New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	= 2142483	42 (1.140)	3 (0.090)	3/242	NT	7.0%	intergenic (‑36/‑139)	groES/USA300HOU_2026	chaperone GroES/hypothetical membrane protein
	?	CP000730	= 2142494	40 (1.150)					intergenic (‑47/‑128)	groES/USA300HOU_2026	chaperone GroES/hypothetical membrane protein

TTTGATTTTTCTTTAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTA  >  CP000730/2142344‑2142622                                                                                                                                             |                                                                                                                                            tttGATTTTTCTTTAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTCAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACtt                                                                                                                                            <  2:22386/141‑1 (MQ=255)   tGATTTTTCTTTAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTaa                                                                                                                                          >  2:147321/1‑141 (MQ=255)          tCTTTAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTaaa                                                                                                                                   >  1:36480/1‑141 (MQ=255)             ttAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTctttaatgttaag                                                                                                                                <  1:114012‑M1/141‑14 (MQ=255)                     aTCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACCCAATTTCCAATTGGTTTTCGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAaca                                                                                                                        <  1:433479/141‑1 (MQ=255)                          ttAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAacatacat                                                                                                                   >  1:368446/1‑141 (MQ=255)                          ttAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAacatacat                                                                                                                   >  1:368483/1‑141 (MQ=255)                            aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTCTTTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAtt                                                                                                                  <  1:25434/141‑1 (MQ=255)                            aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTTTTTATTATCAAACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAttt                                                                                                                 >  2:394351/1‑141 (MQ=255)                            aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAttt                                                                                                                 <  1:86950/141‑1 (MQ=255)                                   tACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                          <  1:104456/141‑1 (MQ=255)                                       aCTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCaa                                                                                                      >  1:394314/1‑141 (MQ=255)                                        cTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCaaa                                                                                                     >  1:228603/1‑141 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                          <  2:423106/117‑1 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                          >  1:422874/1‑117 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                          >  1:423106/1‑117 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                          <  2:422874/117‑1 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                  >  2:429092/1‑141 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                  <  2:36480/141‑1 (MQ=255)                                                           gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTAAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                  >  2:434566/1‑141 (MQ=255)                                                            ttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTc                                                                                 <  1:334244/141‑1 (MQ=255)                                                            ttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTc                                                                                 <  2:34180/141‑1 (MQ=255)                                                                   tttCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAAcc                                                                           >  1:287383/1‑141 (MQ=255)                                                                    ttCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCt                                                                          <  2:387880/141‑1 (MQ=255)                                                                     tctcAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCtt                                                                         <  2:417695/141‑1 (MQ=255)                                                                       tcAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCtttt                                                                       >  2:357507/1‑141 (MQ=255)                                                                         aataatCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTttaa                                                                     <  1:48930/141‑1 (MQ=255)                                                                                acacGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGtt                                                              >  2:15195/1‑141 (MQ=255)                                                                                  acGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGtttt                                                            >  1:82372/1‑141 (MQ=255)                                                                                           aaTTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCa                                                   >  1:67332/1‑141 (MQ=255)                                                                                                    tAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTa                                          >  2:334441/1‑141 (MQ=255)                                                                                                     aGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTctttaatgttaagtgctaaactttagg                                                                                                                  <  2:46263‑M1/68‑28 (MQ=255)                                                                                                     aGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTctttaatgttaagtgctaaactttagg                                                                                                                  >  1:46263‑M1/1‑41 (MQ=255)                                                                                                      gaatgacgctatcgcctTAACAAACTTAATGTTTAGCATTGAACATTAAAGAGGGCTAACATAAATTTATAATATAAAAATTAAGTCAAAATTTCAAGTCATAGCTATTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGCTAGCTACg                                        >  2:109770/15‑141 (MQ=255)                                                                                                        aTGATTGTTCCTCCTTAAAATATCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGat                                      <  1:346667/141‑1 (MQ=255)                                                                                                           aTTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCTAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaa                                   <  1:351226/141‑1 (MQ=255)                                                                                                           aTTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaa                                   <  1:336048/141‑1 (MQ=255)                                                                                                            ttGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaaa                                  <  2:184912/141‑1 (MQ=255)                                                                                                            ttGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaaa                                  <  2:62338/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                   tcctTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATta                           >  1:282105/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                       tAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATaaa                       <  2:434446/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                              ccTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgct                                                                                         <  2:46263‑M2/68‑42 (MQ=255)                                                                                                                              ccTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgct                                                                                         >  1:46263‑M2/1‑27 (MQ=255)                                                                                                                                tAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGGTTTTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATAttt              <  1:124086/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 aaaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTGTTAATGAATTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTg             >  1:317466/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                  aaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTgg            >  1:64781/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                  aaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTgg            >  1:427408/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                    gTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTggag          <  1:5025/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                     tttAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTggagg         <  2:96515/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                            cTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgctaaaaccaattggaaatcgtgtgattattgagaaaaaagaacaagaacaaacaactaaaagtggtattgttttaactgatagtgctaa  <  1:114012‑M2/141‑129 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                            TTTGATTTTTCTTTAGCACTATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTA  >  CP000730/2142344‑2142622

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.