| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,212,513 | A→G | 7.0% | I21I (ATT→ATC) | yidC ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,212,513 | 0 | A | G | 7.0% | 171.4 / 3.6 | 57 | I21I (ATT→ATC) | yidC | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/26); new base G (2/2); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
GCGCACGTTTCACTTTTTCTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGAATAGTCACAACCAGCCAAAAAG > CP000730/2212374‑2212648 | gcgcACGTTTCACTTTTTCTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGataataa < 2:554250/141‑1 (MQ=255) cgcACGCTTCACTTTTTCTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATAAGAATTACCAATACAAGGagaataaa > 2:526169/1‑140 (MQ=255) cACGTTTCACTTTTTCTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAg > 1:403118/1‑141 (MQ=255) tttCACTTTTACTTGAATTTTTTCTACATATGTCTTTGCAACTTTCAATTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGAGAACATGAATTGTAATAAAATAAAACGAATTACCAATACAAGTATAATAATAGCTaa < 2:12074/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGt < 1:253032/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATATCTAAACCATAATTGTCGtt > 2:469394/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGtt > 1:343249/1‑141 (MQ=255) tttCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTtaata > 1:35414/1‑141 (MQ=255) cAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGt < 2:434549/141‑1 (MQ=255) tatttttttcTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATTATACGTATTACTAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGtt > 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(MQ=255) tttttGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACAtt > 1:620662/1‑141 (MQ=255) ttttttatatGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCATTACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCAtt > 2:401219/7‑141 (MQ=255) cGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTGAGAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATGATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCAtt > 1:695854/1‑141 (MQ=255) cGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAAccaatccaatgaaaaatgtatt < 1:167807/141‑13 (MQ=255) cGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGATTATTGAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATGATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCAtt > 1:695829/1‑141 (MQ=255) atGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTAc > 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(MQ=255) aaataaTACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGtt < 1:585001/141‑1 (MQ=255) aataCGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGa < 1:436264/141‑1 (MQ=255) aataCGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGa > 1:299684/1‑141 (MQ=255) aataCGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGa > 2:519857/1‑141 (MQ=255) ataCGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGaa > 1:568836/1‑141 (MQ=255) taCGAATTACCAATACAAGGATAATGATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGAAt < 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GCGCACGTTTCACTTTTTCTTGAATTTTTTCAACTTCTGGCTTTGCAACTTTCATTTTTTGACGCATCATATGACTATTTTTATAGTTTGACAACATGAATGGTAATAAAATAATACGAATTACCAATACAAGGATAATAATAGCTAAACCATAATTGTCGTTTAATAAGTTATTTCCCAACCAATCCAATACATTTTTCATTGGATCTACGAATGTATTGTAGAAAAACCCACTACGTTTTTCAGGTTTAGAATAGTCACAACCAGCCAAAAAG > CP000730/2212374‑2212648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |