| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 405,929 | C→T | 6.6% | A9V (GCA→GTA) | USA300HOU_RS01880 → | putative acetyl‑CoA acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 405,929 | 0 | C | T | 6.6% | 177.5 / 3.1 | 71 | A9V (GCA→GTA) | USA300HOU_RS01880 | putative acetyl‑CoA acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/29); new base T (2/3); total (37/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 | |||||||||||
AATGAAAATGTAACATACGTAGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCATCGGTAACG > USA300TCH1516_ALE/405789‑406069 | aaTGAAAATGTTACATACTTAGCAAGTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTAGATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGCCGTATTagcagcagc < 2:154895/141‑1 (MQ=255)aaTGAAAATGTAAGATACGTAGCAATTGGTTTTATAAATTGGATGTTAGTAGTGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCTTAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTagcagcagc < 2:89894/141‑1 (MQ=255) aTGAAAATGTAACATACGTAGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAgcagcagca > 1:882415/1‑141 (MQ=255) tGAAAATGTAACATACGTAGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCAt > 1:763484/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCg > 1:1016296/1‑141 (MQ=255) aGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCg > 1:585173/1‑141 (MQ=255) gCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCATCAGCATACAGGACACCTATTGACGt > 2:285447/1‑141 (MQ=255) aaTTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGttt > 2:492728/1‑141 (MQ=255) aaTTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGttt > 1:629679/1‑141 (MQ=255) ggTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGTATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTgg > 1:823258/1‑141 (MQ=255) ggTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGTATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTgg > 1:668508/1‑141 (MQ=255) ggTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTgg > 1:927501/1‑141 (MQ=255) ggTTTCATAAATTGGAAGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGTAGATTAAGATGAAATGACGAAAGCCGTATTAGAAGCAGCATACACGACAACAATTGGCGACTTTgg > 2:891293/1‑141 (MQ=255) tttCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGTAg > 1:604220/1‑141 (MQ=255) cATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACCCCGATTGGCGTTTTTGGCGGTg > 1:139115/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAAGTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGATGCGTTTAAAGACGTGc > 2:320944/1‑141 (MQ=255) gttgggTATTGGTGTAGTAGACGTAGTAGTAATAAAAGGTGATATCTCATTACATGACGAATATGACCAGACGGGGGGCGTATTAGCAGTAGCATAGGGGGCATCCATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGcc < 2:677992/136‑1 (MQ=255) tGGCGTATTGGATCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATAATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGCACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAGAGACGTGCCa > 2:307546/1‑141 (MQ=255) ggCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAg > 1:651386/1‑141 (MQ=255) gtcgtGGGTCATTAGACGGAGCAGTAATATAATTGGTGATATGATAAGGGGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCt < 1:351028/137‑1 (MQ=255) aTTGGTTCTTTAGACGTATTAGTAATGAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTAt < 2:293748/141‑1 (MQ=255) cATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGGCACCTATTGGCGTTTTTGGAAGTGAGTTTCAAGACGTGCAAGAATAAGATTTAg > 1:260412/1‑141 (MQ=255) cATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGGGCGTTTAAAGCCGTGCCAGCCTATGATTTAg > 1:628327/1‑141 (MQ=255) aTTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAgg < 1:307505/141‑1 (MQ=255) ttAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGt > 1:189520/1‑141 (MQ=255) aaGACGTAATAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCGGACTACGTTATAGCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTg < 2:895907/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACata > 2:277151/1‑141 (MQ=255) aaTTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGAAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTATTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGCCTTTAATAGAACata > 2:277216/1‑141 (MQ=255) gTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGAGGAGAGTCGTATTAGAAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACAtattat < 2:490463/141‑1 (MQ=255) tatCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGTATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAag < 2:823258/141‑1 (MQ=255) tatCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGTATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAag < 2:668508/141‑1 (MQ=255) aaGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACgg > 1:460896/1‑141 (MQ=255) ggAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGt > 2:564713/1‑141 (MQ=255) ggAGATGAATATGACATGACGAGAGACGTATTAGAAACAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTAATAAAGAGACGGGt > 1:446001/1‑141 (MQ=255) gggaTGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATAGAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGtt < 2:997574/139‑1 (MQ=255) agaTGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGttt > 2:200533/1‑141 (MQ=255) agaTGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATAACGTACACCGATTGGAGTTTCTGGCGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGttt > 2:734863/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) acatgacGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTg > 2:285894/1‑141 (MQ=255) catgacGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTga < 1:285447/141‑1 (MQ=255) atgacGAGAGTCGTATTAGCAGCAGTATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTgag < 2:326514/141‑1 (MQ=255) atgacGAGAGTCGTATTAGAAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTgag < 2:827589/141‑1 (MQ=255) tgacGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTgaga < 2:1016296/141‑1 (MQ=255) gacGAGAGTCGGATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCTTTTTTGGAGGTGCTTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGAt < 2:773226/141‑1 (MQ=255) acGAGAGTCGTATTCTGAGCATCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGAtt < 2:763484/141‑1 (MQ=255) agagTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGTCCGTTTTAGAGCTACGTTTAAAGACGTACCAGAATACGATTTACGTGCGACTTTAATACAACCTATTATTAAATAAACCAGTTTTAATCCCATTGAGATtcat > 2:157143/1‑141 (MQ=255) agagTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATtgat > 2:698305/1‑141 (MQ=255) gTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGaa > 1:267053/1‑141 (MQ=255) tattattatCAGCATAATACAGGACCACTATTGTCGTTTTTGGAGGTTTGTTTAAAGACGTTCCAGACTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAg < 2:155408/138‑1 (MQ=255) ttAGTAGTAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTatc < 1:145656/141‑1 (MQ=255) tAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTatcc > 2:255825/1‑140 (MQ=255) cagcagcaTACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGCTTTAGGTGCGACTTAAAGAGAGCATATTATTCAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCCTCg > 2:946483/1‑141 (MQ=255) cagcagcaTACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCATCg > 2:771953/1‑141 (MQ=255) ggagcaTACAGGACACCTATTGGCGTGTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCATCGGt < 2:984313/139‑1 (MQ=255) caTACAGGATACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAAGATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCATCGGTAACg < 1:392884/141‑1 (MQ=255) | AATGAAAATGTAACATACGTAGCAATTGGTTTCATAAATTGGATGTTAGTGGCGTATTGGTTCATTAGACGTATTAGTAATAAAATTGTATATATCATAAGGAGATGAATATGACATGACGAGAGTCGTATTAGCAGCAGCATACAGGACACCTATTGGCGTTTTTGGAGGTGCGTTTAAAGACGTGCCAGCCTATGATTTAGGTGCGACTTTAATAGAACATATTATTAAAGAGACGGGTTTGAATCCAAGTGAGATTGATGAAGTTATCATCGGTAACG > USA300TCH1516_ALE/405789‑406069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |