| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 803,528 | C→T | 5.3% | intergenic (‑228/+42) | USA300HOU_RS03920 ← / ← dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 803,528 | 0 | C | T | 5.3% | 470.8 / 10.6 | 151 | intergenic (‑228/+42) | USA300HOU_RS03920/dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/86); new base T (2/6); total (59/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AAAATGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATT > USA300TCH1516_ALE/803388‑803668 | aaaaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGc > 2:1016816/1‑141 (MQ=255)aaaaTGGTAATAAATGAAATTGATTAATATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTTATTAATAGAAAAAAAAAAAAAAACAGTAAGc < 2:157315/141‑1 (MQ=255) tGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCAtt < 2:634015/141‑1 (MQ=255) gTAATAACTGACATTGATGTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAACGAGCATATTAAGCTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTa < 1:674957/141‑1 (MQ=255) gTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTa < 2:206474/141‑1 (MQ=255) gTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTa > 1:22835/1‑141 (MQ=255) taataaATGAAATTGATTTCTATAGATTGGTACGA‑AAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATAATGATATCTTGAATTTAATTTATAAAAACAAATAAAAAAACAGTAAGCCATTTaaa < 2:101726/141‑1 (MQ=255) taaATGAAATTGATTTATATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATg < 2:229738/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATATATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGAc < 2:1058144/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTAGAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGAc < 1:853700/141‑1 (MQ=255) aTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACt < 1:305066/141‑1 (MQ=255) tGAAATTGATTTCTATAGAGTGGAACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACtt < 2:959757/141‑1 (MQ=255) gagaTTGATTTCTATAGAGAGGGAGGAGATAATATAGTTATTGGTGTCTATAATGAGCATATTAAATTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATCAAATTGCAGTAAGCCATTTAAATGACTTa < 2:52627/138‑1 (MQ=255) aaaTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTAc > 1:627851/1‑141 (MQ=255) aaaTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTAc < 2:625082/141‑1 (MQ=255) aTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTg > 2:791328/1‑141 (MQ=255) ttGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGt < 1:31092/141‑1 (MQ=255) ttGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGt < 1:160139/141‑1 (MQ=255) ttGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGt < 1:667848/141‑1 (MQ=255) atgtCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAACGAGCATATTAAGCTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGtttt < 4:114089/138‑1 (MQ=255) aTTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGtttt < 1:45500/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 3:310383/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 1:103497/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 1:103496/141‑1 (MQ=255) ttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGtttttt < 4:48174/141‑1 (MQ=255) tCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTg > 1:445372/1‑141 (MQ=255) ataGAGTGAGACTAGAAAATATAGTTATAGCATTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAAGTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAAt < 3:168512/141‑1 (MQ=255) gagTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAg < 2:68728/141‑1 (MQ=255) agTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAgg > 3:457171/1‑141 (MQ=255) gggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCca < 1:453135/141‑1 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaa > 1:505835/1‑141 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaa > 3:182260/1‑141 (MQ=255) gACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaac < 3:135579/141‑1 (MQ=255) aCGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCAATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaaca < 2:189681/141‑1 (MQ=255) aaaaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt > 4:281830/1‑141 (MQ=255) atatAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAc > 1:744355/1‑141 (MQ=255) atatAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAc > 1:836730/1‑141 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata > 4:394819/1‑141 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata < 1:951369/141‑1 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTAGTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata < 2:168734/141‑1 (MQ=255) ataGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCt > 1:560173/1‑141 (MQ=255) taGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtt < 1:1053422/141‑1 (MQ=255) taGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtt < 4:192649/141‑1 (MQ=255) aGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACATTAAGCCATTTAAATGTCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAACATTAACTAATACCttt > 2:318608/1‑141 (MQ=255) gCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTCATAGAAAAATAAACAAAAACCGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtttg < 1:1028971/141‑2 (MQ=255) gCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTc > 1:16208/1‑141 (MQ=255) cTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCa < 1:736514/141‑1 (MQ=255) tataATGATCATATTAACTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTTATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAACCCATTTAAATGCCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATCCCTTTCATCGCt < 4:192937/141‑1 (MQ=255) tataATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATcaaa < 1:558300/141‑4 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga < 1:569004/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTAATcatcaaag < 2:236766/141‑8 (MQ=255) tGAGCATAGTAAGTTTTTATTGATACTGATATCTTGACTTTAATTAATAGAAAGCTATAAAAAAACAGTCAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgat < 2:562836/141‑1 (MQ=255) gAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgatg < 2:917539/141‑1 (MQ=255) cATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGAtt > 1:33812/1‑141 (MQ=255) atatTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTa > 2:1061718/1‑141 (MQ=255) atTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTaaa > 2:438854/1‑141 (MQ=255) atTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTaaa > 3:249648/1‑141 (MQ=255) ttAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAg < 2:162221/141‑1 (MQ=255) tAAGTTGTTATTTAGACTGATATCGTGAATTTAATTAATAGATACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATAGTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAgg < 2:1039301/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTg < 1:323840/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTg > 2:86734/1‑141 (MQ=255) gcttttATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTga > 2:120290/3‑141 (MQ=255) tttatttaTACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAt < 3:410360/141‑1 (MQ=255) tttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCt < 2:717704/141‑1 (MQ=255) ataCTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGTCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAAt < 4:219955/141‑1 (MQ=255) aCTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAATGCTAATAc < 2:707605/141‑1 (MQ=255) cTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACa < 3:292602/141‑1 (MQ=255) tGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACaa < 2:334195/141‑1 (MQ=255) tGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACaa < 1:806172/141‑1 (MQ=255) atatCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAtt < 3:199924/141‑1 (MQ=255) atCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAttgt > 4:152517/1‑141 (MQ=255) tGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTa < 1:120128/141‑1 (MQ=255) tGAATCTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTa < 1:110131/141‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGGAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAGATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa < 2:17221/141‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa < 4:323620/141‑1 (MQ=255) aaTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc < 2:419618/141‑1 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataat > 1:276384/1‑141 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGGTTTTTGAATGAGGCCAACAAGATGAACGTAGACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTTTAACaataat > 1:488366/1‑141 (MQ=255) taatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTATTGTTACAACAATTg < 3:39811/141‑1 (MQ=255) atAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGca < 4:291043/141‑1 (MQ=255) tAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaa < 1:1030250/141‑1 (MQ=255) gAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaaca < 1:993869/141‑1 (MQ=255) taAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAg < 2:656040/141‑1 (MQ=255) taAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAg > 1:917248/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGa > 2:775826/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGa > 1:299195/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTCTTTAGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGATATGATGATAAAAGGTGAGATTGCCAATACAATTGTTGTAACTATAATTGCAACAACCCCTACGa > 2:951850/1‑141 (MQ=255) aaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGaaa > 4:260656/1‑141 (MQ=255) aaCAGTAATCCAGTTAAATGACTTAATGTTTGTGGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 2:111718/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCCACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 3:394819/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 2:431886/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 2:178528/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 1:995022/141‑1 (MQ=255) gTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg > 1:1050222/1‑141 (MQ=255) gTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg > 3:135921/1‑141 (MQ=255) gTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg < 3:323233/141‑1 (MQ=255) gTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg > 2:748575/1‑141 (MQ=255) aaGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTa > 2:409535/1‑141 (MQ=255) aGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGTATTAGGCCAACAAAATTAACGGATACCATTCATCACTTTGATGATTAAAGGTCAGCTTGCTAGTCCAATTATTGCAACAATAATTGCAACAACAACAACAAAAATAAAGTaa > 2:712195/1‑141 (MQ=255) gCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATTCCTTTCATCGCTTTTTTTTTTTAATGTGAGATTGCTAATACAATCGTTGTAACAATCATTGCAACAACCCCTCGGAAAATACAGTatt < 4:127036/141‑3 (MQ=255) | AAAATGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATT > USA300TCH1516_ALE/803388‑803668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |