| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,166 | T→C | 10.9% | intergenic (+218/+314) | cbpD → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,166 | 0 | T | C | 10.9% | 173.5 / 10.6 | 64 | intergenic (+218/+314) | cbpD/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/35); new base C (3/4); total (25/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAA > CP000730/2680027‑2680307 | taCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGAtata < 1:681520/141‑1 (MQ=255) tcTTCTACAAATTTCAAATTGCCCTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATaa < 2:643580/140‑1 (MQ=255) tttCTACAATTTTCAGATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATACTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATGCGTTTTCGATATaaa < 2:317542/140‑1 (MQ=255) cTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCt < 1:165389/141‑1 (MQ=255) 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2:194153/141‑1 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑tt < 2:191955/141‑1 (MQ=255) tttCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCa < 2:51644/141‑1 (MQ=255) aaCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATTTATACCTTGTTCTATCTCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAg > 1:491093/1‑141 (MQ=255) cTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGtt < 1:71232/141‑1 (MQ=255) caaattaccATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACTAACCTTTTTCTAAATCACT‑‑TACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGt < 2:185798/133‑1 (MQ=255) 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1:503510/1‑48 (MQ=255) cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt < 1:225116/141‑1 (MQ=255) ttCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTAGCCCCTTTTCACTCGGTTTAAt < 2:268760/141‑1 (MQ=255) tCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAAtt < 2:662603/141‑1 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg < 2:78980/141‑1 (MQ=255) gATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGc > 1:18008/1‑141 (MQ=255) ataAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTTTTT‑TTTTCTTCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt > 2:612709/1‑141 (MQ=255) taAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTTCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAG‑TTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTaa > 2:498893/1‑141 (MQ=255) | TACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑‑‑AATAATTTTTTGCTG‑TTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAA > CP000730/2680027‑2680307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |