| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,779,807 | A→G | 7.8% | intergenic (‑1832/+1417) | tig ← / ← lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,779,807 | 0 | A | G | 7.8% | 175.4 / 6.1 | 64 | intergenic (‑1832/+1417) | tig/lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/34); new base G (3/2); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
AATGATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCAGCTTTTTTCAAA > CP000730/1779668‑1779947 | aaTTATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGAc < 1:356253/141‑1 (MQ=255) aTGATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACa > 1:353695/1‑141 (MQ=255) tGATTTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACaa < 2:475649/141‑1 (MQ=255) ttGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGcc < 1:88562/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=38) aaaaCTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTattatt > 1:510298/1‑141 (MQ=255) aaaCTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTAttt > 2:683912/1‑141 (MQ=255) cctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 2:85181/141‑1 (MQ=255) cctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg > 1:255882/1‑141 (MQ=255) cctcACTTTAAAGCTTGTTCTCTTAAATGCATTCTACCAAATCTGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATATTGCTATTTAAACAATAAAAAAGCGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 2:11950/141‑1 (MQ=255) ctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGc > 2:260790/1‑141 (MQ=255) tcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCa < 1:673965/141‑1 (MQ=255) tttAATGTTTGTTATCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGACATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctt < 1:70543/141‑1 (MQ=255) ttgaTGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATcttt < 2:128233/138‑1 (MQ=255) ttAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATcttt < 1:683648/141‑1 (MQ=255) aTGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAACAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctttagc < 1:383307/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCGTCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTAAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATat < 2:390197/141‑2 (MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTAc > 1:596708/1‑126 (MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTAc < 2:596708/126‑1 (MQ=255) taaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATAcc < 1:260790/141‑1 (MQ=255) taaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATAcc > 1:178226/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCa > 1:571004/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |