| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,319,519 | G→A | Q152* (CAA→TAA) | USA300HOU_RS11830 ← | Alkaline shock protein 23 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,319,519 | 0 | G | A | 97.8% | 312.5 / NA | 92 | Q152* (CAA→TAA) | USA300HOU_RS11830 | Alkaline shock protein 23 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (37/53); minor base T (2/0); total (39/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTGTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGATTCACCAT > USA300TCH1516_ALE/2319382‑2319653 | tttCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTAttt > 3:325049/1‑141 (MQ=255)tttCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTAttt > 3:324995/1‑141 (MQ=255) ttCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTc > 1:327418/1‑141 (MQ=255) tCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTcc < 3:280378/141‑1 (MQ=255) cTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTTTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTAttttta > 2:345277/1‑138 (MQ=37) tATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 3:38513/141‑1 (MQ=255) tATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc > 3:320441/1‑141 (MQ=255) tATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 2:510683/141‑1 (MQ=255) tATCAAANAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 2:594143/141‑1 (MQ=255) cAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCActct < 1:79716/141‑1 (MQ=255) cAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCACTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCActct < 1:358040/141‑1 (MQ=255) aaaTAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAATCCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCtt < 4:269095/141‑1 (MQ=255) aattaatAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCtttttt > 2:509683/1‑140 (MQ=255) taatAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGt < 4:89822/141‑1 (MQ=255) taatAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGt < 1:301556/141‑1 (MQ=255) atAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCa < 1:763940/141‑1 (MQ=255) tAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTcc < 4:289332/125‑1 (MQ=255) tAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTAATTTcc > 3:289332/1‑125 (MQ=255) gAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGTGTCATTa > 2:602894/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTTTTACATTTCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCg > 4:21636/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCg < 2:772254/141‑1 (MQ=255) gCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTc < 2:407074/141‑1 (MQ=255) gCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTc < 2:131186/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGCGTCATTACATCGTCa > 2:334887/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCa > 1:374010/1‑141 (MQ=255) tttttACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCAt < 4:10346/129‑1 (MQ=255) tttttACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCAt > 3:10346/1‑129 (MQ=255) ttACATTNCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCTACTTg < 2:595234/141‑1 (MQ=255) ttACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTg < 3:23198/141‑1 (MQ=255) ttGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTTTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGt > 2:300904/1‑141 (MQ=255) ttGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGt > 3:190285/1‑141 (MQ=255) ccTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGTATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTaa > 4:200280/1‑141 (MQ=255) cTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAAc < 2:78176/141‑1 (MQ=255) cTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAAc < 2:255601/141‑1 (MQ=255) aaGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACtt < 1:417579/141‑1 (MQ=255) aaGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACtt < 2:370350/141‑1 (MQ=255) aGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCTATTAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGGTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTc < 2:166681/141‑1 (MQ=255) aTTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACt < 1:325800/124‑1 (MQ=255) aTTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACt > 2:325800/1‑124 (MQ=255) ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc < 1:329166/95‑1 (MQ=255) ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCAc > 2:329166/1‑95 (MQ=255) ttAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTATAAACCTGTGCTTTCTTGATTATGCGTTTCTTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTa < 1:472337/141‑1 (MQ=255) ttAATGTCCCAAGCCCTTCTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTATTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCTTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCTTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTa > 3:267265/1‑141 (MQ=255) tAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTTAGTCATTTCATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTAc > 4:313322/1‑141 (MQ=255) aaTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACa < 4:320441/141‑1 (MQ=255) aaTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACa > 4:205766/1‑141 (MQ=255) aTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTTTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACAt > 1:186230/1‑141 (MQ=255) aTGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCATTCTTGGTTCTTGTTTTCATACTTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACAt < 1:234209/141‑1 (MQ=255) ccAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTaaa > 1:756047/1‑141 (MQ=255) cAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAAc < 3:200798/141‑1 (MQ=255) aaGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAAcc < 1:532308/141‑1 (MQ=255) aGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCa < 3:279717/141‑1 (MQ=255) cTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTaa < 1:345277/141‑1 (MQ=255) cTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACATGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTaa > 3:186211/1‑141 (MQ=255) tttttATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTTTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAat > 2:438594/1‑141 (MQ=255) tATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAatatat > 2:509625/1‑141 (MQ=255) aTCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATAtt < 4:324995/141‑1 (MQ=255) aTCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATAtt < 4:325049/141‑1 (MQ=255) tCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTa < 4:213681/125‑1 (MQ=255) tCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTa > 3:213681/1‑125 (MQ=255) tCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATAttt > 1:570308/1‑141 (MQ=255) gAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTaa < 2:174121/141‑1 (MQ=255) gAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAAACAGTAATAAATTTag > 1:126543/1‑140 (MQ=255) tAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACtt < 2:414429/141‑1 (MQ=255) tAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACtt < 2:722151/141‑1 (MQ=255) aaCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTg < 1:143916/141‑1 (MQ=255) aCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGt < 1:613112/141‑1 (MQ=255) aCTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGt < 1:286249/141‑1 (MQ=255) ttATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTc < 2:301937/141‑1 (MQ=255) tAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAAc < 1:509683/141‑1 (MQ=255) aaCCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTa > 2:729791/1‑141 (MQ=255) ccTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAAt > 3:87613/1‑141 (MQ=255) gTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTGTTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACTTCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATGCAg < 2:327418/141‑1 (MQ=255) tctttcttGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTTCACTCTTTTTGAGTAATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGt > 2:339141/1‑141 (MQ=255) ttcttGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTAc < 3:21636/141‑1 (MQ=255) cttGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCaa < 4:81745/69‑1 (MQ=255) cttGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCaa > 3:81745/1‑69 (MQ=255) ttATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACgg < 1:509625/141‑1 (MQ=255) ttATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACgg < 2:649248/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGaa > 3:334575/1‑141 (MQ=255) aTTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGaa < 2:242440/141‑1 (MQ=255) ttttCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGAtt < 1:729791/141‑1 (MQ=255) ttCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTTTTTATATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGAtttt > 2:81075/1‑141 (MQ=255) gTTATTTTTTTCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTgg > 1:10489/1‑141 (MQ=255) tATTTTTTTCTTTTTTTTTTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTATATCGTCAACTTTCATGTTAACTTCAACTACTTCTAAACCAGTAATATATTTAACTTTTTCTTTATCTTTTTTATTTACTTTACGTAAGAttttttttt > 2:173969/1‑137 (MQ=255) tttttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTACATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCt > 1:89696/1‑141 (MQ=255) tttttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTACATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCt > 1:89686/1‑141 (MQ=255) tttttttCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACATGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCt < 4:186211/141‑1 (MQ=255) ttttttCGTGTTTTTATTTCCTCTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTg < 2:315127/141‑1 (MQ=255) tCGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGATTCa > 3:196269/1‑141 (MQ=255) cGTGTTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTCCCCTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGATTCAc < 3:283529/141‑1 (MQ=255) gtTTTTATTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGATTCACCat < 4:156070/141‑1 (MQ=255) | TTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAATTTAATGTCCCAAGCCCTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGTTATTGTTTTCGTTATTTTTTTCGTGTTTTTGTTTCCACTCTTTTTGAGTCATTACATCGTCAACTTGCATGTTAACTTCAACTACATCTAAACCAGTAATATATTTAACTTGTTCTTTAACTAATTCAGTTACTTTACGGAAGATTTTTGGTGCTGATTCACCAT > USA300TCH1516_ALE/2319382‑2319653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |