| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,448,493 | C→T | 10.4% | intergenic (‑252/+25) | hipO ← / ← hutI | M20D subfamily peptidase/imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,448,493 | 0 | C | T | 10.4% | 187.6 / 11.4 | 70 | intergenic (‑252/+25) | hipO/hutI | M20D subfamily peptidase/imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/28); new base T (4/3); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
TGATAGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCC > CP000730/2448354‑2448630 | tGATAGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCa > 1:548022/1‑141 (MQ=255) aCAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATgttt < 2:621691/141‑4 (MQ=255) cAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTa > 2:200755/1‑141 (MQ=255) aGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTag < 2:179891/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGa < 1:533372/141‑1 (MQ=255) aCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATAc > 2:507760/1‑141 (MQ=255) aCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATAc > 2:525760/1‑141 (MQ=255) tCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTgtgt > 1:53326/1‑141 (MQ=255) aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt < 2:554406/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc < 1:30180/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc < 1:212529/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc > 2:475390/1‑141 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCATTAAAAGATACTGTGTTATc > 1:87975/1‑141 (MQ=255) cTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCt < 2:597993/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACg < 1:711747/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACg < 2:389205/141‑1 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGa > 1:498639/1‑141 (MQ=255) ataCTTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGAt < 1:502663/141‑1 (MQ=255) taATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATg > 2:110875/1‑141 (MQ=255) aaTTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGa > 1:236505/1‑141 (MQ=255) ttagattttataCAAACACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAAACACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAGCGAATGCTTAGAGGTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGATATCTACGATGTCCt < 2:606253/133‑1 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ctcGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTg < 1:643557/141‑1 (MQ=255) ctcGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTg < 1:643550/141‑1 (MQ=255) ttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGCGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCaa < 2:694391/141‑1 (MQ=255) tttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCaaa < 2:615925/141‑1 (MQ=255) cAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGa > 1:694070/1‑141 (MQ=255) cAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGa > 1:480013/1‑141 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1:315766/5‑141 (MQ=255) taagcATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATg > 1:232711/5‑141 (MQ=255) aaaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGa > 2:61845/1‑141 (MQ=255) cATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGAttt < 1:460150/141‑1 (MQ=255) aTTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTg < 1:463754/141‑1 (MQ=255) aTTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATAAGGAATATATTCATGATTTg > 1:208003/1‑141 (MQ=255) ttggTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCAGGATTTgg > 1:639816/4‑141 (MQ=255) tAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGt > 2:47495/1‑141 (MQ=255) gTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGc > 1:269958/1‑141 (MQ=255) gTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGc > 1:169930/1‑141 (MQ=255) tttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCa > 2:375032/1‑141 (MQ=255) ttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCAt < 1:563305/141‑1 (MQ=255) ttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGATTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGAACTTAAAGTATTAACTCTCTTCACCCGTCTCTCAGCTGACAAAATCTTATAGAATATATTCATGATTTGGTGCaa > 1:278199/1‑140 (MQ=255) tAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTgggatgca < 1:625782/141‑7 (MQ=255) aaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTgtcaata > 2:512727/1‑135 (MQ=255) | TGATAGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCC > CP000730/2448354‑2448630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |