| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,315,861 | T→C | 5.2% | R381R (CGT→CGC) | korA → | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,861 | 0 | T | C | 5.2% | 356.9 / 6.8 | 116 | R381R (CGT→CGC) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/53); new base C (2/4); total (58/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATTCATC > USA300TCH1516_ALE/1315723‑1316000 | aaCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAt > 2:565384/1‑141 (MQ=255) aCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAtt > 2:837146/1‑141 (MQ=255) aCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAtt > 4:337128/1‑141 (MQ=255) cAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTg > 3:111119/1‑141 (MQ=255) aTGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATACCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTCAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGaaa > 2:1066853/1‑141 (MQ=255) tGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAAt < 1:435826/141‑1 (MQ=255) cAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTa > 1:111159/1‑141 (MQ=255) aagaTGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAAc < 3:13294/141‑1 (MQ=255) tGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtgg > 3:80883/1‑141 (MQ=255) gCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtggt < 3:146588/141‑1 (MQ=255) cATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtggtg > 1:737850/1‑141 (MQ=255) aTTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGa > 1:123379/1‑141 (MQ=255) aTTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGa < 2:708546/141‑1 (MQ=255) tttaACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCAt > 3:237674/1‑141 (MQ=255) tttaACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCAt < 2:938611/141‑1 (MQ=255) aaCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCa > 2:486411/1‑141 (MQ=255) aCTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTg < 1:1016607/115‑1 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa > 1:1087026/1‑141 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa > 3:241745/1‑141 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa < 4:14641/141‑1 (MQ=255) tGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTg < 2:868785/141‑1 (MQ=255) gAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGat > 2:102015/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTACTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGat > 1:1003880/1‑141 (MQ=255) tgtatttattttaGTATAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGTAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATATTCGTATTGAAATTAAACGTTGTGAAATCATTCAATCTGatat < 1:610527/138‑1 (MQ=255) aacaataaatttaAAAAAACAATATCAATACCCTTATATAGTTATAAGTAATTTGCAATTATCTTTAGGTAAAAAAAAAATAAAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGatat < 4:416118/134‑1 (MQ=255) aGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGatat < 3:284211/141‑1 (MQ=255) tttaatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGaa > 3:7613/1‑141 (MQ=255) ttaatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAAc > 2:624611/1‑141 (MQ=255) taatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACg < 1:629588/141‑1 (MQ=255) aatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGt > 1:917698/1‑141 (MQ=255) atttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTg < 1:895906/141‑1 (MQ=255) tttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGCTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTga < 1:428105/141‑1 (MQ=255) gCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCTATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTgaagaa < 1:854559/141‑1 (MQ=255) gCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTgaagaa > 3:433435/1‑141 (MQ=255) aaCAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAgatg > 1:64606/1‑141 (MQ=255) tatCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATaaa > 1:1048493/1‑141 (MQ=255) tCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAgg < 4:280094/141‑1 (MQ=255) tCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAgg > 2:711679/1‑141 (MQ=255) cAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGt < 4:286662/141‑1 (MQ=255) tGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTGAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTAt > 1:19084/1‑141 (MQ=255) cccTGTTAAAGTTCAAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTAttt < 1:346241/141‑1 (MQ=255) ccTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAGTTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTc > 2:30727/1‑141 (MQ=255) ccTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTc > 1:267247/1‑141 (MQ=255) cTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCa > 2:1020868/1‑141 (MQ=255) tGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAGAGGTTATTTCaa < 4:148287/141‑1 (MQ=255) ttATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGc < 1:498966/141‑1 (MQ=255) ttATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGc < 2:872809/141‑1 (MQ=255) tataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCg < 2:115710/141‑1 (MQ=255) ataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGt < 1:608128/141‑1 (MQ=255) ataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGt > 1:409317/1‑141 (MQ=255) gTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGACAAAGGTTATTTCAAGCGCTAt > 2:480671/1‑141 (MQ=255) tCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGc > 2:887943/1‑141 (MQ=255) tAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGt > 3:453983/1‑141 (MQ=255) gTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATAGTATTGAAATTAAAAGTGGTGAACTCATTCACTCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTaa < 1:919268/141‑1 (MQ=255) gATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACa < 1:342097/141‑1 (MQ=255) aTTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACAt > 4:69465/1‑141 (MQ=255) tGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCg < 1:813906/141‑1 (MQ=255) cAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGCTTATATTCGTATTGCAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGAt < 4:129013/141‑1 (MQ=255) cAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGAt < 2:29959/141‑1 (MQ=255) aaaTTATCTTTAGGTAAAAAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGAt < 1:112438/140‑1 (MQ=255) aTTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATgg < 1:314519/141‑1 (MQ=255) aTTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATgg > 3:284834/1‑141 (MQ=255) aTTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATgg < 1:210555/141‑1 (MQ=255) ttATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGgt < 2:122941/141‑1 (MQ=255) tCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGtt < 1:489954/141‑1 (MQ=255) cTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGttt < 1:74820/141‑1 (MQ=255) cTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGttt > 2:274223/1‑141 (MQ=255) ttAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTtct < 2:116784/141‑1 (MQ=255) ttAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTtct < 4:296468/141‑1 (MQ=255) aGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTcc < 1:912036/141‑1 (MQ=255) aGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTcc > 1:272406/1‑141 (MQ=255) aGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTcc > 2:619813/1‑141 (MQ=255) aacaaacTGTTGTAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGAc < 4:367160/141‑1 (MQ=255) aacaaacTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGAc > 1:501010/1‑141 (MQ=255) acaaacTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGAcc > 3:403837/1‑141 (MQ=255) cTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATcc > 3:193631/1‑141 (MQ=255) cTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATcc > 2:315368/1‑141 (MQ=255) gTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATcccc > 4:197087/1‑141 (MQ=255) tGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCgg > 1:1050382/1‑141 (MQ=255) tGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCgg < 2:236664/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATTAGATTATAATCGCATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCAATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCgg < 4:177445/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGgtgt < 1:274223/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGtt < 3:259860/141‑1 (MQ=255) gATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAagga > 1:687604/1‑141 (MQ=255) gATTATAATAGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAagga > 1:954609/1‑141 (MQ=255) aTTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAaggag < 1:1039366/141‑1 (MQ=255) aTTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAaggag > 3:20155/1‑141 (MQ=255) aTTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAaggag > 2:838406/1‑141 (MQ=255) ttATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAaggagg < 3:69465/141‑1 (MQ=255) ttATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAaggagg > 1:683294/1‑141 (MQ=255) tataATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGt > 1:877249/1‑141 (MQ=255) tataATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGt > 2:295550/1‑141 (MQ=255) taATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTAt < 3:254920/141‑1 (MQ=255) aaTCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCATTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTAtt > 1:187082/1‑141 (MQ=255) aTCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAACTCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGTCCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtc < 1:1065938/141‑1 (MQ=255) cGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtcat > 3:151824/1‑141 (MQ=255) cGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtcat < 1:767645/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtcatc < 1:701424/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtcatc > 3:152267/1‑141 (MQ=255) gTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATtcatc < 1:99822/141‑1 (MQ=255) | AACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGCGTTAACATCCGATGGTGTTTCTCCTAGACCTATCCCCGGTGTTAAAGGAGGTATTCATC > USA300TCH1516_ALE/1315723‑1316000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |