| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2085296 = | 38 (1.060) | 15 (0.460) | 8/252 | 1.7 | 35.2% | intergenic (‑558/‑400) | mapW2/USA300HOU_1944 | cell surface protein MapW2/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2128343 | 21 (0.650) | intergenic (+57/+1062) | int/hlgB | bacteriophage integrase/possible leukocidin subunit | |||||
ATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2085445‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA < CP000730/2128343‑2128205 ATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGT > 2:367225/1‑141 TTATATGAGGTATTATTGATAATGCTAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTT < 2:122136/141‑1 TTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTT < 2:14571/141‑1 ATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATG < 1:141865/141‑1 TAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCC < 2:11307/141‑1 TAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCC < 1:96916/141‑1 TAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACT > 1:211455/1‑141 CTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTA < 2:149720/141‑1 CTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTA < 1:345104/141‑1 CTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTG > 2:379952/1‑141 CTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTG > 2:166745/1‑141 CTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTG > 2:211626/1‑141 TTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTT > 1:53540/1‑141 TTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTT > 1:279695/1‑141 tTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTACAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTGCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAG < 2:113057/140‑1 CTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTCACAAATGAG < 2:144530/141‑1 GTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATAC < 1:213687/141‑1 GTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATAC < 1:229465/141‑1 GGATACATAGAACCCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTACCTAATGGGTCCCTAAAATACATAATTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGG < 1:329175/141‑1 GGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGG < 1:66249/141‑1 GGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGG < 1:79941/141‑1 GGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGG < 1:86152/141‑1 GATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGA > 1:63505/1‑141 GATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGA > 2:362549/1‑141 CATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA > 1:269560/1‑141 ATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2085445‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA < CP000730/2128343‑2128205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |