| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,292,077 | G→A | 10.8% | intergenic (+63/+167) | USA300HOU_RS11675 → / ← USA300TCH1516_02171 | hypothetical protein/tRNA‑Lys |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,292,077 | 0 | G | A | 10.8% | 435.9 / 30.9 | 156 | intergenic (+63/+167) | USA300HOU_RS11675/USA300TCH1516_02171 | hypothetical protein/tRNA‑Lys |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/66); new base A (10/7); total (83/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AGAAATACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCA > USA300TCH1516_ALE/2291937‑2292217 | aaaaTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGt < 4:58716/140‑1 (MQ=17) aaaTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTa < 3:452784/141‑1 (MQ=32) aTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACa > 1:69336/1‑141 (MQ=32) aTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACa < 2:486747/141‑1 (MQ=32) aCAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACaaa > 2:741799/1‑141 (MQ=32) aaTTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAgg < 1:403014/141‑1 (MQ=32) tttATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgag > 4:101423/1‑141 (MQ=32) ttattaCCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgaga > 1:57637/1‑141 (MQ=32) ttattaCCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgaga < 1:333973/141‑1 (MQ=32) taCCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCATCTTGTACAAAGGAGaaaaa > 4:200827/1‑141 (MQ=17) aGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAaagaa < 1:447131/141‑1 (MQ=35) aTTTAAAAATGGTGATATAGAATGAATTAATAATAAGAAAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGATTGAACAAAGGAGAAAAAAAGAAGAc < 1:492508/141‑1 (MQ=11) ataatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCa > 4:341787/1‑141 (MQ=38) taatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCaa < 2:400721/141‑1 (MQ=37) aatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAg < 2:1034724/141‑1 (MQ=37) aatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAg < 2:419514/141‑1 (MQ=37) atGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAGAATTAATCAAGAGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGATTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCATGc < 2:839479/141‑1 (MQ=11) ggTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGccc > 2:896474/1‑141 (MQ=38) cTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCaata < 2:50700/141‑1 (MQ=38) ataaGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATgg < 2:698250/139‑1 (MQ=12) aGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATgg < 1:834350/141‑1 (MQ=38) gAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGa < 4:50665/141‑1 (MQ=38) gAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGa > 2:514150/1‑141 (MQ=38) gAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGa > 1:690739/1‑141 (MQ=38) aaGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGAc < 4:277087/141‑1 (MQ=37) aGGAATTAATAATAAGATAAAAGTAATCAAAAGAATGGAATTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGAAAGTATAATGATGATTTTCAGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACt < 4:300387/141‑1 (MQ=11) ggAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTAAAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTg < 1:16162/141‑1 (MQ=37) aaTTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgc > 4:227448/1‑141 (MQ=38) aTTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTAGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCACAATACTGGACTGgca > 2:1024194/1‑140 (MQ=255) ttAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTGGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgccg > 1:857437/1‑141 (MQ=37) taataataaGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgccgc > 1:480932/1‑141 (MQ=9) ataataaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCt > 1:460609/1‑141 (MQ=38) ataataaGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGATTGGCCGCCt < 1:816025/141‑1 (MQ=12) taataaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCta < 3:105352/141‑1 (MQ=38) aataaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaa < 1:64233/141‑1 (MQ=37) taaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGAACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaata < 2:441217/141‑1 (MQ=38) aaaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaata < 2:603779/140‑1 (MQ=37) aGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataat > 1:1005605/1‑141 (MQ=17) aaaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATGATAAAAg < 1:858881/141‑1 (MQ=38) aaaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAg < 1:1023405/141‑1 (MQ=38) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataa > 2:177376/1‑135 (MQ=9) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataa < 1:177376/135‑1 (MQ=12) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATaaaaa > 1:674568/1‑140 (MQ=2) aaTTAATCCAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTTTCCGCCTAATAATAAAAGc < 4:217741/141‑1 (MQ=255) aaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGc > 1:880023/1‑141 (MQ=39) atttaccAAGTGAATTTCTTTTGGTTACCCACATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGCGAAAAACAGAAGCCACCCCACCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct < 2:270318/135‑1 (MQ=11) aTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct < 2:21701/141‑1 (MQ=40) ttAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGctc > 2:341462/1‑141 (MQ=39) aaTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTa < 2:557344/141‑1 (MQ=40) aTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTaa < 2:1070811/141‑1 (MQ=40) aTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTaa > 1:111452/1‑141 (MQ=40) aGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGt > 1:186125/1‑141 (MQ=40) gTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGtt > 1:870118/1‑141 (MQ=39) gTGAAGTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGtt < 1:513/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTg < 1:1056287/141‑1 (MQ=38) tGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTg < 1:458787/141‑1 (MQ=38) gAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGt < 1:13767/141‑1 (MQ=38) aaTTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTa > 2:61314/1‑141 (MQ=9) aTTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTAt < 2:42462/141‑1 (MQ=38) tttCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTAtt < 3:270865/141‑1 (MQ=38) tttCTCTTGGTTACAGAAATTTCAACAAATTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAACGCTCTCAAAGTTGTAtt > 2:247740/1‑141 (MQ=255) ttttGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAAGCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTaa > 3:269358/1‑141 (MQ=37) ttttGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTaa > 1:192292/1‑141 (MQ=38) tgtGGTTACAGAAATTTCAACAACTATAAAGCACGTATAATGATGATGTTCAGCATGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTaaa < 2:756584/139‑1 (MQ=255) gTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATa > 1:715221/1‑141 (MQ=38) ttACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAg < 2:473054/141‑1 (MQ=38) tACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGt < 1:393222/141‑1 (MQ=38) aaaTTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCttt > 1:249910/1‑141 (MQ=38) tttCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCCGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAAAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCATAATAAAAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTaaa > 3:129919/1‑141 (MQ=255) tttCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTaaa > 1:762042/1‑141 (MQ=38) ttCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAAt < 1:495051/141‑1 (MQ=38) tCAACAACTGTAAAGCACGTATAATGATGATTGTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAAtt < 2:216970/141‑1 (MQ=255) aacaacTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATtat > 1:315480/1‑141 (MQ=38) cTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGCGAAAAAAAGAAGACAACCACGCCCAATAATGGACTGGCAGCCTAATAATAAAAGCACTAAAAGTCGTATTCTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATAcc > 2:742428/1‑141 (MQ=11) tAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccac > 2:779609/1‑141 (MQ=38) tAAAGCACGTATAATGATGATATTCAGCTAGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccac < 2:802396/141‑1 (MQ=255) aaaGCACTTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAATCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacc < 2:644204/141‑1 (MQ=21) aaaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 2:825318/1‑141 (MQ=11) aaaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 3:446682/1‑141 (MQ=11) aaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATGTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 2:636617/1‑141 (MQ=38) aGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccaccaa < 4:401168/141‑2 (MQ=37) aGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACcaca < 1:544077/141‑1 (MQ=11) gCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACcaca > 2:892724/1‑141 (MQ=38) cACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccaccaaat < 2:249910/141‑4 (MQ=38) aCGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAACAGTTGTATTATTAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAtt > 3:40567/1‑141 (MQ=255) aCGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccaccaaatg < 1:793069/141‑5 (MQ=38) cGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAttt > 3:18132/1‑141 (MQ=38) cGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAttt > 2:940025/1‑141 (MQ=38) taATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGTACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTtggtg > 1:56717/1‑141 (MQ=38) atgatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGc > 4:151208/1‑46 (MQ=255) atgatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGc < 3:151208/46‑1 (MQ=255) tgatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAc > 3:253025/1‑141 (MQ=38) gatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAcc < 1:635745/141‑1 (MQ=37) gatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAcc < 4:451132/141‑1 (MQ=37) gatTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCt > 3:32150/1‑141 (MQ=11) atTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCt < 1:741407/141‑1 (MQ=38) cAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTaaaaa > 1:896229/1‑141 (MQ=40) aGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAGCCTaaaaaa > 4:409555/1‑141 (MQ=255) ttGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAg > 2:1071178/1‑141 (MQ=255) gTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccaccaaatg > 3:314876/1‑113 (MQ=255) | AGAAATACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTTAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCA > USA300TCH1516_ALE/2291937‑2292217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |