| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 264,043 | C→T | 5.5% | P69P (CCC→CCT) | ugpQ_2 → | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 264,043 | 0 | C | T | 5.5% | 398.3 / 7.3 | 125 | P69P (CCC→CCT) | ugpQ_2 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/60); new base T (4/3); total (62/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GCATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGCCTT > USA300TCH1516_ALE/263904‑264183 | gCATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATCTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCg < 1:741432/141‑1 (MQ=255) cATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGc > 1:1012191/1‑141 (MQ=255) tAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAg > 3:456677/1‑141 (MQ=255) aTGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAgtg > 4:370683/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |