| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,018,190 | C→T | 22.5% | intergenic (+115/‑27) | acp → / → xynZ | Sodium/proton‑dependent alanine carrier protein/Endo‑1,4‑beta‑xylanase Z |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,018,190 | 0 | C | T | 22.5% | 34.4 / 4.7 | 23 | intergenic (+115/‑27) | acp/xynZ | Sodium/proton‑dependent alanine carrier protein/Endo‑1,4‑beta‑xylanase Z |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/7); new base T (2/3); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |