| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 99262 = | 41 (1.110) | 2 (0.060) | 4/230 | NT | 5.4% | intergenic (+56/+16) | tfoX/USA300HOU_0099 | hypothetical protein/possible MFS family major facilitator transporter |
| ? | CP000730 | 99291 = | 34 (1.030) | coding (1208/1221 nt) | USA300HOU_0099 | possible MFS family major facilitator transporter | |||||
ATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAATGGAGCAATTA > CP000730/99160‑99426 | aTCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCAtatt > 2:444703/1‑141 (MQ=255) tcACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCAtatttta > 2:4753/1‑141 (MQ=255) cACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCAtattttat > 2:211648/1‑141 (MQ=255) cTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCAtattttattt < 1:105824/141‑1 (MQ=255) cTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCAtattttattt > 1:62157/1‑141 (MQ=255) gATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTg < 1:448872/141‑1 (MQ=255) atttatttAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGc > 2:391915/1‑141 (MQ=255) ttatttaAGACCATAAAAAATGATTTGAAACAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCt < 2:184742/141‑1 (MQ=255) ttatttaAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGGAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCt < 2:315506/141‑1 (MQ=255) agttaAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGt < 2:303281/139‑1 (MQ=255) tttaAGACCGGAAAAACTGATTTGCGCAAGCGAAGAAGTGACGGGTGGGGGCAGTGAGAACTAAGCCGATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTGGCCTGtt > 2:281183/1‑141 (MQ=255) aGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGt > 1:69660/1‑141 (MQ=255) aGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGt > 1:257877/1‑141 (MQ=255) cATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAAc > 1:106656/1‑141 (MQ=255) aaaaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAagca < 1:211648/141‑1 (MQ=255) aaTGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAagcagc > 1:294863/1‑141 (MQ=255) gATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAgt > 1:168671/1‑141 (MQ=255) tttGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAgtgt < 2:153838/141‑1 (MQ=255) tttGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGCGGGTGCAGAGAGAAATACGCCCAAACATCAAACCTAAACAGTTAACGAAGTGTGTCGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAgtgt < 1:42342/141‑1 (MQ=255) attttatccttactcatatttgttacactgctgcttgttaacaaaacaggcaaaataaaatatgcacataaagaagagtgacggtcactcttctttaTGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAgtgt < 1:199985‑M2/44‑1 (MQ=255) gAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAACTGGTCGCTTGTTAAAGAAGATTGACGTTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAAc < 1:432999/141‑1 (MQ=255) 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2:406094/1‑141 (MQ=255) tgtgGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATaaaa < 1:107392/141‑1 (MQ=255) acactgctgcttgttaacaaaacaggcaaaataaaatatgcacaTAAAGAAGAGTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAAt < 1:199985‑M1/97‑1 (MQ=255) ggTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAg > 1:265210/1‑141 (MQ=255) tAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCAGTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGACAAAATGAGTATAATATAGAAAc > 1:378662/1‑141 (MQ=255) aaGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGAAGGTCACACTACTTTATGTGCTTTTTAAATTTTGACTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAAcc < 1:224128/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) AGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt > 1:230678‑M1/1‑141 (MQ=255) AGTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt > 2:220552‑M1/1‑141 (MQ=255) TGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaa < 2:388305‑M1/141‑1 (MQ=255) accgtcactcttctttcTGTGCATATTTTGTTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTATAACAAATATTATTAAGGATAAAATGATTATAATATAGAAACTGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaaa > 2:384665‑M2/18‑141 (MQ=255) accgtcactcttctttaTGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaaa > 1:40621‑M2/18‑141 (MQ=255) 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ATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAATGGAGCAATTA > CP000730/99160‑99426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |