| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,338,218 | G→A | 5.5% | intergenic (‑384/‑24) | adhR ← / → USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,338,218 | 0 | G | A | 5.5% | 520.0 / 8.4 | 172 | intergenic (‑384/‑24) | adhR/USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/89); new base A (5/6); total (77/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GCGGAAAATTTGGGTGATCGATTGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAATCGCTG > USA300TCH1516_ALE/2338080‑2338356 | cGGAAAATTTGGGTGATCGATTGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAAAAAAAAAAAAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCaa < 2:216760/141‑1 (MQ=255) ggAAAATTTGGGTGATCGATCGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAATTTGAATCATTATTTAATCATATTATTAATTGCGCACGCACAac < 1:606973/141‑1 (MQ=255) gAAAATTTGGGTGATCGATTGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAaca < 4:384588/141‑1 (MQ=255) gAAAATTTGGGTGATCGATTGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAaca < 1:165338/141‑1 (MQ=255) 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1:883694/1‑141 (MQ=255) aTCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGa > 2:936853/1‑141 (MQ=255) aTCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGa > 3:427883/1‑141 (MQ=255) tCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGaa < 4:372496/141‑1 (MQ=255) tCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAATAGACAGTCATTTGGATACGTTAACGAATTTGGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAATGAGACAGGTCAATGACATATAGaa > 4:42392/1‑141 (MQ=255) aaCATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATa < 1:123553/141‑1 (MQ=255) 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ttacgcACGCGCAACACCTACAAGACACAAGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAACAATTATCCACCATTACGTTATTACTCGCTGCTGTGATTCCTTTGAATGGTGGTGAATCCCGACGCCTTGATNCACACCa > 2:816634/4‑141 (MQ=255) ttGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCa < 1:201973/141‑1 (MQ=255) tgcgcgtgcgcAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCaa > 2:746877/8‑141 (MQ=255) tgcgcgtgcgcAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCaa > 1:680242/8‑141 (MQ=255) gcgcACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTAAGAAGTGGTGATAAACATCaaa > 2:769697/1‑141 (MQ=255) cgcACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAAt < 4:353191/141‑1 (MQ=255) cgcACGAGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAAt < 2:959265/141‑1 (MQ=255) gcACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAATc > 2:146391/1‑141 (MQ=255) gcACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAATc < 4:350029/141‑1 (MQ=255) gtgcgcAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAATCGc > 1:59252/3‑141 (MQ=255) | GCGGAAAATTTGGGTGATCGATTGTTTATATGCATCAACATTCTTTGTGGATTGTTTGACAGTAGACAGTCATTTGTATACGTTAACGAATTTTGAAAAATTGAATCATTATTTAATCATAATATTCATTGCGCACGCGCAACACAAAAAGGAGACATGTCAATGACATATAGAATAAAGAAATGGCAAAAATTATCCACCATTACGTTATTAATGGCTGGTGTGATTACTTTGAATGGTGGTGAATTCAGAAGTGTTGATAAACATCAAATCGCTG > USA300TCH1516_ALE/2338080‑2338356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |