| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 475,163 | C→T | 5.5% | D159D (GAC→GAT) | yciC_1 → | Putative metal chaperone YciC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 475,163 | 0 | C | T | 5.5% | 471.5 / 10.4 | 146 | D159D (GAC→GAT) | yciC_1 | Putative metal chaperone YciC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/65); new base T (3/5); total (75/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCATATATTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGA > USA300TCH1516_ALE/475023‑475302 | cATATATTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACg < 3:37915/141‑1 (MQ=255) tatTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAAc > 1:985041/1‑141 (MQ=255) tatTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAAc < 3:132522/141‑1 (MQ=255) gatgatgaACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGAt > 1:732276/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCAt < 3:230350/141‑1 (MQ=255) aaaGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCAt > 1:455482/1‑141 (MQ=255) aaGCGTTGACGAAATAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCAtt < 2:703947/141‑1 (MQ=255) gCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGc < 1:794467/141‑1 (MQ=255) gCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGc > 2:386558/1‑141 (MQ=255) cGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCa > 3:249183/1‑141 (MQ=255) ttGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAAc < 1:293145/141‑1 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGa > 1:621253/1‑141 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGa > 2:9285/1‑141 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATATATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGAGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATATTAAGCGCATTGCAACCGa > 2:702094/1‑141 (MQ=255) | TCATATATTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGA > USA300TCH1516_ALE/475023‑475302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |