| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,519,965 | A→G | 6.1% | T363T (ACA→ACG) | ponA → | Penicillin‑binding protein 1A/1B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,519,965 | 0 | A | G | 6.1% | 354.9 / 9.9 | 120 | T363T (ACA→ACG) | ponA | Penicillin‑binding protein 1A/1B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/65); new base G (2/5); total (49/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AAAGATGAAAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAGATGTTCAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATGGACCTGCCAT > USA300TCH1516_ALE/1519825‑1520105 | aaaGATGAAAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAGATGTTCAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGcaaca < 3:179598/141‑1 (MQ=255) aaaaTGAAAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAAAAGAAAAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGcaacaa < 4:189802/138‑1 (MQ=255) aaGATGACAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAGAAATTCAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGcaacaa < 2:1030318/141‑1 (MQ=255) aaGATGAAAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAGATGTTCAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGcaacaa < 2:1030513/141‑1 (MQ=255) 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caaGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCg < 3:412253/141‑1 (MQ=255) caaGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCg < 4:5486/141‑1 (MQ=255) aaGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGt > 4:179191/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTa < 2:713364/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTa > 1:70807/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTa < 1:972740/141‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACAAGTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGTACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTNGTTCATCTTTAANACCTTTCTTAGCGTAt < 3:331119/141‑1 (MQ=255) ttGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATg > 1:155167/1‑141 (MQ=255) gCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATGGACCt < 1:32227/141‑1 (MQ=255) gCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATGGACCt < 2:213702/141‑1 (MQ=255) aacaaTTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATGGACCTGc < 4:351089/141‑1 (MQ=255) | AAAGATGAAAATTTAGGTAATGTATTACAAAGTGGTATTAAAATTTATACAAACATGGATAAAGATGTTCAAAAAACATTACAAAATGATGTTGATAATGGTAGCTTCTACAAGAATAAAGACCAACAAGTTGGTGCAACAATTCTTGATAGTAAAACTGGTGGTTTAGTTGCTATATCTGGTGGACGTGATTTCAAAGACGTCGTTAACAGAAACCAAGCAACAGATCCTCACCCTACTGGTTCATCTTTAAAACCTTTCTTAGCGTATGGACCTGCCAT > USA300TCH1516_ALE/1519825‑1520105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |