| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,595,720 | C→T | 11.1% | E57E (GAG→GAA) | celM ← | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,595,720 | 0 | C | T | 11.1% | 122.2 / 5.5 | 45 | E57E (GAG→GAA) | celM | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/17); new base T (2/3); total (25/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TCAATGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTTACTACAATCATCAATGGAAA > CP000730/2595581‑2595854 | tCAATGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTtct < 2:21651/141‑1 (MQ=255) aaTGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCa < 2:260165/141‑1 (MQ=255) aTGTATTCATAAGTGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGTGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCAt < 2:310307/141‑1 (MQ=255) aTGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCAt > 2:297846/1‑141 (MQ=255) aTGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCAt > 2:422620/1‑141 (MQ=255) tGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCAtt > 2:43408/1‑141 (MQ=255) gTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTc > 1:222573/1‑141 (MQ=255) aTTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGt > 1:135649/1‑141 (MQ=255) aTTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGt > 2:435694/1‑141 (MQ=255) ttCATAAATGCTGGGCCAATGCGTTCAGCAACAGGATCCCCTGTAATGTAACTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAGTTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTTTCATTCGtt < 1:431630/141‑1 (MQ=255) aTAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCt > 1:22845/1‑141 (MQ=255) aaaTGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGc > 1:8701/1‑141 (MQ=255) aTGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATCAAGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCaa < 2:72119/141‑1 (MQ=255) tGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCaa < 2:251174/141‑1 (MQ=255) ggACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAAc > 1:188802/1‑141 (MQ=255) aCCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAActc > 1:385528/1‑141 (MQ=255) atgcGTTCAGCAACAGGATCCCCTGTAATGTAACTTGTACCAAAATTAAATTACATAGCAAAAAAAAACCTAGATATATTTTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTTTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGgt > 1:386496/4‑141 (MQ=255) aCGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGgtgt < 2:81334/141‑1 (MQ=255) aCGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGgtgt > 1:100643/1‑141 (MQ=255) gTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTa > 1:80727/1‑141 (MQ=255) ggTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTcc > 1:29853/1‑141 (MQ=255) accttcaaTGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTtg < 2:369615/135‑1 (MQ=255) aGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTaaaa > 1:15628/1‑141 (MQ=255) gCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAAt > 1:414444/1‑141 (MQ=255) aaaaTTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGc > 2:138140/1‑141 (MQ=255) aattGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGAttt < 2:47432/141‑1 (MQ=255) tCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTg > 1:12381/1‑141 (MQ=255) ttCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAat < 1:75333/141‑1 (MQ=255) tCAAGTAACCAGTTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTTTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTTCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAata > 1:411191/1‑141 (MQ=255) tCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAata < 1:226929/141‑1 (MQ=255) aaGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAAtata > 1:388620/1‑141 (MQ=255) aaCCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTc < 2:450168/141‑1 (MQ=255) cAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAAt < 1:370181/141‑1 (MQ=255) atatTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGt > 2:229404/1‑141 (MQ=255) atatTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGt < 2:57108/141‑1 (MQ=255) tatTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTc > 1:83839/1‑141 (MQ=255) atTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCa < 1:297846/141‑1 (MQ=255) atTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCa < 1:58471/141‑1 (MQ=255) ttGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTTTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTTATTTGTGCATGTAAAATTGTCATAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTTAt < 2:386496/141‑1 (MQ=255) taataaTGGATCATTGAAACCGTACTTTTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTTCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACt < 2:217999/141‑1 (MQ=255) tcatGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTGGTTTTTGCAATCAGCCCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTtac < 1:431498/139‑1 (MQ=255) taatGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTtac > 1:143714/1‑141 (MQ=255) tGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTtactac > 1:279853/1‑141 (MQ=255) cGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTTACTACAATCATCAATGGaa < 1:442187/141‑1 (MQ=255) cGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTTACTACAATCATCAATGGaa < 2:315969/141‑1 (MQ=255) gTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTTACTACAATCATCAATGGaaa > 1:397635/1‑141 (MQ=255) | TCAATGTATTCATAAATGCTGGACCAATACGTTCAGCAACTGGGTCACCTGTAATGTAGCTTGTACCAAAATTAAATTGCATCGCTTCAAGTAACCAATTTTTATATTGAATTAATAATGGATCATTGAAACCGTACTTCTCATTCGTTTCTGCAATCAACTCTGGTGTTACATTTGGCGTCCCTTGTGCATGTAAAATTGTCACAGCTGGATTTTCATTTGTAATATACGTCAATAGAAATGTCATAAAACTTACTACAATCATCAATGGAAA > CP000730/2595581‑2595854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |