| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 290,156 | A→T | 5.5% | intergenic (+47/‑180) | USA300HOU_0257 → / → gatC1 | PTS family galactitol (gat) porter component IIB/PTS family galactitol (gat) porter component IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 290,156 | 0 | A | T | 5.5% | 232.8 / 5.4 | 73 | intergenic (+47/‑180) | USA300HOU_0257/gatC1 | PTS family galactitol (gat) porter component IIB/PTS family galactitol (gat) porter component IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/33); new base T (2/2); total (38/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
AAATTCCCAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCAAATGTAATCACAATCGGAAA > CP000730/290020‑290296 | aaaTTCCCAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGc < 2:634198/141‑1 (MQ=255) aTTCCCAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCat > 2:481066/1‑141 (MQ=255) cccAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCAtata < 1:485441/141‑1 (MQ=255) ccAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATaa > 2:622851/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTtga < 2:74046/94‑1 (MQ=255) aCAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTtga > 1:74046/1‑94 (MQ=255) aTAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCa < 2:359639/141‑1 (MQ=255) aCGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAgg > 1:495705/1‑141 (MQ=255) cGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAggg > 2:506805/1‑141 (MQ=255) ggAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGt > 1:380971/1‑141 (MQ=255) 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2:214579/141‑1 (MQ=255) cGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACg < 2:339256/141‑1 (MQ=255) aTAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTc < 1:79402/141‑1 (MQ=255) tAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCa > 1:31985/1‑141 (MQ=255) aaCATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCaa > 2:15044/1‑141 (MQ=255) aCATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCaaa > 1:610568/1‑141 (MQ=255) 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aaaTTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCAAATGTAATCACAATCGGa > 1:269860/1‑141 (MQ=255) aTTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCAAATGTAATCACAATCGGaaa > 2:64559/1‑141 (MQ=255) aTTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCAAATGTAATCACAATCGGaaa < 1:481066/141‑1 (MQ=255) | AAATTCCCAGTTATCAACGCACGTAATTTCTTAACTGGTATTGGTATTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAGCAAGGGTTGTCGTTGAAATGACTGTAACGTCAAATGTAATCACAATCGGAAA > CP000730/290020‑290296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |