| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 994,852 | T→C | 15.5% | M282T (ATG→ACG) | appA → | Oligopeptide‑binding protein AppA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 994,852 | 0 | T | C | 15.5% | 49.9 / 4.2 | 26 | M282T (ATG→ACG) | appA | Oligopeptide‑binding protein AppA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/11); new base C (2/2); total (13/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
AACTCGTTAAATTTGATGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTGAGACCAAAATATGAA > USA300TCH1516_ALE/994714‑994991 | aactttatAAATTTGATGATTATGGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATgg < 2:252012/134‑1 (MQ=255)aaCTCGTTAAATTTGATGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTAAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATAAGGGCAGTGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATgg > 1:10797/1‑141 (MQ=255) aCTCGTTAAATTTGATGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGACGATATTGATGTTGCGAATGCTGCTACCGGTGCAATCGc > 2:28693/1‑141 (MQ=255) cTCGTTAAATTTGGTGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCa < 1:18194/141‑1 (MQ=255) ttGATGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCAGTGCAATGGCAAAAGATGCTa > 2:85219/1‑141 (MQ=255) ggatgagtGGCAAGGTAAGACTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTc < 2:37660/134‑1 (MQ=255) attgttGGCAATGTAAGACTTAACTAGACAAAATAAATTTAAAAGTTATTTATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCAt < 2:12433/141‑1 (MQ=255) tGCATTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGAACAAGCGCAAATTAATATGGCCATGGAAAAAGGCGATATTGATTTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGt < 2:104027/141‑1 (MQ=255) aagcAATTTAAAAGTTACGGATCAAGCGCAAATTACTAACGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGGGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGcc < 1:5055/138‑1 (MQ=255) aaGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAACGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACt > 2:226557/1‑141 (MQ=255) aaGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAACGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACt > 2:226430/1‑141 (MQ=255) aaTTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTGATATATAGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGt > 1:68017/1‑141 (MQ=255) aGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGCTGTTGCGAATGCTGGTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCAGCTAATGCTGGTGTCACGCTATAATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCCTg > 2:119274/1‑141 (MQ=255) aGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATg > 1:177666/1‑141 (MQ=255) aTGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTAc < 1:189269/141‑1 (MQ=255) aaaaaGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGAGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGAtt > 1:181066/1‑140 (MQ=255) gCGGTATTGAGGTTGCGAATGATCGTACCGGTGAAGTGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATCAACACGGTAATAAAg < 2:181443/141‑1 (MQ=255) tGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAAc < 2:200848/141‑1 (MQ=255) gCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGt < 1:65237/141‑1 (MQ=255) aaTGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTaaa > 2:261407/1‑141 (MQ=255) gatgCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTg < 2:52389/141‑1 (MQ=255) gCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTgaga > 1:6615/1‑141 (MQ=255) gCTACCGGTGCAACGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTgaga < 1:226557/141‑1 (MQ=255) gCTACCGGTGCAACGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTgaga < 1:226430/141‑1 (MQ=255) tACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATAAGAATAAAAAAGC‑AATAAAAATTGTAAAATgaaaaca > 1:191339/1‑136 (MQ=255) aTGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTGAGACCAAAATATGaa > 2:2436/1‑141 (MQ=255) | AACTCGTTAAATTTGATGATTATTGGCAAGGTAAGCCTGCACTAGACAAAATCAATTTAAAAGTTATTGATCAAGCGCAAATTATTAAGGCAATGGAAAAAGGCGATATTGATGTTGCGAATGATGCTACCGGTGCAATGGCAAAAGATGCTAAGTCATCTAATGCTGGTCTCAAGGTATTATCTGCGCCAAGCTTAGACTACGGTTTAATAGGATTCGTATCTCATGATTACGATAAAAAAGCTAATAAAACTGGTAAAGTGAGACCAAAATATGAA > USA300TCH1516_ALE/994714‑994991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |