| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 774,414 | G→A | G555D (GGT→GAT) | fruA → | PTS system fructose‑specific EIIABC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 774,414 | 0 | G | A | 98.3% | 398.9 / ‑2.0 | 117 | G555D (GGT→GAT) | fruA | PTS system fructose‑specific EIIABC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (51/64); total (52/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AGGTAATGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGGTATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATG > USA300TCH1516_ALE/774277‑774551 | aGGTAATGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGatat > 4:53879/1‑141 (MQ=255) gTAATGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGt < 2:535791/141‑1 (MQ=255) aaTGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCa > 4:126063/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCAt > 2:663262/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCAt > 4:266703/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCAt > 1:634167/1‑141 (MQ=255) agcaCCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATttat < 2:599762/141‑1 (MQ=255) gcaCCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATttatt > 2:235640/1‑141 (MQ=255) gcaCCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATttatt > 3:7576/1‑141 (MQ=255) gcaCCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATttatt > 4:108147/1‑141 (MQ=255) ccAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACa > 1:696813/1‑141 (MQ=255) ccAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACa > 1:639822/1‑141 (MQ=255) ccAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACa > 3:208937/1‑141 (MQ=255) cAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAg > 2:22288/1‑141 (MQ=255) aTTACATCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGaa > 4:285784/1‑141 (MQ=255) tACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAgg < 2:225542/141‑1 (MQ=255) cAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTg > 2:537566/1‑141 (MQ=255) cAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTg > 1:107455/1‑141 (MQ=255) cAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATCTATTACAGAAGGTg > 1:492262/1‑141 (MQ=255) ggtGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCg < 4:159822/139‑1 (MQ=255) gCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCg < 1:484836/141‑1 (MQ=255) gCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCg < 1:33691/141‑1 (MQ=255) tGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGAt > 1:152936/1‑141 (MQ=255) gATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCAtt < 2:469877/141‑1 (MQ=255) tggtATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGc > 4:302280/1‑141 (MQ=255) gtATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTg < 3:91020/141‑1 (MQ=255) aTGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTg < 2:711849/139‑1 (MQ=255) aTGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTg > 1:711849/1‑139 (MQ=255) tGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCg < 1:25791/141‑1 (MQ=255) tGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCg < 2:92444/141‑1 (MQ=255) aTTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGCTGTTAACTTTTAGACGTAAATTTACACAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCAATTTGCACATGCCGAt > 2:667459/1‑141 (MQ=255) aTTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGAt < 1:291988/141‑1 (MQ=255) aTTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGAt < 2:639822/141‑1 (MQ=255) aTTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTACATTTGCAGCTGCCGAt > 2:667447/1‑141 (MQ=255) ttCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATc > 3:189803/1‑141 (MQ=255) ttCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATc > 3:321331/1‑141 (MQ=255) aCCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGGTATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCAtt > 2:273342/1‑141 (MQ=255) cGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTAc < 1:38555/141‑1 (MQ=255) gTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGTCGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACg < 4:263561/141‑1 (MQ=255) tAGCACTTGCGACAGCGATGTTGATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAGCGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACgtg < 1:721090/141‑1 (MQ=255) cAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTa < 4:61953/141‑1 (MQ=255) aaTTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTAt < 1:366368/141‑1 (MQ=255) aaTTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATATACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTAt > 2:189733/1‑141 (MQ=255) ttGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTTAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTc < 1:251753/141‑1 (MQ=255) ttGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTc < 3:123068/141‑1 (MQ=255) gACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTc < 1:683365/141‑1 (MQ=255) gACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTc < 3:204995/141‑1 (MQ=255) aCAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCa < 4:264464/141‑1 (MQ=255) aCAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCa < 2:1650/141‑1 (MQ=255) cAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACTACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCaa < 2:376937/141‑1 (MQ=255) cAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCaa < 3:53879/141‑1 (MQ=255) gcaaTGTTATATTTTAGTCGTAAATTTACAAAAGAACTACGTGGTTCAATTGTCCCTTACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCGATTTGCAGCTTACGATCCATTACGTGTTATTCCTTcgctg < 2:152936/138‑5 (MQ=255) gCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCAGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAatg < 2:711151/141‑1 (MQ=255) cGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAatga > 3:321262/1‑141 (MQ=255) tGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAAtgatga < 2:107455/141‑1 (MQ=255) tGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAAtgatga < 3:108147/141‑1 (MQ=255) tGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAAtgatga < 1:580966/141‑1 (MQ=255) gTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATgatgat < 1:448895/141‑1 (MQ=255) gTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATgatgat < 3:126063/141‑1 (MQ=255) tAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTg > 1:664242/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTgg > 4:149464/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGt < 1:657010/141‑1 (MQ=255) tttttAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGtt < 2:171911/141‑1 (MQ=255) ttttAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTc > 1:568586/1‑141 (MQ=255) ttAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCCATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAg < 1:730974/141‑1 (MQ=255) aCGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGtat < 1:200969/141‑1 (MQ=255) aCGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGtat > 2:366024/1‑141 (MQ=255) aCGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGtat > 1:488824/1‑141 (MQ=255) tACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTa < 4:261217/104‑1 (MQ=255) tACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTa > 3:261217/1‑104 (MQ=255) aCAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCa < 3:285784/141‑1 (MQ=255) cAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTcc > 4:2698/1‑106 (MQ=255) aaGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTg < 2:534372/141‑1 (MQ=255) gAACAACGTGGTTCAATTATTCCAAACTAGGTGAGGGAGATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTACAATGAAGAGTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCt > 2:201508/1‑141 (MQ=255) aacaacGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCtt < 2:696568/141‑1 (MQ=255) aacaacGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCtt < 1:153578/141‑1 (MQ=255) acGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGTTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAgg > 4:226892/1‑141 (MQ=255) acGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAgg > 4:58312/1‑141 (MQ=255) acGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAgg > 2:572958/1‑141 (MQ=255) cGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTTCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGc < 1:122207/141‑1 (MQ=255) cGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGc < 1:663262/141‑1 (MQ=255) gTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCt < 3:149464/141‑1 (MQ=255) tCAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGt > 1:559920/1‑141 (MQ=255) cAATTATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGtt < 2:122823/141‑1 (MQ=255) tATCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACg < 2:437436/141‑1 (MQ=255) tCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGaa < 1:263963/141‑1 (MQ=255) tCCCTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGaa < 2:186987/141‑1 (MQ=255) cccTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTTCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAAt < 4:321331/141‑1 (MQ=255) cccTAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAAt < 2:764139/141‑1 (MQ=255) tAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGc > 3:21584/1‑57 (MQ=255) tAACTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGc < 4:21584/57‑1 (MQ=255) cTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTATGCTTAGGTTCACGAATTACTgc > 3:12129/1‑141 (MQ=255) cTATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTgc < 2:229488/141‑1 (MQ=255) tATGTGATGGGTATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTgcg < 1:273342/141‑1 (MQ=255) tATGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTgcg < 1:337494/141‑1 (MQ=255) aTGTGATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTgcgc > 4:291533/1‑141 (MQ=255) tgATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcac < 1:36145/141‑1 (MQ=255) tgATGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGGTCACGAATTACTGCGCcac > 1:524843/1‑141 (MQ=255) ggATGGATATCTCATTTATTACACAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcac < 4:270098/140‑1 (MQ=255) tGGATATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtg < 2:314001/141‑1 (MQ=255) | AGGTAATGCAGCACCAATTACAGCTGCAATGATTGGTGGTATGATTCCACCGTTAGCAATTGCGACAGCGATGTTAATTTTTAGACGTAAATTTACAAAAGAACAACGTGGTTCAATTATCCCTAACTATGTGATGGGTATGTCATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATG > USA300TCH1516_ALE/774277‑774551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |