| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,880,650 | A→T | 6.5% | I1523I (ATT→ATA) | ebh_2 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,880,650 | 0 | A | T | 6.5% | 463.8 / 14.3 | 147 | I1523I (ATT→ATA) | ebh_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/68); new base T (7/3); total (75/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCAATGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATT > USA300TCH1516_ALE/1880510‑1880790 | gCAATGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCa < 2:147389/141‑1 (MQ=255) cAATGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCaa > 1:893092/1‑141 (MQ=255) aaTGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAAt < 1:353854/141‑1 (MQ=255) aTGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGTTCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAAtt < 2:368872/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCgcgc > 1:308242/1‑141 (MQ=255) tGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGTTACTGCTTGATTGATGTTTTGTAATGCAAGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTcttgctt < 4:319218/141‑7 (MQ=255) tGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTGGCTCAATTTCGCGCtt > 3:298063/1‑141 (MQ=255) aaCACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGc > 2:605097/1‑141 (MQ=255) acGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTc < 1:841723/141‑1 (MQ=255) cGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCa < 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tGTTTTTCTTCATCAGGCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACtt > 4:204606/1‑141 (MQ=255) tttttCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCGATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACttgt < 2:369565/141‑1 (MQ=255) tttttCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACttgt < 1:983296/141‑1 (MQ=255) ttcATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTatc > 2:1071744/1‑141 (MQ=255) tcatcaGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTatca > 2:386593/1‑141 (MQ=255) tcatcaGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTatca < 1:755843/141‑1 (MQ=255) tcaGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTGCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTAtcatca > 1:1062966/1‑141 (MQ=255) tCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACtt > 1:531389/1‑141 (MQ=255) cGCATGTTCCGCTTGCCCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCACCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCCAGCGCTTGACTTGTTGTACCCTCAACctg > 2:688455/1‑141 (MQ=255) cATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgtt < 4:362767/141‑1 (MQ=255) cATGTTCCGCTCGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgtt < 3:365245/141‑1 (MQ=255) aTGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgttg < 3:339573/141‑1 (MQ=255) tGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACACTATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGa > 3:335211/1‑141 (MQ=255) ccGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTg > 2:979980/1‑141 (MQ=255) gCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGtt < 1:13481/141‑1 (MQ=255) cTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTc > 1:753207/1‑141 (MQ=255) cTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAAGATGGTCAGGCGTCACGAAAGCAATGCTAGCAAGCGCGTGACTTGTTGTATCATCAACTGGTTGATTTGTTc > 1:103229/1‑141 (MQ=255) gCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtat < 1:834011/141‑1 (MQ=255) gCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtat > 3:391697/1‑141 (MQ=255) cTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtatt < 2:316563/141‑1 (MQ=255) cAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtattat < 3:162647/141‑1 (MQ=255) aaTTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTattatt < 2:46876/141‑1 (MQ=255) | GCAATGCCATTTGTTTCAACACGTTTCACATCATTATTCGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATT > USA300TCH1516_ALE/1880510‑1880790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |