| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 217,036 | T→A | 9.9% | intergenic (‑203/+23) | argD ← / ← brnQ | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase/possible LIVCS family branched chain amino acid:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 217,036 | 0 | T | A | 9.9% | 180.7 / 12.1 | 61 | intergenic (‑203/+23) | argD/brnQ | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase/possible LIVCS family branched chain amino acid:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/27); new base A (3/3); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
ATAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTTTGG > CP000730/216899‑217176 | ataAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAc > 1:389190/1‑141 (MQ=255) aaaGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat < 1:509883/141‑1 (MQ=255) tgaGGTCGTGTTTGTATTTATGTGAGTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGCATAATCATTGATACGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTACTATGAATCAAAAATGCCACATGCATATGTTTAACatatccc < 2:96642/139‑4 (MQ=255) tAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGAc < 1:576573/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttttttttaTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat > 2:30019/11‑141 (MQ=255) gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGAATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat > 1:586226/1‑141 (MQ=255) ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa > 1:513251/1‑141 (MQ=255) aaTCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGcc < 1:30610/141‑1 (MQ=255) aaTCATTGATATGTATGTATACCTATGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACGAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGAATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATACATAATGAAGcc < 2:323568/141‑1 (MQ=255) taTTGATATGTATGCATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATTAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATAATGCTTGTAGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt < 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(MQ=255) gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaacaa > 2:221353/1‑141 (MQ=255) ttAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAAcc > 1:37858/1‑141 (MQ=255) ggcgtaTGAAAAAAAAATGCCCGAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACCACCCAGcc < 2:379047/138‑1 (MQ=255) agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa < 2:665998/77‑1 (MQ=255) agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa > 1:665998/1‑77 (MQ=255) gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCAt > 1:335251/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ccaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATgg < 1:124947/140‑1 (MQ=255) acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATgg < 1:584291/141‑1 (MQ=255) cATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAat > 2:134558/1‑141 (MQ=255) atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATAtt > 1:92135/1‑141 (MQ=255) atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATAtt > 1:685139/1‑141 (MQ=255) tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTTTgg > 1:248331/1‑141 (MQ=255) | ATAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTTTGG > CP000730/216899‑217176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |