| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,346,110 | G→C | 5.2% | intergenic (+333/+216) | USA300HOU_RS06685 → / ← ltaE | hypothetical protein/Low specificity L‑threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,346,110 | 0 | G | C | 5.2% | 361.0 / 8.1 | 112 | intergenic (+333/+216) | USA300HOU_RS06685/ltaE | hypothetical protein/Low specificity L‑threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/66); new base C (2/4); total (42/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATA > USA300TCH1516_ALE/1345972‑1346250 | cATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtc < 2:686777/141‑1 (MQ=255) aTCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtcg < 1:843123/141‑1 (MQ=255) aTCGCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtcg < 4:434577/141‑1 (MQ=255) tctcCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtcgt < 2:194921/141‑1 (MQ=255) gctcCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATGTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtcgt < 2:894006/140‑1 (MQ=255) tcCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTTCATTTAAACTAAACATAGATATTCTTACAAATATATACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCa < 1:98612/141‑1 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa < 2:138366/141‑1 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 1:321391/1‑141 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 1:618811/1‑141 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 1:618470/1‑141 (MQ=255) atatTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAAt < 3:67859/141‑1 (MQ=255) tatTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAAtt > 1:533758/1‑141 (MQ=255) tatTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAAtt > 1:533612/1‑141 (MQ=255) ttAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTaa > 4:176066/1‑141 (MQ=255) aaaCTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTa < 2:355721/141‑1 (MQ=255) aaCTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTaa > 4:304593/1‑141 (MQ=255) ttAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTCCCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAATATTTCTTCATCCATTATATTACTTCTCAAATGTCGGCAAATTAAAGTAAATa < 1:285437/141‑1 (MQ=255) tAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATAc > 1:88080/1‑141 (MQ=255) aTAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGc < 2:113192/141‑1 (MQ=255) tAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGca < 2:1082230/141‑1 (MQ=255) cATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAAt < 1:403475/141‑1 (MQ=255) ttCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTa < 3:405371/141‑1 (MQ=255) ccATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAAc < 4:410247/141‑1 (MQ=255) ccATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAAc < 1:671758/141‑1 (MQ=255) ccATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAAc < 1:6605/141‑1 (MQ=255) tttAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCGCAAATGTCTTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtt < 1:414640/141‑1 (MQ=255) taaactaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtttt > 1:927043/1‑141 (MQ=255) taaactaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtttt > 2:639927/1‑141 (MQ=255) actaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATCATCCTTCTAACCTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTaa > 3:41042/1‑141 (MQ=255) actaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTaa > 1:265815/1‑141 (MQ=255) actaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTAAAACAATCATCATCATTCCCAAATGTCGCCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTaa > 3:41019/1‑141 (MQ=255) aTCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAAtatata > 2:320232/1‑141 (MQ=255) tCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataa < 2:85197/141‑1 (MQ=255) cGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaa < 1:931818/141‑1 (MQ=255) cGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaa < 4:12739/141‑1 (MQ=255) cGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTAAAATTAATGTAACTCTAACACAAATTAACATTTTTAAATATataaa < 2:48479/141‑1 (MQ=255) cGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACAACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaa > 3:400922/1‑141 (MQ=255) tatTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaaata > 2:401372/1‑141 (MQ=255) tagtCCGACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaaata > 2:482505/4‑141 (MQ=255) atTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaaataa < 1:54466/141‑1 (MQ=255) atTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACCTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataaaataa < 1:54695/141‑1 (MQ=255) tCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATAtaaaataaaa < 2:826789/141‑1 (MQ=255) ccTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAAc < 2:180508/141‑1 (MQ=255) cTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACa < 2:329421/141‑1 (MQ=255) cTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACa < 3:107377/141‑1 (MQ=255) tACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACaa < 4:420517/141‑1 (MQ=255) aCCAATATAGACTTAGTAATTCGATTTTTAATACATTACATTCCTAAAATAAATACATCCATCATAATACTTCTCAAATGTCTTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAg < 4:46837/141‑1 (MQ=255) ccAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTACATACAGCACAAATAAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGa > 3:225402/1‑141 (MQ=255) aaTATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATa > 1:1017898/1‑141 (MQ=255) atatatACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATAc < 2:484242/141‑1 (MQ=255) atatAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATAc > 1:297008/1‑141 (MQ=255) ataGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTc < 2:240360/141‑1 (MQ=255) taGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCa > 3:261149/1‑141 (MQ=255) ataCTTAGTAATTCGATTGTTAATACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACGGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACtaca < 1:478743/139‑4 (MQ=255) aGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCaa > 3:84723/1‑141 (MQ=255) aGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCaa < 1:453197/141‑1 (MQ=255) cTTAGTAATTCGATTGTTAATACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCaataa > 2:671660/1‑141 (MQ=255) tAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAGAATAGCTACGACCATCATAATAGTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATc < 1:644260/141‑1 (MQ=255) cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:371647/141‑1 (MQ=255) cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTCCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:695818/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCt < 3:273495/141‑1 (MQ=255) aTTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATCAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCt > 4:315769/1‑141 (MQ=255) gTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGt < 2:1042032/141‑1 (MQ=255) aaTACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAAATAAAGAAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACAAAATAATATGTAGTATCTTGtttt > 3:121214/1‑141 (MQ=255) aCATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGa > 1:4469/1‑141 (MQ=255) aTTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGaat < 4:227670/141‑1 (MQ=255) cTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATg < 2:33292/141‑1 (MQ=255) tttCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGt < 3:336960/141‑1 (MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa > 2:958232/1‑141 (MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa > 2:442035/1‑141 (MQ=255) cATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAt < 2:720922/141‑1 (MQ=255) aTAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAtt > 1:395875/1‑141 (MQ=255) aaaTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTta < 1:330212/141‑1 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 1:731298/1‑141 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 3:396697/1‑141 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 4:101979/1‑141 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:1006269/141‑1 (MQ=255) aaCTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATatc < 2:1067895/141‑1 (MQ=255) cTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATatcat > 1:868818/1‑141 (MQ=255) aCAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGAAAATACAGCACACATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATAtcatca < 2:933889/141‑1 (MQ=255) catcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAGATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGc < 2:952838/141‑1 (MQ=255) catcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGc < 1:802886/141‑1 (MQ=255) tcatAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTa > 1:197275/1‑141 (MQ=255) catAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTAc < 2:552808/141‑1 (MQ=255) ataataCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACa < 1:735921/141‑1 (MQ=255) taataCTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCaa < 1:224328/141‑1 (MQ=255) aataCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACaaa > 1:648525/1‑141 (MQ=255) taCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATg < 2:189177/141‑1 (MQ=255) aCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGa < 1:508426/141‑1 (MQ=255) aCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGa < 4:400922/141‑1 (MQ=255) ttCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGc < 2:860160/141‑1 (MQ=255) ctcAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAg < 4:261149/141‑1 (MQ=255) tcAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGt > 3:15606/1‑141 (MQ=255) cAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGtt < 2:618811/141‑1 (MQ=255) cAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGtt < 2:618470/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTAGTCAAAGTAAAGTATAAACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAATATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACTGCTACATATGAGCAGtt < 4:225402/140‑1 (MQ=255) aaaTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGttt < 3:166742/141‑1 (MQ=255) aaTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTc > 1:368454/1‑141 (MQ=255) aTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACTTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCa < 2:945615/141‑1 (MQ=255) gtcgtcAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCata > 2:235098/1‑141 (MQ=255) | CATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATA > USA300TCH1516_ALE/1345972‑1346250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |