| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759680 | 76 (0.800) | 5 (0.060) | 5/238 | 10.5 | 6.4% | intergenic (‑387/+87) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1759708 | 78 (0.920) | intergenic (‑415/+59) | USA300HOU_RS08780/USA300HOU_RS08785 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTAATTTATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1759529‑1759680‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaactcctaatgtGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCAAATTAAACCTTGATAT < USA300TCH1516_ALE/1759708‑1759572 TTTTAATTTATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAA > 1:96296/1‑141TTTTAATTTATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAA < 2:574333/141‑1 TATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAA > 3:245684/1‑141 ATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAAT < 4:14203/141‑1 TGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATG < 2:691475/141‑1 CTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAA < 4:302014/105‑1 CTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAA < 4:301960/105‑1 CTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAA > 3:302014/1‑105 CTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAA > 3:301960/1‑105 ATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACAT < 3:337332/141‑1 CAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGG > 2:614216/1‑141 CAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGG < 2:340755/141‑1 AGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAG < 1:614216/141‑1 TTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTT < 3:74110/141‑1 AACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTAATTGAAAAAAATCGAGCAACCAAATTAAAC < 2:214272/141‑1 ATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTANATTNGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTCTTTGAAAAAAAGCGAGCAACGAAATTAAACCANGATAT > 1:263406/1‑141 ATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCAAATTAAACCTTGATAT < 3:66286/141‑1 ATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCAAATTAAACCATGATAT > 1:178001/1‑141 TTTTAATTTATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGATTTTTACCGCACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1759529‑1759680‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaactcctaatgtGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGCGGTAAAAATCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCAAATTAAACCTTGATAT < USA300TCH1516_ALE/1759708‑1759572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |