| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,072,831 | 0 | A | T | 5.8% | 407.4 / 12.2 | 131 | G121G (GGT→GGA) | folD | Bifunctional protein FolD protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/81); new base T (3/5); total (45/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TGACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATACTTCTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1072691‑1072971 | tGACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGaaaa > 1:424858/1‑141 (MQ=255) gACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAAc > 1:389112/1‑141 (MQ=255) cAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACAt > 2:568410/1‑141 (MQ=255) cAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACAt < 1:174415/141‑1 (MQ=255) 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TGACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATACTTCTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1072691‑1072971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |