| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 611,156 | T→A | 10.0% | G155G (GGT→GGA) | azo1 → | FMN‑dependent NADPH‑azoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 611,156 | 0 | T | A | 10.0% | 102.5 / 3.1 | 40 | G155G (GGT→GGA) | azo1 | FMN‑dependent NADPH‑azoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/16); new base A (2/2); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
ATAGGAAATAGTGGTGGTATTGTTAGTTCAGAGCCATTGTCACATTTAAGAGTAATCGTCAGAAGTTTACTAGGCATTGCTGTACCAACTCAAATAGCAACACATGATTCTGATTTTGCTAAAAATGAAGATGGTTCATATTACTTAAATGATAGTGAATTCCAATTACGAGCAAGATTATTTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTAT > USA300TCH1516_ALE/611022‑611296 | aTAGGAAATAGTGGTGGTATTGTTAGTTCAGAGCCATTGTCACATTTAAGAGTAATCGTCAGAAGTTTACTAGGCATTGCTGTACCAACTCAAATAGCAACACATGATTCTGATTTTGCTAAAAATGAAGATGGTTCatat < 1:36927/141‑1 (MQ=255) ggAAATAGTGGTGGTATTGTTAGTTCAGAGCCATTGTCACATTTAAGAGTAATCGTCAGAAGTTTACTAGGCATTGCTGTACCAACTCAAATAGCAACACATGATTCTGATTTTGCTAAAAATGAAGATGGTTCATATTAc > 2:44995/1‑141 (MQ=255) aaTAGTGGTGGTATTGTTAGTTCAGAGCCATTGTCACATTTAAGAGTAATCGTCAGAAGTTTACTAGGCATTGCTGTACCAACTCAAATAGCAACACATGATTCTGATTTTGCTAAAAATGAAGATGGATCATATTACTTa > 1:299462/1‑141 (MQ=255) aaTAGTGGTGGTATTGTTAGTTCAGAGCCATTGTCACATTTAAGAGTAATCGTCAGAAGTTTACTAGGCATTGCTGTACCAACTCAAATAGCAACACATGATTCTGATTTTGCTAAAAATGAAGATGGATCATATTACTTa > 1:310463/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |