| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,817 | A→T | 42.7% | intergenic (+48/+60) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 42.7% | 55.5 / 51.5 | 35 | intergenic (+48/+60) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/11); new base T (4/11); total (13/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
GCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTA > CP000730/35677‑35952 | gCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGaa > 2:185904/1‑141 (MQ=255) tGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGc < 1:146240/141‑1 (MQ=255) tGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaaaaa < 1:122758/141‑1 (MQ=255) tGTAGATGATCACATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaaaaa < 2:195108/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |