| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 45.9% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 45.9% | 66.9 / inf | 278 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/67); new base G (59/68); total (142/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512503‑512783 | gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa > 1:968557‑M1/113‑141 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagttaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa < 1:908100‑M1/30‑1 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa < 2:660267‑M1/30‑1 (MQ=255) ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATGACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt > 1:812697/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAAGAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat < 2:773801/141‑1 (MQ=255) ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa > 4:37746/1‑141 (MQ=255) ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa > 2:1058043/1‑141 (MQ=255) tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat > 4:11559‑M1/100‑141 (MQ=255) cgtcgatgggagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagtttttgaatcaaattttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 2:543802‑M1/97‑141 (MQ=255) aaGCAGGATGAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTGCAGTCAGACAAAACAACTCTACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt > 2:698421/1‑141 (MQ=255) cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 2:115773/1‑141 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 2:878594/1‑141 (MQ=255) tggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg > 1:429860‑M1/91‑141 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 3:195624/1‑141 (MQ=255) tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa > 3:400714‑M1/88‑141 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:680085/1‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 1:1007204‑M1/55‑1 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 3:277273‑M1/55‑1 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:724483‑M1/87‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:621699‑M1/87‑141 (MQ=255) tcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aa < 1:607522‑M1/57‑1 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaa < 1:584807‑M1/58‑1 (MQ=255) gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAG‑aaaa > 1:8892/1‑141 (MQ=255) ttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGa < 3:86416‑M1/63‑1 (MQ=255) cgttccgctatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTAGGTAAG‑AAAAATGAACa < 2:825288‑M1/66‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt < 1:305082‑M1/68‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt < 2:285261‑M1/68‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAACGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt > 1:783836‑M1/74‑141 (MQ=255) gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt > 2:67359/1‑141 (MQ=255) ccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGa < 1:484148‑M1/70‑1 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAATGAACATTg > 2:623000/1‑141 (MQ=255) gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGaaa > 3:173830‑M1/70‑141 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGaaaa > 2:781993/1‑141 (MQ=255) tagagtagaacgatgccagacaattttttaatcaaattatggctaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAAc > 2:760226‑M1/68‑141 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACt > 2:167577/1‑141 (MQ=255) gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTg < 2:458423‑M1/76‑1 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 2:559943/1‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 1:207904/1‑141 (MQ=255) tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 1:1035493/1‑141 (MQ=255) aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata > 4:9596/1‑141 (MQ=255) aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATATATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTTAAAAATGAATTACAata > 4:414974/1‑141 (MQ=255) ggccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 4:401579‑M1/55‑141 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 1:945100/1‑141 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 2:995223/1‑141 (MQ=255) gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAAc < 4:266098‑M1/65‑1 (MQ=255) gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc < 3:415672‑M1/93‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 3:343868/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:380701/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 4:30879/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc < 1:551929/141‑1 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAACAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTAAAAGTAAA‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt < 4:67005/141‑1 (MQ=39) actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt < 1:844888/141‑1 (MQ=255) tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa < 2:1015005‑M1/98‑1 (MQ=255) tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTAAAAAAAAAAAAAATAAAATGTAAAATTAAATCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaaaaaaaa < 2:357955/141‑7 (MQ=37) caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 3:104106/1‑141 (MQ=255) caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:958292/141‑1 (MQ=255) aaactTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 4:52133/140‑1 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:52317/1‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:1007204‑M1/38‑141 (MQ=255) tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa > 2:600769‑M1/37‑141 (MQ=255) aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 4:252936/141‑1 (MQ=255) aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGGCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa > 1:648685/1‑141 (MQ=255) taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat > 4:156956‑M1/25‑141 (MQ=255) aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata > 2:245218/1‑141 (MQ=255) ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 1:831367/1‑141 (MQ=255) aaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 1:73735‑M1/22‑141 (MQ=255) aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 2:21028‑M1/20‑141 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 1:676236/1‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 1:195771/1‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 1:981122/1‑141 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 1:128984‑M1/17‑141 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 3:230999‑M1/125‑1 (MQ=255) cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa < 1:704840/141‑1 (MQ=255) tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 3:151637‑M1/13‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGATATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 2:730274/141‑1 (MQ=25) ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:714568/141‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGATAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:933189/141‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:324838‑M1/140‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:418178‑M1/140‑1 (MQ=255) aaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt > 1:578145/1‑141 (MQ=255) aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAGAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTGAt < 2:129239/141‑1 (MQ=255) aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg > 4:233594/1‑141 (MQ=255) aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg > 1:113799/1‑141 (MQ=255) gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 1:358610/1‑141 (MQ=255) gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 3:122271/1‑141 (MQ=255) gTTATTGACTTAAATGTGACTAAAATGTATAATTAATTCTTGACGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 4:44876/1‑141 (MQ=255) ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 2:492895/141‑1 (MQ=255) ttACTGACTGAATTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACCTTATTTAGTATTTATGAg < 2:39446/141‑1 (MQ=255) tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc < 3:311219/141‑1 (MQ=255) tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 4:347218/1‑141 (MQ=255) ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa > 2:510809/1‑141 (MQ=255) gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTGATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt > 2:500289/1‑141 (MQ=255) aCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc > 1:348033/1‑141 (MQ=255) aTGTTTATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat < 2:845401/141‑1 (MQ=18) aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat < 2:897452/141‑1 (MQ=255) gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca < 4:315280/141‑1 (MQ=255) ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATTAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 2:925074/141‑1 (MQ=255) ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat > 4:199150/1‑141 (MQ=255) aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATaa > 3:442347/1‑141 (MQ=255) aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTGATGAGCTAATCAAACAtaataa > 2:232600/1‑141 (MQ=255) | AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512503‑512783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |