| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 67.4% | 44.1 / 28.6 | 45 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/8); new base G (12/17); total (18/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC > USA300TCH1516_ALE/512504‑512779 | ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa > 1:10722/1‑141 (MQ=255) aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctcgcctagaacgtgttcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTATTGCCTTACATGTTGATaaa < 1:34691‑M1/29‑1 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttactcaaattctggttaaataataaaatgtgcaagataaAAAAAGTTATAGACTTAAATATTACTaaaa < 2:205852‑M1/30‑1 (MQ=255) gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaccagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTCAtaaaaa < 2:71823‑M1/31‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |