| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | A→G | 12.1% | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275 → / ← yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 12.1% | 216.0 / 2.3 | 109 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/46); new base G (5/11); total (50/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211166‑2211445 | atgTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTGGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgat < 1:49358/141‑1 (MQ=255)atgTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgat < 1:572507/141‑1 (MQ=255) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg > 1:619751/1‑141 (MQ=255) tgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGCTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTTTTATAGACAGGTttgatgtt > 1:599158/1‑141 (MQ=255) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga < 1:956414/141‑1 (MQ=255) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga > 1:176264/1‑141 (MQ=255) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg > 1:162902/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGCGTTATGGTGTTATAGACCGGATTGATGTTGATGCCAt > 1:141169/1‑141 (MQ=255) cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAt > 1:506889/1‑141 (MQ=255) gtgttatggttttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt < 1:848324/141‑1 (MQ=255) gttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTa > 1:15495/1‑141 (MQ=255) tatggtgttatTGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACt < 1:986851/141‑1 (MQ=255) tatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACt < 1:266954/141‑1 (MQ=255) atggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCAATGTTACTATGATGTGATGGTGGGCTGTCACCGCGTTATTTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACtt < 1:239496/141‑1 (MQ=18) gtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGCTCCTTTgt > 1:261791/1‑140 (MQ=255) ggggggTTTGGTTGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTgg < 2:340349/137‑1 (MQ=11) cAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACTGGTTTGATGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTg > 2:508319/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTg > 2:345828/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTATGACGTTCTGGTg > 2:793781/1‑141 (MQ=255) ggTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCCACAACAACTCTTGCGTTTATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 1:238032/141‑1 (MQ=18) gctttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 1:450754/139‑1 (MQ=255) tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAc > 1:888098/1‑141 (MQ=255) ttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTCGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTAATTTGATGTGCTGGTGCTACg > 2:62521/1‑141 (MQ=17) tGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑a > 1:766430/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑At > 1:77280/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGATGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATTATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATTTCATGTTTCTTTGATTTTATGGTTCTATG‑‑At > 2:917664/1‑141 (MQ=14) gCGTTGATGCCTTGTTGTTTTGAGTTGCTGGTTCCACGAGGCGACTTGATTTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATg < 2:162902/141‑1 (MQ=17) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTCATGGTGCGACG‑‑ATg > 2:253131/1‑141 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTTCTTCG‑‑ATg > 2:1013787/1‑141 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTCCG‑‑ATg > 2:240030/1‑141 (MQ=255) gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATGCCATGGTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATg > 2:966246/1‑141 (MQ=255) tGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGAc > 2:1026643/1‑141 (MQ=255) gATGTCATGTTTGTTTGATGTGCTGGTACCACGATGTGTTTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACt < 2:643113/141‑1 (MQ=14) gtgtcATGGTAGTTTGATGTGCTGGTGCCGCGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACtt < 2:338894/137‑1 (MQ=14) ccATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGAt > 1:348237/1‑141 (MQ=255) cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATg < 1:792893/141‑1 (MQ=255) cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATg < 1:695303/141‑1 (MQ=255) gTTACGGTGAGGTGCTGGTGCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAg < 1:458809/141‑1 (MQ=255) ttACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGACATGTTACTTTGATGTTCTGGTAGTTCG‑‑TTGCGAGGTGATGTAgg > 2:828525/1‑140 (MQ=11) ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTat > 1:867012/1‑141 (MQ=255) tGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatg > 1:782602/1‑141 (MQ=255) tGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAGGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatg > 1:402448/1‑141 (MQ=255) tctgtgCTGGTACTACGATGCCGCTGGATGTAGTGATATGATGTGTCATTGACGTGTTATGGTGTTATAGACCTGTTTCGTGTTTATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatga < 2:361027/139‑1 (MQ=11) gttgtgCTGGTTTTACGGTGCGTCTGGATGTAGTGCTATGATGTGGCTTTTCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatga < 2:43944/139‑1 (MQ=14) ggtgtgCTGGTGTCACGGTGCGTCTTGGTGTAGGGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGGGCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatga < 2:872748/139‑1 (MQ=14) tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTatgatg > 1:596921/1‑141 (MQ=255) gCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTCTGATGTgg > 1:986380/1‑141 (MQ=255) gCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTgg > 1:610238/1‑141 (MQ=255) cttggaCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGTTATGAtctgat > 2:690923/6‑139 (MQ=14) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTggg > 1:46444/1‑140 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc > 1:927807/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc > 1:289764/1‑141 (MQ=255) cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc < 1:294661/141‑1 (MQ=255) aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCACTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAATTTGATGTGCTGGTGTTATG‑‑ATGAGACGTGATGTAGTGATATGATGTGGCGTTgc > 2:636085/1‑141 (MQ=14) caggATGCTGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 2:192267/138‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:521384/141‑1 (MQ=255) cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTATTGCTTTGTTGTGGCGttcggt > 2:510762/1‑137 (MQ=14) aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCt < 1:816782/141‑1 (MQ=255) aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCt < 1:412933/141‑1 (MQ=255) cGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 1:1017479/141‑1 (MQ=255) cGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 1:195129/141‑1 (MQ=255) gATGTGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:815049/141‑1 (MQ=255) gATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATTGTGTTATAGAGAGAGATACAGCCTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:1018972/141‑1 (MQ=14) tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGAGTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGttg > 1:172358/1‑140 (MQ=255) tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 1:359809/141‑1 (MQ=255) ttGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTTCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGGTATGATTTTGCGTTTCGCTGTTATGgttt > 1:514571/1‑139 (MQ=14) aGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGGTGTGGCGTTGCGCGGTTATGGTGTTATAGcc > 1:18050/1‑141 (MQ=255) aGTGCTATGATATGGCAGTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc < 2:73588/141‑1 (MQ=255) tggtATGGTGTGGCGTTGGAGTGTTATAGTGTGATAGACCGGTTTGATGTTGATGGCGTGTTAGTTTTATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg < 2:381158/138‑1 (MQ=17) atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 1:816734/141‑1 (MQ=255) tgtgGCTTTGGGGTGTTGTTGTGTTGTGGTGGGGTTTGGGGTTGATGTCATGTTCCTTTGATGTGGTGGTGCTACG‑‑ATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgtg < 2:220511/141‑1 (MQ=14) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgtg < 1:223174/141‑1 (MQ=255) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgtg < 1:421814/141‑1 (MQ=255) tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGACGTGCTGCTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgtg < 1:594040/141‑1 (MQ=255) ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTATTAGCGCGGTATAACCAGGTTTGGTGTTGATGt > 2:5438/1‑141 (MQ=18) ggtgttctggtgttatAGCCCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTGCTGTGATGTGGTGGTGCTACG‑‑ATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATg < 2:710454/141‑1 (MQ=18) ggtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTcctt > 2:1024377/1‑138 (MQ=255) ggtgttatggtgttatAGACCGGGTTGGTGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATg < 2:400935/141‑1 (MQ=255) ttgtggtgttgtAGTCCGGTTTGATGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGt < 2:39917/138‑1 (MQ=255) ttatggtgttagTGTCGGGTTTGGTGTTGCTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGt < 2:864639/141‑1 (MQ=17) atggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTa < 1:1026643/141‑1 (MQ=255) ttgtgttatAGACCGGTTTCATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc < 1:219062/139‑1 (MQ=255) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGTTGTGCCGCTTG‑CGTTG‑GCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc < 1:240030/141‑1 (MQ=21) tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTAc < 1:966246/141‑1 (MQ=255) tataGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGGTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCt > 1:20081/1‑141 (MQ=255) gtaggggggTTTGGTGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGGGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTCGATGTCATGCCGTTACGATTCTa < 2:516373/134‑1 (MQ=18) atggACCGGTGTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTa < 1:89667/138‑1 (MQ=255) gtgcGGGTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 2:925347/138‑1 (MQ=255) ggccGGTTTGGTGGTGTTGCCATGTTACGTTGTTGTGTTGGTGGTACG‑‑ATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGTGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 2:482138/139‑1 (MQ=21) gACCGTTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 1:230436/141‑1 (MQ=255) gACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAGGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 1:1003215/141‑1 (MQ=255) ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGCTGTCATGCCGTTACGATTCTATGata > 2:875199/1‑141 (MQ=255) ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGtta > 2:247545/1‑141 (MQ=255) ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGata > 2:897946/1‑141 (MQ=255) tttGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgtt > 1:928671/1‑141 (MQ=255) ttgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttg > 1:69692/1‑141 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTATGATTCTATGTTATgttgtt > 2:747107/1‑141 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 2:379073/1‑141 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTTCGATTCTATGATATGttgttg > 1:344378/1‑141 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg > 1:573538/1‑141 (MQ=255) | ATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACG‑‑ATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211166‑2211445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |