| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 79,612 | A→T | 5.7% | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_0076 → / → USA300HOU_0077 | transposase/possible S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 79,612 | 0 | A | T | 5.7% | 280.8 / 6.6 | 88 | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_0076/USA300HOU_0077 | transposase/possible S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/43); new base T (2/3); total (42/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
ATTATAAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATAAAAATGC > CP000730/79472‑79750 | aTTATAAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCaaaa > 1:358595/1‑141 (MQ=255)aTTATAAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTGTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCaaaa > 2:149499/1‑141 (MQ=255) ttATAAGTACTTGACCAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAAc > 2:124983/1‑141 (MQ=255) tataAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACg < 2:459356/141‑1 (MQ=255) tataAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCAAGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACg < 2:550663/141‑1 (MQ=255) ataAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGt < 2:342926/141‑1 (MQ=255) ataAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGt < 2:298032/141‑1 (MQ=255) aGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAATCGTAat > 2:119862/1‑141 (MQ=255) cTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 2:21794/141‑1 (MQ=255) cTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 2:211426/141‑1 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agCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTCATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACAGAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCgagg > 1:107517/1‑141 (MQ=255) agCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCgagg < 2:426032/141‑1 (MQ=255) gCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCgagga > 2:468548/1‑141 (MQ=255) gCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCgagga > 1:102932/1‑141 (MQ=255) tAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGaa > 1:100195/1‑141 (MQ=255) tAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGaa > 1:439822/1‑141 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aaTCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGAc > 1:640627/1‑141 (MQ=255) aTCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatta > 2:286946/1‑105 (MQ=255) aTCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatta < 1:286946/105‑1 (MQ=255) aTGTCTCGCGACCACAGCTTCATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGa < 2:211851/141‑1 (MQ=255) gTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACt < 2:358595/141‑1 (MQ=255) tctcGCGACCACAGCTTAATTTTTTGTGTTTATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACtt > 2:488058/1‑141 (MQ=255) ctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTa > 1:307986/1‑141 (MQ=255) tcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTAt > 2:483899/1‑141 (MQ=255) tcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAACGAGGAGAATGAAATGAATAAGACTTaa > 1:218476/1‑140 (MQ=255) cgACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGAc < 1:386344/141‑1 (MQ=255) cgACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGAc < 2:109548/141‑1 (MQ=255) cgACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGAc > 1:693672/1‑141 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tttAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAgatgatga > 2:31304/1‑141 (MQ=255) ttAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAgatgatgat < 2:583927/141‑1 (MQ=255) ttAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAgatgatgat < 2:400455/141‑1 (MQ=255) aaaaaTCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATg < 1:88958/141‑1 (MQ=255) aaaTCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGc > 1:324542/1‑141 (MQ=255) aaaTCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGc > 2:583084/1‑141 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ttGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCa > 2:175649/1‑141 (MQ=255) cATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCa < 1:521075/141‑1 (MQ=255) aTAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCaa < 2:228710/141‑1 (MQ=255) aTAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTCTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCaa < 2:580854/141‑1 (MQ=255) aaaTGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCaaga > 1:468413/1‑141 (MQ=255) aaaTGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACAAAAAAAAAAAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCaaga < 2:442041/141‑1 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2:689462/1‑141 (MQ=255) aCTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAAt < 2:193929/141‑1 (MQ=255) aCTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAAt > 1:61886/1‑141 (MQ=255) cTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATa < 2:24376/141‑1 (MQ=255) cTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATa < 1:658995/141‑1 (MQ=255) cAAATCGTAATAATTACGTTTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATAAAAAt > 2:429751/1‑141 (MQ=255) aaaCGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATAAAAATGc > 1:186318/1‑141 (MQ=255) | ATTATAAGTACTTGACTAATCGTAAGAAAGAGCCTAGGACATAAATCAATGTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGCACGAGACCATCAAGAAGCTTGGGAGAGAACAATAAAAATGC > CP000730/79472‑79750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |