Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 111,041 | C→T | 5.2% | G37G (GGC→GGT) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 111,041 | 0 | C | T | 5.2% | 399.5 / 5.1 | 132 | G37G (GGC→GGT) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/64); new base T (2/6); total (60/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GGAGATGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGATTGT > CP000730/110901‑111181 | ggAGATGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGc > 1:364628/1‑141 (MQ=255) ggAGATGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGc > 2:322256/1‑141 (MQ=255) gagaTGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCa > 2:658675/1‑141 (MQ=255) agaTGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCAt > 1:266016/1‑141 (MQ=255) agaTGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGAGAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCGTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGACATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCAt > 1:530688/1‑141 (MQ=255) tataATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTa < 1:204791/141‑1 (MQ=255) tataATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTa < 2:460456/141‑1 (MQ=255) aTGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGc < 1:123866/141‑1 (MQ=255) aTGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGc < 2:365608/141‑1 (MQ=255) tGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCTTTTGTAAAGAAGCg < 1:522117/141‑1 (MQ=255) gCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGa > 1:29968/1‑141 (MQ=255) cAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAAt > 1:278513/1‑141 (MQ=255) aTCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATaa < 2:620145/141‑1 (MQ=255) cAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg < 2:274989/141‑1 (MQ=255) cAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAAGGATAAAACGTGGAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCGTCTGATTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg < 1:566324/141‑1 (MQ=255) aGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGa > 1:571062/1‑141 (MQ=255) aGAATATCAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGa < 1:641395/141‑1 (MQ=255) gAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGaa > 2:160878/1‑141 (MQ=255) gAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGaa < 1:433472/141‑1 (MQ=255) aaTATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGaaa > 1:202248/1‑141 (MQ=255) aaTATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGaaa < 1:322256/141‑1 (MQ=255) tGAAATCAATCCAGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGtt < 2:627413/141‑1 (MQ=255) tcaatcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGaa > 1:267257/1‑141 (MQ=255) caatcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGaaa < 1:11065/141‑1 (MQ=255) caatcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGATATGaaa < 2:516590/141‑1 (MQ=255) aatcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGaaaa < 1:618611/141‑1 (MQ=255) aagcccGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTATTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCTGAAATAAAGAAAAGttttttcaa < 2:384357/138‑6 (MQ=255) atcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGaaaaa < 1:434940/141‑1 (MQ=255) atcCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGaaaaa < 1:229117/141‑1 (MQ=255) cccGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAAc > 1:251011/1‑141 (MQ=255) cGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACAt < 2:360714/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTg > 2:618174/1‑141 (MQ=255) aaGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAgta > 1:308146/1‑141 (MQ=255) agagagTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg > 2:688131/1‑115 (MQ=255) agagagTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg < 1:688215/115‑1 (MQ=255) agagagTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg < 1:688131/115‑1 (MQ=255) agagagTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAg > 2:688215/1‑115 (MQ=255) agagTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAgtatgt > 2:215784/1‑141 (MQ=255) gagTGATGAAATGATAAAAAGTATAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAgtatgta > 2:174151/1‑141 (MQ=255) agTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAgtatgtat < 2:444886/141‑1 (MQ=255) gattaAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGCTATTAGTCTTATGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGATAAAGAAGCCGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCg < 2:101885/141‑1 (MQ=18) tgaAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGAt < 1:367352/141‑1 (MQ=255) tgaAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGAt < 1:292745/141‑1 (MQ=255) tgaAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGAt < 1:367513/141‑1 (MQ=255) gaAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCTCTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGAtt < 1:641496/141‑1 (MQ=255) aataaaaaaagaggtAAATAAATTATTACTTGTAATTAGTATTATGTTTTTATTAACTAGTAACAAAGCTTGTTGTTGCATGAATAAAGAAGAGTAAATAAAAAAAAGAAATAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTaa < 2:642201/128‑1 (MQ=9) aaagATAAAACGTGTAAATAAATTAGTACTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAATCTTTAGTATCACTGCTGGTAGTGGAATGGGTAAAGCCGCGGAAATAAAGAAAAAAAAAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTaa < 2:40112/138‑1 (MQ=18) aaagATAAAACGTGTAAATAAATTAATGCTTGGTATTAGTCTGGTGTTTTTAGTCATTAGTATCAATGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTaa < 2:49919/138‑1 (MQ=18) tGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTaaaa > 2:59599/1‑141 (MQ=255) gATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTaaaaa > 1:191347/1‑141 (MQ=255) aaaaCGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGttttttcaa > 2:689806/1‑106 (MQ=255) aaaaCGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGttttttcaa < 1:689806/111‑6 (MQ=255) aaaCGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATaa < 2:307892/94‑1 (MQ=255) aaaCGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATaa > 1:307892/1‑94 (MQ=255) aaaCGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTa > 1:295659/1‑141 (MQ=255) aaataaatTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGCTTTTAGTCATTAGGATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGAttt > 2:682187/1‑141 (MQ=255) aataaatTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTta > 1:172451/1‑141 (MQ=255) aaatTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATAc < 2:7966/141‑1 (MQ=255) aaatTAGTGATTAGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAATATAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATAc < 2:455902/141‑1 (MQ=17) aatTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACg < 1:160878/141‑1 (MQ=255) aatTAGTGCTTGGTATTAGTCTGCTGTTTTTAGTCATTAGTATCAATGCAGGTTGTGTTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACg < 2:698385/141‑1 (MQ=17) tAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATa > 2:65620/1‑141 (MQ=255) tGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATACGATTAAAAATCTAGAGGATTTATATGATTaag > 2:564989/1‑141 (MQ=255) gCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAaaga > 2:74553/1‑141 (MQ=255) ttGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAaagaag > 2:382119/1‑141 (MQ=255) ggTATTAGTCTGCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGTATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGa < 2:152217/141‑1 (MQ=17) tactAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTACTGGTTGTTGCATGGGTAAAGAAGCGGAGATAAAGAAAAGTCGTGAAAAAACATAAAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGaca > 2:346211/4‑139 (MQ=14) tATTAGTTTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGGTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGata < 2:266246/141‑1 (MQ=255) gTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGtg < 1:478351/141‑1 (MQ=255) tcttctGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGtga < 1:200111/141‑1 (MQ=255) tcttatGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGtga < 2:37711/141‑1 (MQ=255) tctGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGtgatga < 1:618174/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATc > 2:28945/1‑141 (MQ=255) tGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATc > 1:60393/1‑141 (MQ=255) tGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGATTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATc < 2:33775/141‑1 (MQ=255) ttttAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAt < 1:527520/141‑1 (MQ=255) tttAGTCTTTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAtt > 2:128679/1‑141 (MQ=255) tttAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAtt < 1:621765/141‑1 (MQ=255) tttAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAtt < 1:85356/141‑1 (MQ=255) tttAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAtt < 1:145097/141‑1 (MQ=255) ttAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAAttt < 1:264949/141‑1 (MQ=255) tAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTg > 2:192835/1‑141 (MQ=255) aGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGa > 1:238169/1‑141 (MQ=255) aTTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATaaa > 2:515136/1‑141 (MQ=255) tAGTATCATTGATAGTTGAGGAATGGGTAAAGAAGCTGAAATAAAGAAAAAAAAAAAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATaaaaa < 2:423122/141‑1 (MQ=17) tAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATaaaaa > 1:269799/1‑141 (MQ=255) tcaatgctgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATAc < 2:126253/94‑1 (MQ=255) tcaatgctgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATAc > 1:126253/5‑98 (MQ=255) aCTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAg > 2:612681/1‑141 (MQ=255) ctgctgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATCAAAATGCTAAgg > 2:311468/1‑141 (MQ=255) ctgctgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAgg > 2:59808/1‑141 (MQ=255) ctgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGaa > 1:328431/1‑141 (MQ=255) tgGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAAc > 2:87498/1‑141 (MQ=255) gTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACAt < 1:389710/141‑1 (MQ=255) tgtgGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATgg > 1:166210/1‑141 (MQ=255) tgGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGAt > 2:205173/1‑141 (MQ=255) tgGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGAt > 2:58366/1‑141 (MQ=255) gCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGATTg < 1:174151/141‑1 (MQ=255) cATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGATTGt > 2:235491/1‑141 (MQ=255) cATGGGGAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGATTGt < 2:96414/141‑1 (MQ=255) | GGAGATGTATAATCATGGCTCAATCAGAATATGAAATCAATCCCGGAAAAAGAGAGTGATGAAATGATAAAACGTGTAAATAAATTAGTGCTTGGTATTAGTCTTCTGTTTTTAGTCATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAGCGGAAATAAAGAAAAGTTTTGAAAAAACATTGAGTATGTATCCGATTAAAAATCTAGAGGATTTATACGATAAAGAAGGATATCGTGATGATCAATTTGATAAAAATGATAAGGGAACATGGATTGT > CP000730/110901‑111181 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |