| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 730,535 | T→C | 11.0% | intergenic (+142/‑187) | lipA → / → USA300HOU_0677 | possible S9C family peptidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 730,535 | 0 | T | C | 11.0% | 88.0 / 2.7 | 38 | intergenic (+142/‑187) | lipA/USA300HOU_0677 | possible S9C family peptidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/13); new base C (2/2); total (23/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AGTAATTTATTGCTTAAGCAACATTTAAGATTTTCAAATTAAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGTGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATAAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTATTATGATGTGACATTTATTTTACAAACTAATTTGTTTTGAACCTGAAAATAACTTTTTACAACTAAATTGTCGAAAAACAGTGTGTACATGATATAATAAATTTATAAATTGAAAAGAATTCAAAAGA > CP000730/730405‑730666 | agtaATTTATTACTTAAGCAACATTTAAGATCTTCAAATTGAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGGGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATCAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACCCTATgatgat > 1:240913/1‑141 (MQ=255) tttATTGCTTAAGCAACATTTAAGATTTTCAAATTAAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGTGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATAAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTATTATGATGTGAc > 2:4698/1‑141 (MQ=255) aCATTTAAGATTTTCAAATTAAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGTGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATAAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTATTATGATGTGACATTTATTTTACAAAc > 1:173665/1‑141 (MQ=255) cATTTAAGATCTTCAAATTGAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGGGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATAAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACCCTATTATGATGTGACATTTATTTTACAAACt > 1:164403/1‑141 (MQ=255) 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AGTAATTTATTGCTTAAGCAACATTTAAGATTTTCAAATTAAAAACGAAGAATTTAAAACATGTGGTGCTAATGTGTAAGAGTCTGAGATATAATAAATTGTTAGCGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTATTATGATGTGACATTTATTTTACAAACTAATTTGTTTTGAACCTGAAAATAACTTTTTACAACTAAATTGTCGAAAAACAGTGTGTACATGATATAATAAATTTATAAATTGAAAAGAATTCAAAAGA > CP000730/730405‑730666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |