| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 491,299 | G→T | 6.1% | intergenic (+57/‑275) | metQ_1 → / → sle1_1 | putative D‑methionine‑binding lipoprotein MetQ/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 491,299 | 0 | G | T | 6.1% | 464.7 / 10.5 | 138 | intergenic (+57/‑275) | metQ_1/sle1_1 | putative D‑methionine‑binding lipoprotein MetQ/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/62); new base T (7/2); total (74/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGAAGATGTCAAAGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATAC > USA300TCH1516_ALE/491161‑491438 | ggAAGATGTCAAAGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGga < 2:67435/141‑1 (MQ=255) tCAAAGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATaaaa < 1:286100/141‑1 (MQ=255) cAAAGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAat < 1:339586/141‑1 (MQ=255) aaaGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAatt > 1:226538/1‑141 (MQ=255) gagagaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCa > 2:482984/1‑141 (MQ=255) gagaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAAt > 2:283128/1‑141 (MQ=255) gagaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAAt > 1:639352/1‑141 (MQ=255) gagaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAAt > 1:460150/1‑141 (MQ=255) gaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATag < 2:404141/141‑1 (MQ=255) gaAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATag < 2:1052677/141‑1 (MQ=255) aaCCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATagag < 3:336429/141‑1 (MQ=255) cTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGaaa > 4:221314/1‑141 (MQ=255) tGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGTCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAg > 1:102537/1‑141 (MQ=255) gTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAgg > 1:549361/1‑141 (MQ=255) gTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAgg > 2:358131/1‑141 (MQ=255) gTTAATTTATCAAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAgg > 4:131689/1‑141 (MQ=255) aaTTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAt < 4:123906/141‑1 (MQ=255) aTTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAtt < 2:964616/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAAt < 2:940976/141‑1 (MQ=255) cTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAAtt > 2:409234/1‑140 (MQ=255) cTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATc < 1:61154/141‑1 (MQ=255) tGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTtat < 1:593423/141‑1 (MQ=255) tGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTtat < 2:905027/141‑1 (MQ=255) tGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTtat < 2:905119/141‑1 (MQ=255) gagaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTtata > 1:518105/1‑141 (MQ=255) agaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAg > 2:718791/1‑141 (MQ=255) gaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGt > 2:280327/1‑141 (MQ=255) gaTTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGt > 2:763428/1‑141 (MQ=255) ttAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTCGGGCGTTATTGTTGGAGACTAAAATTCTTTCCAATAGAGAAGGGGATTGTAATCATTTTATAGTGa < 1:973687/141‑1 (MQ=255) ttAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGa > 4:166125/1‑141 (MQ=255) ttAAAGAAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATAATATTGCATACAACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTAGTCGGAAGATAATGTTGGAGCCTACAATTATTATCAATCCAGAAAGGGACTTAAATCATTTTATAGTGa < 1:973900/141‑1 (MQ=255) ggCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTACATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTGTTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAata > 3:16494/1‑141 (MQ=255) cAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAAtatt > 4:108430/1‑141 (MQ=255) aaTAGAAACGTCATGAGGAAAATAAATTATATGGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAAtatta < 2:31613/141‑1 (MQ=255) aTAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAAtattat < 2:886822/141‑1 (MQ=255) tAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATg > 1:111236/1‑141 (MQ=255) tAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATg < 1:283128/141‑1 (MQ=255) gAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGaa > 1:1020180/1‑141 (MQ=255) aCGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAAtt > 1:188079/1‑141 (MQ=255) cGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTg < 4:7789/141‑1 (MQ=255) cGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTg < 1:325299/141‑1 (MQ=255) gTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGt < 3:224920/141‑1 (MQ=255) tCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGta < 1:2711/141‑1 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa > 2:993274/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa < 3:32101/141‑1 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa > 4:18305/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa > 1:124287/1‑141 (MQ=255) cATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTACGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaa > 2:84968/1‑141 (MQ=255) aTTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGtaat > 1:532624/1‑141 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTaataat < 2:169965/141‑1 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAAGTGTaataat > 2:376722/1‑141 (MQ=255) aGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATCTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGATAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTaataat < 1:375912/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTa < 1:423623/141‑1 (MQ=255) aataaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGa > 2:409367/1‑141 (MQ=255) taaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGata > 2:1041924/1‑141 (MQ=255) aaatTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGatat < 3:752/141‑1 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg < 1:48734/141‑1 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg > 2:733269/1‑141 (MQ=255) atTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTg < 3:131545/141‑1 (MQ=255) ttATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGt < 4:431752/141‑1 (MQ=255) atatTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaa < 3:131698/141‑1 (MQ=255) tatTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaaa < 1:251540/141‑1 (MQ=255) atTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTaaaa > 4:136575/1‑141 (MQ=255) ttGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAAt > 1:952538/1‑141 (MQ=255) tGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATc > 3:454555/1‑141 (MQ=255) tGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATc < 1:269087/141‑1 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 1:862810/1‑141 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 1:66578/1‑141 (MQ=255) gTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCtaa > 3:358635/1‑141 (MQ=255) aCAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGt < 1:667591/141‑1 (MQ=255) cAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaa < 2:737375/141‑1 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata > 1:878433/1‑141 (MQ=255) aaGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaata > 4:268835/1‑141 (MQ=255) aGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGtaataa < 2:469343/141‑1 (MQ=255) gTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTaataat > 1:717143/1‑141 (MQ=255) tCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAAttt < 2:71694/141‑1 (MQ=255) cATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAAtttt > 1:906408/1‑141 (MQ=255) aTGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAAAATATTTATTTCCAATAGAGAAAGGGTATGTAATCATGTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTa < 2:300226/141‑1 (MQ=255) aTGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTa > 1:764522/1‑141 (MQ=255) gCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATTGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAg > 2:618124/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa > 2:1069518/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa > 4:403266/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTa < 2:331611/141‑1 (MQ=255) tttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAt > 1:853895/1‑141 (MQ=255) tttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAt < 1:1033491/141‑1 (MQ=255) ttGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAAtt < 3:208044/141‑1 (MQ=255) ttGTAGGGCGTTATTGTTGAAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGTTTGTAATCATATTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATATTTTTAAGGGGTAAtt < 4:53108/141‑1 (MQ=255) tGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATta > 2:163126/1‑141 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 1:30043/141‑1 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 1:445895/141‑1 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 4:373457/141‑1 (MQ=255) gTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtat < 2:518105/141‑1 (MQ=255) tAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtata > 2:1070771/1‑141 (MQ=255) tAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtata > 2:960458/1‑141 (MQ=255) tAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATtata > 3:258238/1‑141 (MQ=255) aGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATaa > 1:783673/1‑141 (MQ=255) gTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAAttt < 3:221314/141‑1 (MQ=255) aTTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTtgat < 2:629270/141‑1 (MQ=255) tgttgGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTtgatga < 1:995972/141‑1 (MQ=255) tgGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATAc < 3:308011/141‑1 (MQ=255) | GGAAGATGTCAAAGATGGAGAGAAACCTGTTAATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATAC > USA300TCH1516_ALE/491161‑491438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |