGA) | USA300HOU_2510 ← | MarR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,656,802 | 0 | A | T | 6.4% | 191.6 / 5.7 | 64 | S72R (AGT→AGA) | USA300HOU_2510 | MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/29); new base T (2/2); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
AACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCTTTACGTCTTCTTT > CP000730/2656662‑2656942 | aaCGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGa < 2:423151/141‑1 (MQ=255) gCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACtt > 1:388763/1‑141 (MQ=255) gCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACtt > 1:253127/1‑141 (MQ=255) cTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTa < 2:95752/141‑1 (MQ=255) tctcATCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGaaa < 1:177768/141‑1 (MQ=255) aGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAAtgct < 2:314802/141‑1 (MQ=255) cATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAAtgctgc < 2:13091/141‑1 (MQ=255) tGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTa > 1:313687/1‑141 (MQ=255) cTTAGGGNAAATATCTGCCATTTGGCTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACt < 2:345698/141‑1 (MQ=255) cTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACt < 2:210399/141‑1 (MQ=255) cTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACt < 1:232772/141‑1 (MQ=255) cTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACt < 2:315499/141‑1 (MQ=255) cTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACt < 2:390013/141‑1 (MQ=255) gggAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCa > 1:406271/1‑141 (MQ=255) gggAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCa > 1:301889/1‑141 (MQ=255) gggAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACAAATAAAATACTGCTACTTGCa > 1:370811/1‑141 (MQ=255) aaTATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTaa < 2:98055/141‑1 (MQ=255) atCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATAc < 1:356368/141‑1 (MQ=255) atCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATAc < 1:14346/141‑1 (MQ=255) atCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATAc > 2:386929/1‑141 (MQ=255) ccATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGTCTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGt > 2:182306/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAAtt < 2:330587/141‑1 (MQ=255) tCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTACTTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGt > 2:655/1‑141 (MQ=255) tCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACCTATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGTTCTCTAATACGTTAAATTGGt > 2:206630/1‑141 (MQ=255) aaCAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGAc < 2:253127/141‑1 (MQ=255) aaCAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGAc < 2:388763/141‑1 (MQ=255) tatataCACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTtattat > 2:228293/1‑141 (MQ=255) tatataCACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTtattat > 2:66039/1‑141 (MQ=255) tatataCACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTtattat > 1:170402/1‑141 (MQ=255) tatataCACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAAACTTTGTCCTCTAATTCACTTACAACATATTGATTACAGCGACGTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTtattat > 1:388965/1‑141 (MQ=255) atataCACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATtata < 1:7428/141‑1 (MQ=255) acGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCaa > 2:252753/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tcatcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGc > 1:299824/1‑141 (MQ=255) tcatcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGc > 2:338364/1‑141 (MQ=255) tcatcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGc > 1:47879/1‑141 (MQ=255) tcatcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACATTTATAATAAAGCAACTCGAGc > 1:370974/1‑141 (MQ=255) catcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGTCTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCa < 1:182306/141‑1 (MQ=255) catcTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGTCTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCa < 1:427415/141‑1 (MQ=255) tttATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGc < 2:284046/141‑1 (MQ=255) tttATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGc < 2:330444/141‑1 (MQ=255) tCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAAt > 1:35088/1‑141 (MQ=255) tCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAAt > 1:160674/1‑141 (MQ=255) ccTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAAtt < 2:328517/141‑1 (MQ=255) cACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTaa > 2:75705/1‑141 (MQ=255) aCCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCata < 2:145660/141‑1 (MQ=255) ccTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCatat < 2:220890/141‑1 (MQ=255) gTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCtt < 2:174099/141‑1 (MQ=255) gTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCtt < 2:260966/141‑1 (MQ=255) ccTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCTTTa > 2:403398/1‑141 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1:189338/1‑141 (MQ=255) aCTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCTTTACGTCTTCttt > 1:377537/1‑141 (MQ=255) | AACGCTTTTGTTAATGTCTCAGCATGCTTAGGGAAAATATCTGCCATTTGACTTTGACCTTTTTCAGTTAAACAAGCCATATATACACGTTTATCATCTTTATCCTTTTCACGTGTAATCCAACCTTTGTCCTCTAATTGACTTACAACATATGAAATGCTGCTACTTGCAATTAATACGCGGTCTCTAATACGTTGAATTGGTTGCGGACCTTTATTATAAAGCAACTCGAGCACTGCAAATTCAGTAATATTTAAGCCATATCGCTTTACGTCTTCTTT > CP000730/2656662‑2656942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |