| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 895,369 | A→G | 5.3% | A130A (GCA→GCG) | metQ_2 → | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 895,369 | 0 | A | G | 5.3% | 393.4 / 8.6 | 131 | A130A (GCA→GCG) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/50); new base G (4/3); total (78/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TATTTCCAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATAT > USA300TCH1516_ALE/895229‑895509 | tATTTCCAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCa < 2:7093/141‑1 (MQ=255)tATTTCCAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCa < 2:356774/141‑1 (MQ=255) tttCCAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAAc < 2:949063/141‑1 (MQ=255) ttCCAAAATACACCATATTAAAACACAGAGAAAACGGATAAAGGTTACAAGATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTCTACACTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACa > 2:105020/1‑141 (MQ=255) ccAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGt < 1:315940/141‑1 (MQ=255) ccAACAGACACCATAGTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGGGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTGAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGt < 1:897905/141‑1 (MQ=255) cAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTc > 1:131139/1‑141 (MQ=255) aTACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTAtg > 4:22938/1‑141 (MQ=255) acacCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTAtgtg > 2:988394/1‑141 (MQ=255) cacCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATgtgt > 1:25271/1‑141 (MQ=255) ccATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCt > 2:139743/1‑141 (MQ=255) atTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCtaata < 2:290899/141‑1 (MQ=255) ttAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTaataat > 1:1084786/1‑141 (MQ=255) ttAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTaataat > 3:12390/1‑141 (MQ=255) tAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATc < 1:544759/141‑1 (MQ=255) tAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCGAAAAAGTATAAAAGATTAAAAGAATTACAAAAAGGTGCAACAATATATGTGTCTaataata > 4:415506/1‑140 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 1:441827/1‑141 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 2:439336/1‑141 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 3:319387/1‑141 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCGAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 3:317587/1‑141 (MQ=255) acaGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCt > 4:351106/1‑141 (MQ=255) gagaAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGaa > 2:472205/1‑141 (MQ=255) gagaAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGaa > 2:472189/1‑141 (MQ=255) gaAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACa > 3:400536/1‑141 (MQ=255) aaaaGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAg > 3:126942/1‑141 (MQ=255) aaaaGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAg < 3:252140/141‑1 (MQ=255) aaGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGa > 3:273355/1‑141 (MQ=255) aaGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGa > 4:123073/1‑141 (MQ=255) ggATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACg > 2:71672/1‑141 (MQ=255) gATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGt < 1:975331/141‑1 (MQ=255) gATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGt < 2:150477/141‑1 (MQ=255) aTAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGtt > 1:692687/1‑141 (MQ=255) tAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGttt < 4:402945/141‑1 (MQ=255) aGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTCTCtt > 2:1022750/1‑141 (MQ=255) ttACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTaaa < 2:1049500/141‑1 (MQ=255) tACAAAATCGAAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCCAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTaaaa < 4:409907/141‑1 (MQ=255) aCAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAAt < 1:348061/141‑1 (MQ=255) aaTCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAAttctt > 4:250376/1‑141 (MQ=255) tCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCg < 3:133473/141‑1 (MQ=255) gTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATg < 4:328421/141‑1 (MQ=255) tGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGc > 2:775388/1‑141 (MQ=255) cGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAgg < 3:269020/141‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTCAATTAGCACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGGATTTCCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGACCAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGt < 2:28181/141‑1 (MQ=255) ggTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGt < 1:290776/141‑1 (MQ=255) gTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGtt > 2:1041287/1‑141 (MQ=255) gTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGtt < 1:375263/141‑1 (MQ=255) tGATGTTCACTTAGAACGTAGTGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGttt < 3:24345/141‑1 (MQ=255) gATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTtta > 2:46274/1‑141 (MQ=255) tGTTGACGTAGAACCTATGGCTGTATACTCGAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAAGTCTTCGTTGATGCAGGTttaat < 2:553772/141‑1 (MQ=255) cACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTaaa > 2:260025/1‑141 (MQ=255) cACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTaaa < 3:301387/141‑1 (MQ=255) aCTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTttaantaaga > 3:161075/1‑139 (MQ=255) cTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTACAAAGTATACAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGCGCCACAGCCTATGTGTCTACTAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGATTACTTAAAAt > 4:295830/1‑141 (MQ=255) cTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAAt > 2:607189/1‑141 (MQ=255) ttAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATc < 1:902916/141‑1 (MQ=255) ttAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATc < 1:653388/141‑1 (MQ=255) gAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCaaa > 3:454473/1‑141 (MQ=255) aCCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCaaaaa > 2:376171/1‑141 (MQ=255) aCCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCaaaaa > 3:253703/1‑141 (MQ=255) cTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAg > 2:727863/1‑141 (MQ=255) tGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCg > 2:826428/1‑141 (MQ=255) gggCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCg < 2:553908/140‑1 (MQ=255) ggCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGt > 1:523080/1‑141 (MQ=255) gCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTa < 1:17805/141‑1 (MQ=255) cTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTaa > 1:1050325/1‑141 (MQ=255) tataCTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGTaaaaa < 4:140599/141‑1 (MQ=255) tataCTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGTaaaaa < 4:441071/141‑1 (MQ=255) ataCTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACGAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAAt > 1:175522/1‑141 (MQ=255) taCTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAAtt > 4:72823/1‑141 (MQ=255) atctAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAAACAAAAAAGGCGTAAAAATTGa < 2:36008/140‑1 (MQ=255) atctAAAAAGTATAAAAGATTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGCGTAAAAATTGa < 2:766363/140‑1 (MQ=255) tAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGa > 1:659909/1‑141 (MQ=255) tAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCGTAAAATTCTTAGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAGGa < 4:21271/141‑1 (MQ=255) aaaaGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATg > 1:796222/1‑141 (MQ=255) aaGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCt < 4:299649/141‑1 (MQ=255) aGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAGATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTa < 3:158464/141‑1 (MQ=255) aGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTa < 1:868670/141‑1 (MQ=255) tataAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCta > 2:57934/1‑49 (MQ=255) tataAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCta < 1:57934/49‑1 (MQ=255) tataAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAg > 3:197460/1‑141 (MQ=255) taAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGtt > 1:54271/1‑141 (MQ=255) taAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGtt > 2:845382/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGttt > 3:20391/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAGATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTa < 4:164807/141‑1 (MQ=255) aaaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTa > 2:861380/1‑141 (MQ=255) aaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAg > 4:79915/1‑141 (MQ=255) ttAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGat > 1:445987/1‑141 (MQ=255) aaGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAGATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTa > 1:191442/1‑141 (MQ=255) aaTTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACag < 1:337158/141‑1 (MQ=255) aTTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAGATCAAAAAAGACGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACaga > 1:801885/1‑141 (MQ=255) aTTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACaga > 1:70056/1‑141 (MQ=255) ttACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACagag > 3:143763/1‑141 (MQ=255) ttACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTCAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACagag < 2:1004628/141‑1 (MQ=255) ttACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAAGAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACagag < 1:236569/141‑1 (MQ=255) aaaGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaa > 2:636033/1‑141 (MQ=255) aaGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaaa > 1:252289/1‑141 (MQ=255) gCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGat > 1:768060/1‑141 (MQ=255) aaCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGatat < 3:273210/141‑1 (MQ=255) aaCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGatat < 2:438386/141‑1 (MQ=255) aaCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGatat < 2:718702/141‑1 (MQ=255) | TATTTCCAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATAT > USA300TCH1516_ALE/895229‑895509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |