| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,150,438 | A→G | 5.2% | intergenic (+101/+266) | agrA → / ← scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,150,438 | 0 | A | G | 5.2% | 343.3 / 5.5 | 112 | intergenic (+101/+266) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/52); new base G (3/3); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ACACTGCTATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATACTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2150298‑2150578 | acacTGCTATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑Ttta > 2:944093/1‑141 (MQ=255) acTGCTATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑Tttatt < 1:61031/141‑1 (MQ=255) acTGCTATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑Tttatt < 4:244741/141‑1 (MQ=255) acTGCTATGCATCGGTGAGAAACGCTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑Tttatt > 2:298280/1‑141 (MQ=255) atGCTATGCATCGGTGAGAAACATTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑Tttatta < 2:395665/140‑1 (MQ=255) tATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTGTTaataa < 3:90736/141‑4 (MQ=255) aTGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTGTTAATaaa < 4:147397/141‑1 (MQ=255) aTGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACaaa > 3:272993/1‑141 (MQ=255) gCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAAt < 1:140325/141‑1 (MQ=255) cATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAAtt > 2:37189/1‑141 (MQ=255) cATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGAGAACTATCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAAtt > 1:318370/1‑141 (MQ=255) tCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAGTAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTaa > 1:524534/1‑141 (MQ=255) tCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTaa > 2:2305/1‑141 (MQ=255) aaaCGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTACCAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGAcg > 2:61969/1‑141 (MQ=255) gTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTg < 2:829767/141‑1 (MQ=255) ttAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGa > 3:280595/1‑141 (MQ=255) ttAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGa < 1:423619/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaTATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAAt < 1:453181/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAAtt < 3:67121/141‑1 (MQ=255) atatAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTaaaaa < 3:266718/141‑1 (MQ=255) tataATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTaaaaaa < 3:356821/141‑1 (MQ=255) ataaGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAatgat > 3:351856/1‑141 (MQ=255) ataaGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAatgat > 3:138817/1‑141 (MQ=255) gATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAATTGTTTAATAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGt > 3:224027/1‑141 (MQ=255) gATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTaa < 4:338146/141‑1 (MQ=255) gATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACAAAAAAAAAAAAAAATGATGTaa < 4:94742/141‑1 (MQ=255) aataaAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑t < 2:106999/141‑1 (MQ=255) ataaAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑tc > 1:1058861/1‑141 (MQ=255) ataaAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑tc > 4:165704/1‑141 (MQ=255) taaAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAATTGTTTAATAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑t < 1:340428/141‑1 (MQ=255) aaaGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑tctc < 3:66506/141‑1 (MQ=255) aaaGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑tctc < 2:1024118/141‑1 (MQ=255) aaaGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑tctc > 2:99811/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCttt > 2:320414/1‑141 (MQ=255) gTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCttt > 2:320331/1‑141 (MQ=255) tCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAAAGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑GCGCTTTg < 4:375018/141‑1 (MQ=255) cAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGt < 4:395372/141‑1 (MQ=255) cAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGt > 3:324557/1‑141 (MQ=255) ttAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGAAAAAAAAAAAAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGtata < 2:544940/141‑1 (MQ=255) aaCGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcc < 1:180932/141‑1 (MQ=255) aCGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcct < 2:206044/141‑1 (MQ=255) gCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctatt < 1:412814/141‑1 (MQ=255) cGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctattc > 2:999441/1‑141 (MQ=255) cGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctattc < 2:444327/141‑1 (MQ=255) tATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctattcct > 1:25430/1‑141 (MQ=255) tATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctattcct < 2:939841/141‑1 (MQ=255) tCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATAcctattcctatt < 1:732402/141‑1 (MQ=255) tGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACAAGAAAAAAAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATtactac < 2:378838/141‑1 (MQ=255) gTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACa > 2:15833/1‑141 (MQ=255) gTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACa > 4:246174/1‑141 (MQ=255) tAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACAt < 2:275631/141‑1 (MQ=255) tCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAAtt > 1:561380/1‑141 (MQ=255) tCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAAtt > 1:1077960/1‑141 (MQ=255) gttgGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTTGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAAGTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATc < 1:915402/141‑1 (MQ=255) ttgGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCa > 3:91633/1‑141 (MQ=255) tttAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCt < 3:392424/141‑1 (MQ=255) ttAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTTTT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTa > 2:1085820/1‑141 (MQ=255) ttAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTa > 2:1086193/1‑141 (MQ=255) cAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTc > 1:476232/1‑141 (MQ=255) aaGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCa > 1:404641/1‑141 (MQ=255) aaGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCa > 3:55594/1‑141 (MQ=255) aaGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCa > 3:177399/1‑141 (MQ=255) aCTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTAc < 1:178237/141‑1 (MQ=255) aCTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTAc < 1:609802/141‑1 (MQ=255) aCTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTAc < 1:709711/141‑1 (MQ=255) aCTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTAc > 1:708611/1‑141 (MQ=255) aCTAGCAAATGCACTGTAGAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAAATAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTAc > 4:4519/1‑141 (MQ=255) cTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACa < 4:150443/141‑1 (MQ=255) aaaTGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCt > 1:646475/1‑141 (MQ=255) aaaTGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCt > 1:646602/1‑141 (MQ=255) aaaTGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATAATCAAAATCAAATATGACGCGTGAATTTAAAAAGGATGTAACG‑‑TCTCTTTATATACATATTCCTATTACTACATAATTTATGTGTTTGCTTTTCACTCTACAATCCt > 1:933384/1‑141 (MQ=255) tGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATg > 1:541433/1‑141 (MQ=255) gCACTGTATAGCTGGCTTTTTAATTGTTTAATAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TTTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTAt > 2:32506/1‑141 (MQ=255) gCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATgg < 4:138817/141‑1 (MQ=255) aaCTGTATACCTGGATATTTAAT‑‑CCTCTTAACACACTTAAATATGCCACCGCCACAAAAAAATCCTATAAAG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTATATTTTTCTCAATAATACTAtcgt > 2:643779/2‑138 (MQ=255) aCTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGgcg < 2:488759/141‑1 (MQ=255) cTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGgcgc > 1:1038754/1‑141 (MQ=255) tGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCa < 1:710496/141‑1 (MQ=255) gTATGGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCTCaa > 2:689900/1‑141 (MQ=255) tataGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAAt > 1:731863/1‑141 (MQ=255) ataGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTAt < 1:287036/104‑1 (MQ=255) taGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACT‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAAttt < 2:640561/141‑1 (MQ=255) aGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAAtttt < 1:832190/141‑1 (MQ=255) gCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAAttttt < 3:374306/141‑1 (MQ=255) cTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTa < 3:20476/141‑1 (MQ=255) cTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTa < 4:185365/141‑1 (MQ=255) cTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTa > 3:185365/1‑141 (MQ=255) tGGCTTTTTAAG‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTaa < 3:133807/141‑1 (MQ=255) gacTTTTTAAT‑‑TTTATTAAAACAATTAAATATGACACGAGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TATCTTTGAATACCGCTTCCTATCACTACATCAGTTATCAGTTACTATTTCACTCTACAATCCCACGGCACAACATTTAAc > 4:388626/3‑141 (MQ=255) gCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACa < 4:240020/141‑1 (MQ=255) ttttt‑‑tttttttACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TTTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCTATTTCTTTTTCACTCTACAATCCTATTGCGCAATTTTTAACAAAatt > 4:300565/5‑140 (MQ=255) tAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTTTTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAatat < 1:318052/141‑1 (MQ=255) tAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAatat < 2:532577/141‑1 (MQ=255) aaT‑‑TTTGTTAATAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACGTCTCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAata > 2:7854/1‑141 (MQ=255) aaT‑‑TTTGTTAATAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAAtata > 2:365985/1‑141 (MQ=255) aT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATAc > 1:1027153/1‑141 (MQ=255) t‑‑tttATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATACt > 1:250919/1‑141 (MQ=255) ttattaACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATACTaa > 2:1060374/1‑141 (MQ=255) ttattaACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATACTaa > 4:73473/1‑141 (MQ=255) attaACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCACTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCATTTTTTAACAAAATATACTAAAt > 2:663891/1‑141 (MQ=255) | ACACTGCTATGCATCGGTGAGAAACGTTAAAAAAATATAATAAGATAATAAAGTCAGTTAACGGCGTATTCAATTGTAAATCTTGTTGGATTTTAACAAGATAACTAGCAAATGCACTGTATAGCTGGCTTTTTAAT‑‑TTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACG‑‑TCTCTTTGTATACCTATTCCTATTACTACATAATTTATCAATTTCTATTTCACTCTACAATCCTATGGCGCAATTTTTAACAAAATATACTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2150298‑2150578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |